Экспериментальное исследование Oncopanel (TOP)
13 апреля 2017 г. обновлено: British Columbia Cancer Agency
BCCA Oncopanel — это клинический анализ, разрабатываемый для определения статуса генотипа проспективно определенного набора генов.
Целью этого пилотного исследования является оценка осуществимости и влияния на принятие клинических решений теста Oncopanel. Приемлемыми пациентами являются пациенты с прогрессирующим раком легких, колоректальным раком, меланомой и GIST, а также пациенты с диагностированными злокачественными новообразованиями, рассматриваемые для клинических испытаний.
Обзор исследования
Статус
Завершенный
Подробное описание
Соматические мутации в солидных опухолях представляют собой установленный способ характеристики злокачественных новообразований в прогностических, диагностических и терапевтических целях. Мутации в генах EGFR, KRAS, BRAF, KIT и PDGFRA направляют терапию у пациентов с распространенными опухолями легких, колоректальными опухолями, меланомой и GIST соответственно. Известные или новые мутации в других генах также могут иметь клиническое значение, но не идентифицируются текущим генотипированием, предлагаемым пациентам BC Cancer Agency (BCCA). Кроме того, многочисленные гены-кандидаты были задействованы в качестве потенциальных прогностических и прогностических биомаркеров у пациентов с солидными опухолями. Таким образом, Oncopanel представляет собой клинический анализ, разрабатываемый для определения статуса генотипа проспективно определенного набора генов. В Oncpanel включен следующий клинически значимый набор генов и экзонов: KRAS, EGFR, BRAF, NRAS и HRAS, гены пути передачи сигнала PIK3CA, путь RAS-RAF-MEK-MAPK, HER2, IDH1 и IDH2, ALK, TP53, c-KIT, STAT1 и 3 и PDGFRA. Дополнительное тестирование опухолевого материала будет также включать анализ конкретных вариантов генов, связанных с побочными эффектами или реакцией на терапию.
Многочисленные исследования подтвердили наличие циркулирующей опухолевой ДНК (цДНК) у пациентов с запущенными и ранними стадиями злокачественных новообразований (20-22). Возможность диагностировать стандартные раковые мутации с помощью анализа крови («жидкая биопсия») еще не установлена, но имеет очевидные преимущества. Хорошо задокументировано появление мутаций «резистентности», возникающих в метастатической опухоли или на протяжении всего курса терапии (21, 22). Биопсия крови может дать более точное определение генетических особенностей опухоли, чем архивный образец ДНК. У некоторых пациентов с диагностированными злокачественными новообразованиями, особенно раком легких, может быть трудно получить адекватные образцы тканей. Биопсия крови может представлять собой менее инвазивное и более своевременное средство диагностики как стандартных, так и трансляционных раковых мутаций.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Действительный)
432
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
British Columbia
-
Abbotsford, British Columbia, Канада, V2S 0C2
- Abbotsford Centre, BC Cancer Agency
-
Kelowna, British Columbia, Канада, V1Y5L3
- BC Cancer Agency - Centre for the Southern Interior
-
Surrey, British Columbia, Канада, V3V 1Z2
- Fraser Valley Centre, BC Cancer Agency
-
Vancouver, British Columbia, Канада, V5Z 4E6
- Vancouver Centre, BC Cancer Agency
-
Victoria, British Columbia, Канада, V8R 6V5
- Vancouver Island Centre, BC Cancer Agency
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
18 лет и старше (ВЗРОСЛЫЙ, OLDER_ADULT)
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Полы, имеющие право на обучение
Все
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Пациенты с распространенным колоректальным раком, немелкоклеточным раком легкого и меланомой и кандидаты на клинические испытания.
Описание
Пациенты с архивной опухолевой тканью и известной историей инвазивных злокачественных новообразований имеют право на участие, если они соответствуют одному или нескольким из следующих критериев:
- Прогрессирующий колоректальный рак и соответствие стандартному тесту KRAS,
- Прогрессирующий немелкоклеточный рак легкого, подходящий для стандартного тестирования EGFR,
- Прогрессирующая меланома и соответствие стандартному тесту BRAF,
- Желудочно-кишечные стромальные опухоли (GIST), подходящие для стандартного тестирования c-KIT и PDGFRA,
- Рассматривается возможность потенциального участия в клинических испытаниях.
