Srovnávací studie metod genotypizačního systému Spartan FRX CYP2C19 proti obousměrnému sekvenování

Testovací systém Spartan FRX CYP2C19 (dále jen „systém FRX“) je kvalitativní diagnostický test in vitro pro identifikaci pacientových genotypů CYP2C19 *2, *3 a *17 z genomové DNA získané ze vzorků bukálních výtěrů.

Systém FRX se skládá z hardwarových a spotřebních komponent. Hardwarové součásti systému zahrnují analyzátor (tepelný cyklér s možností detekce fluorescence), netbookový počítač a tiskárnu. Spotřebním prvkem systému FRX je souprava pro odběr vzorků. Každá souprava obsahuje bukální tampon (používá se k odběru vzorku pacienta) a zkumavku obsahující reagencie potřebné pro extrakci genomové DNA a fáze PCR amplifikace testu.

Systém Spartan FRX je schopen detekovat tři CYP2C19 SNP (*2, *3, *17) v každém provedeném testu. Pro každý testovaný SNP je vyžadována samostatná souprava pro odběr vzorků; proto jsou pro každý test prováděný na systému vyžadovány tři sady pro odběr vzorků.

Systém FRX má používat vyškolený personál v laboratořích certifikovaných CLIA a je určen pro bukální vzorky odebrané přímo od pacientů. Test FRX CYP2C19 je určen k tomu, aby lékařům umožnil identifikovat pacienty s mutacemi v lokusech *2,*3 a *17 genu CYP2C19 a je indikován k použití jako pomůcka pro klinické lékaře při určování strategií pro terapeutika, která jsou metabolizována CYP2C19. genový produkt.

K provedení testu uživatel odebere tři bukální vzorky od pacienta a poté vloží vzorek do každé ze tří zkumavek s reagenciemi (jeden pro každý z lokusů CYP2C19 *2, *3 a *17). Zkumavky s reagenciemi jsou umístěny do analyzátoru a systém FRX automatizuje procesy extrakce DNA, PCR amplifikace, detekce fluorescenčního signálu a analýzy dat. Systém poskytuje uživateli tištěný výsledek se seznamem genotypů pacientů v lokusech *2, *3 a *17.

Tato studie byla navržena tak, aby demonstrovala shodu (pozitivní a negativní procentuální shodu) porovnáním systému Spartan FRX s obousměrným sekvenováním DNA. Studie také vyhodnotí shodu mezi třemi různými provedeními transportu vzorků poskytnutých laboratořím pro použití při transportu zkumavek s reagenciemi s odebraným bukálním tamponem na vzorky do laboratoře.

Pro každou mutaci bude vypočítána shoda systému FRX s obousměrným sekvenováním (srovnávací metoda): Celková přesnost testu bude vypočítána a uvedena následovně:

• shodných výsledků mezi testem a referenční metodou Přesnost = -------------------------------------- ---------------------------
• vzorků analyzovaných referenční metodou

Výsledky prvního a druhého průchodu studie budou analyzovány a uvedeny do tabulky, jak je uvedeno v tabulce níže. Kritéria přijatelnosti pro celkovou studii budou procento ve shodě ≥ 99,0 % pro druhý průchod s dolní hranicí jednostranného 95% intervalu spolehlivosti za použití metody skóre ≥ 95,0 %.