Chileense Maagkanker Task Force (FORCE 1) (FORCE-1)

Deelnemende entiteiten: De Chilean Gastric Cancer Task Force (GCTF) is een collectieve inspanning van twee hoofdidentiteiten: 1- Het Centre of Excellence of Precision Medicine (CEMP), dat werd opgericht door middel van een gezamenlijke financiering door de overheidsinstantie voor economische ontwikkeling (Corporacion de Fomento de la Produccion, CORFO) en Pfizer Chili en 2- Het Centre UC for Investigation in Oncology (CITO), gevestigd aan de Pontificia Universidad Católica de Chile. Beide entiteiten zijn onderzoeksorganisaties zonder winstoogmerk die gericht zijn op het verbeteren van openbaar onderwijs en het implementeren van strategieën om de klinische resultaten bij oncologische behandeling en kankerpreventie te verbeteren.

Primaire doelstelling: Chileense GC-patiënten stratificeren in prognostische subgroepen en therapierespons correleren op basis van klinische, eiwit-, epigenetische en genetische veranderingen in een cohort van 200 GAC-patiënten.

Secundaire doelstellingen

• Om het mutatieprofiel te bepalen bij Chileense GC-patiënten.
• Om het percentage Chileense GC-patiënten te beoordelen dat baat zou kunnen hebben bij de momenteel beschikbare geneeskrachtige doelwitten (actiegerichte genen).
• Om EBV-aanwezigheid te correleren met klinische parameters.
• Om de expressieniveaus van eiwitten te beoordelen die geassocieerd zijn met moleculaire stratificaties en momenteel gerichte therapieën (bijv. PD-L1 en anti-angiogenese)
• Om het profiel van SNP's in de DPYD- en TYMS-genen bij Chileense GC-patiënten en hun correlatie met bijwerkingen te bepalen.

Studie ontwerp

Ethische goedkeuring De GCTF is een niet-interventionele, collaboratieve, prospectieve niet-gelijktijdige studie die GAC-patiënten probeert te stratificeren op basis van hun prognose en therapierespons. De studie zal zich strikt houden aan alle wettelijke vereisten, voorschriften en algemene principes die zijn opgesteld door internationale agentschappen die het ethisch gedrag in biomedisch onderzoek op menselijke proefpersonen regelen, volgens de goede klinische praktijken en de verklaring van Helsinki. Het GCTF-studieprotocol is goedgekeurd door de ethische commissie van het universitair ziekenhuis (Pontificia Universidad Catolica de Chile, CEC MED UC-goedkeuringsnummer 16-046, resolutie van 21 april 2016).

Werving en kenmerken van patiënten Gediagnosticeerde GC-patiënten zullen worden geworven uit het Red UC Christus-netwerk in Santiago, Chili. Het rekruteren van patiënten en het ondertekenen van formulieren voor geïnformeerde toestemming, het bijhouden en bewaken van medische dossiers van patiënten, biologisch materiaal en monsterextracties zullen worden beheerd door CITO.

Patiënt- en behandelingsgeschiedenis laat zien dat naast chirurgie en chemotherapie ongeveer 10% van de patiënten trastuzumab (ERBB2-gerichte therapie, ook wel Herceptin genoemd) kreeg, en nog eens 10% immunotherapie, waaronder pembrolizumab en ipilimumab (checkpoint-remmers). Uiteindelijk kreeg ongeveer 5% van de patiënten anti-angiogene therapie (bestaande uit op VEGFR2 gerichte therapie met Ramucirumab). Bovendien toonde histologische analyse aan dat ongeveer 50% van de patiënten werd geclassificeerd als intestinaal type, 30% als diffuus en 20% gemengd of onbepaald.

Inclusiecriteria

• Volwassen man of vrouw, ouder dan 18 jaar
• Gediagnosticeerd met maagkanker (histologisch of cytologisch)
• Bezoek aan gezondheidscentra van het Red UC Christus-netwerk gedurende minstens 3 maanden met klinische follow-up
• Spaans kunnen lezen en spreken
• Bereid en in staat om schriftelijke geïnformeerde toestemming te geven voor de studie die moet worden gedateerd en ondertekend op het moment van inschrijving.

Uitsluitingscriteria

Patiënten:

• Bij kleine biopsiemonsters onvoldoende voor analyse.
• wiens medische gegevens niet kunnen worden verzameld of niet beschikbaar zijn.
• Zonder ondertekende geïnformeerde toestemming.

Klinische gegevens Klinische gegevens van patiënten zullen worden verkregen door zorgverleners en worden ingevoerd in een online elektronisch platform. Monsters worden gecodeerd en de identiteit van de patiënt is alleen bekend bij de behandelend arts. Klinische variabelen zijn onderverdeeld in secties: Algemene patiënteninformatie, Kankergeschiedenis, Laboratoriumonderzoeken, Comorbiditeitsindex (Charlson), Chemotherapie, Werkzaamheid en follow-up en Toxiciteit. De chemotherapie van de patiënt wordt geclassificeerd op basis van: regime, aantal cycli en behandelingstijd en dosis-intensiteit van de chemotherapie gedurende de eerste 6 maanden. Chemotherapieregimes die de eerstelijns chemotherapie vertegenwoordigen die aan de patiënten wordt voorgeschreven. De volledige dosisintensiteit van de chemotherapie gedurende de eerste 6 maanden wordt verkregen door middel van interviews met patiënten en wordt rechtstreeks op het online platform ingevoerd. Tot slot, werkzaamheid & follow-up en toxiciteitsgegevens verkregen van patiënten.

