Estudo de comparação de métodos do sistema de genotipagem Spartan FRX CYP2C19 contra o sequenciamento bidirecional

O sistema de teste Spartan FRX CYP2C19 (doravante denominado 'Sistema FRX') é um teste de diagnóstico in vitro qualitativo para a identificação dos genótipos CYP2C19 *2, *3 e *17 de um paciente a partir de DNA genômico obtido de amostras de swab bucal.

O sistema FRX é composto de componentes de hardware e consumíveis. Os componentes de hardware do sistema incluem um analisador (ciclador térmico com capacidade de detecção de fluorescência), um computador netbook e uma impressora. O componente consumível do sistema FRX é um kit de coleta de amostras. Cada kit contém um swab bucal (usado para coletar a amostra do paciente) e um tubo contendo os reagentes necessários para as etapas de extração de DNA genômico e amplificação por PCR do teste.

O Sistema Spartan FRX é capaz de detectar três SNPs CYP2C19 (*2, *3, *17) em cada teste realizado. Um kit de coleta de amostra individual é necessário para cada SNP testado; portanto, três kits de coleta de amostra são necessários para cada teste realizado no sistema.

O Sistema FRX deve ser usado por pessoal treinado em laboratórios certificados pela CLIA e deve ser usado com amostras bucais coletadas diretamente de pacientes. O teste FRX CYP2C19 destina-se a permitir que os médicos identifiquem pacientes com mutações nos loci *2,*3 e *17 do gene CYP2C19 e é indicado para uso como um auxílio para os médicos na determinação de estratégias terapêuticas que são metabolizadas pelo CYP2C19 produto gênico.

Para realizar um teste, o usuário coleta três amostras bucais do paciente e, em seguida, insere uma amostra em cada um dos três tubos de reagentes (um para cada um dos loci CYP2C19 *2, *3 e *17). Os tubos de reagentes são colocados no analisador e o sistema FRX automatiza os processos de extração de DNA, amplificação por PCR, detecção de sinal fluorescente e análise de dados. O sistema fornece ao usuário um resultado impresso listando os genótipos do paciente nos loci *2, *3 e *17.

Este estudo foi projetado para demonstrar a concordância (concordância percentual positiva e negativa) comparando o sistema Spartan FRX com o sequenciamento de DNA bidirecional. O estudo também avaliará a concordância entre três diferentes modalidades de transporte de amostras fornecidas aos laboratórios para uso no transporte de tubos de reagentes com swab de amostra bucal coletada para o laboratório.

Para cada mutação, será calculada a concordância do Sistema FRX em relação ao sequenciamento bidirecional (método comparativo): A precisão geral do teste será calculada e relatada da seguinte forma:

• de resultados concordantes entre o teste e o método de referência Precisão = -------------------------------------- --------------------------
• de amostras analisadas pelo método de referência

Os resultados da primeira e segunda passagem do estudo serão analisados ​​e tabulados conforme descrito na tabela abaixo. Os critérios de aceitação para o estudo geral serão percentuais de concordância ≥ 99,0% para a segunda passagem com o limite inferior de um intervalo de confiança unilateral de 95% usando o método de pontuação ≥ 95,0%.