Badanie wpływu jogurtu probiotycznego na obniżenie poziomu toksyn środowiskowych wśród dzieci w wieku szkolnym w Mwanza w Tanzanii (PDTX)

Do badania zostanie zrekrutowana grupa 60 uczniów pierwszego roku ze Szkoły Podstawowej w Lake. Po uzyskaniu zgody opiekuna dziecka każde dziecko otrzyma numer startowy, a wykwalifikowany personel NIMR pobierze od każdego dziecka próbki krwi, moczu i kału. Dzieci zostaną losowo przydzielone do dwóch grup (n=30) dobranych pod względem wieku, płci i wagi, z których jedna otrzyma 100 g jogurtu probiotycznego zawierającego Lactobacillus rhamnosus GR-1, a druga grupa otrzyma równoważną porcję mleka. Po 30 dniach od spożycia jogurtu lub mleka próbki zostaną ponownie pobrane.

Próbki zostaną wysłane z powrotem do Londynu w Ontario w Kanadzie w suchym lodzie do analizy. Krew i mocz zostaną przeanalizowane za pomocą spektrometrii masowej z plazmą sprzężoną indukcyjnie w polu sektorowym o wysokiej rozdzielczości (HR-SF-ICP-MS) w celu określenia poziomów toksycznych metali ciężkich (rtęć, ołów, kadm, arsen). Zostanie to przeprowadzone przez londyńskie laboratorium Health Sciences Trace Elements w Kanadzie. Mocz będzie również analizowany za pomocą chromatografii gazowej/spektrometrii mas (GC-MS) w celu określenia poziomów pestycydów w obiekcie Biotron (University of Western Ontario). Zbadamy również mocz za pomocą NMR pod kątem potencjalnych zmian metabolicznych gospodarza w odpowiedzi na wkraplanie probiotyku.

Próbki DNA społeczności bakteryjnej zostaną wyekstrahowane i przeanalizowane w celu określenia mikroflory żołądkowo-jelitowej dzieci zarówno przed, jak i po podaniu jogurtu probiotycznego w celu określenia wpływu jogurtu na mikrobiom jelitowy. W skrócie, DNA zostanie wyekstrahowane za pomocą zestawu do ekstrakcji Qiagen Stool DNA, a geny 16S rRNA społeczności bakteryjnej zostaną zamplifikowane przy użyciu starterów z kodem kreskowym specyficznych dla regionu zmiennego w genie. Próbki zostaną zebrane i zsekwencjonowane na platformie Ion Torrent (London Regional Genomics Centre, Kanada). Odczyty są następnie przetwarzane i analizowane przy użyciu niestandardowych skryptów, a także narzędzia Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME), które jest wiodącym pakietem do analizy mikroflory.