Belangrijkste klinische uitkomsten De belangrijkste uitkomsten zullen worden afgeleid uit de verkregen klinische gegevens, waaronder algehele overleving, progressievrije en recidiefvrije overlevingspercentages.

Biologische monsters & Oncomine Comprehensive Assay Biologische materialen verkregen bij de Red UC Christus zullen volgens gestandaardiseerde protocollen naar CEMP in Santiago de Chile worden getransporteerd. Er zullen in totaal 200 tumormonsters van patiënten worden verkregen uit gearchiveerde Formaline Fixed Paraffin Embedded (FFPE)-monsters. Nucleïnezuren worden geëxtraheerd met behulp van de RecoverAll-kit (Thermo Fisher Cat #AM1975) en geanalyseerd met behulp van de in de handel verkrijgbare Oncomine Comprehensive Assay-kit. Deze assay analyseert gelijktijdig DNA en RNA uit monsters waardoor 73 gen-hotspots (gebaseerd op DNA), 49 focale kopie-aantalvariaties (CNV's, DNA-gebaseerd), 26 volledig coderende sequenties (voor mutaties en CNV-verlies) en 22 genfusie kunnen worden beoordeeld. stuurprogramma's (RNA). Met name 72 van deze genen zijn doelwitten voor medicijnen. Genomische onbewerkte gegevens verkregen (.vcf en .pdf bestanden) worden opgeslagen en geback-upt in een lokaal datacenter voor daaropvolgende genomische analyse. Na publicatie van de bevindingen van deze studie zullen de Oncomine-resultaten samen met de klinische classificatie van individuele tumoren openbaar worden gemaakt.

Tissue Micro Array (TMA) Analyse De volgende genen zullen verder worden geanalyseerd door een TMA met behulp van specifieke antilichamen tegen: PD-L1 (Dako, Cat # SK00521), PD-L2 (Thermo Cat # B7-DC/CD273), Gefosforyleerde mTOR ( Abcam Cat#AB118815), p53 (Cat # 5278074001), VEGFR2 (Abcam Cat #AB39256), Gefosforyleerde Akt (Thermo Cat #473), HER2 (Roche, Cat # 05278368001), p16 (Roche, Cat # 06695221001), Met ( Abcam Cat #AB51067), HA-4 (Abcam Cat #AB24480) en vier microsatellietmarkers (allemaal van Roche): MLH1 (Cat # 06472966001), MSH2 (Cat # 05269270001), MSH6 (Cat # 5929911001), PMS2 (Cat # 06419216001). Handmatige TMA wordt voorbereid zoals eerder beschreven. In het kort zullen paraffineblokken worden verkregen en gesneden en gekleurd door Hematoxyline & Eosin (H&E) om het beste histologische gebied te selecteren. Vervolgens wordt het geselecteerde weefselgebied in de TMA geplaatst door het geïdentificeerde gebied in het overeenkomstige blok te omcirkelen. Cilindrische kernbiopten zullen uit elk paraffineblok worden geëxtraheerd met behulp van een stilet van 1 mm en in een nieuw recipiëntblok worden geplaatst. Geselecteerde geschikte gevallen hadden tumoren die ten minste 10% van het kerngebied bezetten. Elk geval wordt in drievoud verwerkt om weefselverlies tijdens het snijden te voorkomen. Secties van elk weefselarrayblok worden gesneden, gedeparaffineerd en gedehydrateerd voor H&E en immunohistochemische procedures.

Genmethylering Promotorgenmethylering op zes geselecteerde genen die eerder promotorregulatie vertoonden door methylering geassocieerd met GC zal worden beoordeeld. Methyleringsanalyse omvat het reprimo-gen en andere mRNA's die geassocieerd zijn met GC-progressie. Analyse zal worden uitgevoerd door bisulfietsequencing zoals eerder beschreven met behulp van de EZ DNA-methylatie Gold-kit (Zymo Research) met kleine aanpassingen. In het kort gezegd, met bisulfiet behandeld DNA wordt geamplificeerd met behulp van specifieke PCR-primers, waarna PCR-producten worden gekloneerd en gesequenced.

EBV-identificatie EBV-subtypes in patiëntmonsters zullen worden beoordeeld met behulp van de chromogene in situ hybridisatie (CISH)-methode met kleine aanpassingen.

Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-analyse Een aanzienlijk deel van de GC-patiënten kan ernstige toxiciteit ontwikkelen door behandeling met 5-FU, waaronder beenmergsuppressie, neuropathie, laag aantal witte bloedcellen, koorts, infecties, misselijkheid, braken, ernstige diarree, mond en spijsverteringskanaal ontsteking, die allemaal worden geregistreerd in de patiëntgeschiedenis van andere cohorten. Subtiele persoonlijke en populatieveranderingen in DNA, SNP's genaamd, kunnen het risico op 5-FU-toxiciteit verhogen; Het metabolisme van 5-FU vindt voornamelijk in de lever plaats, waarbij het enzym DPYD verantwoordelijk is voor het metaboliseren van >80% van het geneesmiddel, waarbij de inactieve metaboliet 5,6-dihydroxy-5-FU wordt geproduceerd. Het is algemeen gedocumenteerd dat een verminderde DPYP-activiteit gepaard gaat met ernstige toxiciteit. Niet-gemetaboliseerde fractie van 5-FU (20%) wordt getransformeerd door een reeks enzymen (bijv. TP, TK), waardoor de actieve metabolieten worden geproduceerd die TYMS-remming veroorzaken, waardoor DNA/RNA-schade wordt bevorderd. Variaties in TYMS- en MTHFR-genen (gerelateerd aan verminderde folaatsynthese, verhoogd 5-FU-effect) zijn in verband gebracht met toxiciteit door behandeling met 5-FU. De aanpak die werd gebruikt om de genetische varianten te selecteren, bestond uit een zoektocht in de database PharmGKB. In totaal zullen zes niet-synonieme SNP's worden geanalyseerd: vier daarvan bevatten het DPYD-gen, één voor TYMS en één voor MTHFR. Analyse zal worden uitgevoerd met behulp van TaqMan™ SNP Genotyping Assay-technologie (Applied Biosystems™). SNP's zullen worden beoordeeld in DNA dat is geïsoleerd uit in paraffine ingebedde patiëntmonsters.

Steekproefomvang en statistische analyse

Het minimale aantal monsters wordt berekend om ervoor te zorgen dat de doelstellingen van het project volledig worden bereikt. Gezien het feit dat ongeveer 90% van de GC-gevallen inderdaad GAC zijn, met een foutenpercentage van 5% en een betrouwbaarheidsinterval van 95%, projecteerden de onderzoekers oorspronkelijk een steekproefomvang van 200 patiënten. De onderzoekers hebben echter ook rekening gehouden met een monsterverliespercentage van 15% (defecte monsters of uitval van patiënten), waardoor er in totaal 230 patiënten konden worden gerekruteerd.

Standaard beschrijvende statistiek zal worden gebruikt om kwalitatieve en kwantitatieve variabelen te analyseren, zoals relatieve en absolute frequenties, frequentietabellen, gemiddelde, mediaan, standaarddeviatie, bereik en kwartielen. Een betrouwbaarheid van 95% wordt geschikt geacht voor analyse. Beschrijvende statistiek zal ook worden gebruikt om de meest relevante gemeten klinische parameters te karakteriseren. De associatie van gecategoriseerde variabelen wordt uitgevoerd door middel van chikwadraat- of Fisher's exact-tests. Variantieanalyse met één arm vergelijkt continue variabelen tussen groepen. Overlevingsuitkomststudies zullen worden uitgevoerd met behulp van de Kaplan-Meier-methode. Prognostische factoren zullen worden geëvalueerd volgens het Cox-regressiemodel voor proportionele risico's.

Principale componentenanalyse (PCA) van de genenvarianten zal worden uitgevoerd en de associatie van de eerste principale componenten met een kleine vooraf gedefinieerde set handtekeningen van genomische veranderingen zal worden beoordeeld. Om moleculaire subgroepen te definiëren, zullen de onderzoekers clustering zonder toezicht gebruiken. De correlatie van de moleculaire subtypen met klinische gegevens (bijv. leeftijd, geslacht, Lauren-klasse) en klinische uitkomsten (bijv. totale overleving, responspercentage) worden beoordeeld. Bovendien zal classificatie onder toezicht worden uitgevoerd op basis van klinische resultaten en zullen de resulterende groepen van beide benaderingen worden vergeleken met andere gerapporteerde moleculaire subtypes.

Patiëntbescherming/formulieren voor schriftelijke geïnformeerde toestemming

Alle partijen garanderen de bescherming van de persoonlijke gegevens van de patiënten. Patiëntnamen worden in geen enkele vorm opgenomen in bladrapporten, publicaties of in enig type publiceerbaar document dat is afgeleid van het onderzoek, met uitzondering van documenten die wettelijk vereist zijn. Geïnformeerde toestemmingsformulieren worden strikt opgesteld volgens de wettelijke en lokale regelgeving. De schriftelijke geïnformeerde toestemmingsformulieren, inclusief alle wijzigingen die tijdens het onderzoek zijn aangebracht, moeten prospectief worden goedgekeurd door de interne beoordelingscommissie/onafhankelijke ethische commissie en CEMP voordat ze in het onderzoek worden opgenomen.

De onderzoekers, vertegenwoordigers of zorgverleners zullen schriftelijke geïnformeerde toestemmingsformulieren verkrijgen van elke patiënt of een wettelijke vertegenwoordiger voordat enige specifieke activiteit van het onderzoek wordt uitgevoerd.