Onderzoek naar de effecten van probiotische yoghurt op het verminderen van de niveaus van milieutoxines bij schoolkinderen in Mwanza, Tanzania (PDTX)

Een groep van 60 eerstejaars studenten van de Lake Primary School zal worden aangeworven voor opname in de studie. Na toestemming van de verzorger van het kind krijgt elk kind een deelnemernummer en worden bloed-, urine- en ontlastingsmonsters van elk kind afgenomen door gekwalificeerd personeel van NIMR. Kinderen worden gerandomiseerd in twee groepen (n=30) op basis van leeftijd, geslacht en gewicht, waarvan de ene 100 g probiotische yoghurt met Lactobacillus rhamnosus GR-1 krijgt, terwijl de andere groep een gelijkwaardige portie melk krijgt. Na 30 dagen consumptie van de yoghurt of melk worden opnieuw monsters genomen.

Monsters worden op droogijs teruggestuurd naar London, Ontario, Canada voor analyse. Bloed en urine zullen worden geanalyseerd via inductief gekoppelde plasma-massaspectrometrie met hoge resolutie (HR-SF-ICP-MS) om de niveaus van toxische zware metalen (kwik, lood, cadmium, arseen) te bepalen. Dit zal worden uitgevoerd door het London Health Sciences Trace Elements-laboratorium in Canada. Urine zal ook worden geanalyseerd via gaschromatografie/massaspectrometrie (GC-MS) om de niveaus van pesticiden te bepalen in de Biotron-faciliteit (University of Western Ontario). We zullen ook urine via NMR onderzoeken op mogelijke metabole veranderingen in de gastheer als reactie op probiotische instillatie.

DNA-monsters van de bacteriegemeenschap zullen worden geëxtraheerd en geanalyseerd om de gastro-intestinale microbiota van de kinderen te bepalen, zowel voor als na toediening van de probiotische yoghurt om het effect van de yoghurt op het darmmicrobioom te bepalen. In het kort, DNA zal worden geëxtraheerd met de Qiagen Stool DNA-extractiekit en 16S rRNA-genen van de bacteriële gemeenschap zullen worden geamplificeerd met behulp van barcodeprimers die specifiek zijn voor een variabel gebied binnen het gen. De monsters zullen worden samengevoegd en gesequenced op het Ion Torrent-platform (London Regional Genomics Centre, Canada). Lezingen worden vervolgens verwerkt en geanalyseerd met behulp van aangepaste scripts en de tool Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME), het toonaangevende pakket voor microbiota-analyse.