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
Без лечения
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
Количество дней между получением архивной опухолевой ткани и созданием отчета OncoPanel
Временное ограничение: 10 рабочих дней
|
10 рабочих дней
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
Процент случаев создания отчета Oncopanel для полученного образца опухоли
Временное ограничение: 1 год
|
1 год
|
Другие показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
Процент случаев, в которых генотипический признак, выявленный с помощью Oncopanel, повторяется в стандартном клиническом анализе с целью определения направления последующей терапии
Временное ограничение: 1 год
|
1 год
|
|
Процент пациентов, включенных в утвержденное клиническое исследование, связанное с результатами Онкопанела
Временное ограничение: 1 год
|
1 год
|
|
Согласованность между результатами Oncopanel и секвенированием ctDNA
Временное ограничение: 1 год
|
1 год
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Спонсор
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Hagen Kennecke, MD, British Columbia Cancer Agency
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Green RC, Berg JS, Grody WW, Kalia SS, Korf BR, Martin CL, McGuire AL, Nussbaum RL, O'Daniel JM, Ormond KE, Rehm HL, Watson MS, Williams MS, Biesecker LG; American College of Medical Genetics and Genomics. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med. 2013 Jul;15(7):565-74. doi: 10.1038/gim.2013.73. Epub 2013 Jun 20. Erratum In: Genet Med. 2017 May;19(5):606.
- Johnson DB, Dahlman KH, Knol J, Gilbert J, Puzanov I, Means-Powell J, Balko JM, Lovly CM, Murphy BA, Goff LW, Abramson VG, Crispens MA, Mayer IA, Berlin JD, Horn L, Keedy VL, Reddy NM, Arteaga CL, Sosman JA, Pao W. Enabling a genetically informed approach to cancer medicine: a retrospective evaluation of the impact of comprehensive tumor profiling using a targeted next-generation sequencing panel. Oncologist. 2014 Jun;19(6):616-22. doi: 10.1634/theoncologist.2014-0011. Epub 2014 May 5.
- Gray SW, Hicks-Courant K, Cronin A, Rollins BJ, Weeks JC. Physicians' attitudes about multiplex tumor genomic testing. J Clin Oncol. 2014 May 1;32(13):1317-23. doi: 10.1200/JCO.2013.52.4298. Epub 2014 Mar 24.
- Choi YL, Soda M, Yamashita Y, Ueno T, Takashima J, Nakajima T, Yatabe Y, Takeuchi K, Hamada T, Haruta H, Ishikawa Y, Kimura H, Mitsudomi T, Tanio Y, Mano H; ALK Lung Cancer Study Group. EML4-ALK mutations in lung cancer that confer resistance to ALK inhibitors. N Engl J Med. 2010 Oct 28;363(18):1734-9. doi: 10.1056/NEJMoa1007478.
- Doebele RC, Pilling AB, Aisner DL, Kutateladze TG, Le AT, Weickhardt AJ, Kondo KL, Linderman DJ, Heasley LE, Franklin WA, Varella-Garcia M, Camidge DR. Mechanisms of resistance to crizotinib in patients with ALK gene rearranged non-small cell lung cancer. Clin Cancer Res. 2012 Mar 1;18(5):1472-82. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-11-2906. Epub 2012 Jan 10.
- Guo J, Si L, Kong Y, Flaherty KT, Xu X, Zhu Y, Corless CL, Li L, Li H, Sheng X, Cui C, Chi Z, Li S, Han M, Mao L, Lin X, Du N, Zhang X, Li J, Wang B, Qin S. Phase II, open-label, single-arm trial of imatinib mesylate in patients with metastatic melanoma harboring c-Kit mutation or amplification. J Clin Oncol. 2011 Jul 20;29(21):2904-9. doi: 10.1200/JCO.2010.33.9275. Epub 2011 Jun 20.
- Chapman PB, Hauschild A, Robert C, Haanen JB, Ascierto P, Larkin J, Dummer R, Garbe C, Testori A, Maio M, Hogg D, Lorigan P, Lebbe C, Jouary T, Schadendorf D, Ribas A, O'Day SJ, Sosman JA, Kirkwood JM, Eggermont AM, Dreno B, Nolop K, Li J, Nelson B, Hou J, Lee RJ, Flaherty KT, McArthur GA; BRIM-3 Study Group. Improved survival with vemurafenib in melanoma with BRAF V600E mutation. N Engl J Med. 2011 Jun 30;364(26):2507-16. doi: 10.1056/NEJMoa1103782. Epub 2011 Jun 5.
- Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med. 2014 May;20(5):548-54. doi: 10.1038/nm.3519. Epub 2014 Apr 6.
- Shi Y, Au JS, Thongprasert S, Srinivasan S, Tsai CM, Khoa MT, Heeroma K, Itoh Y, Cornelio G, Yang PC. A prospective, molecular epidemiology study of EGFR mutations in Asian patients with advanced non-small-cell lung cancer of adenocarcinoma histology (PIONEER). J Thorac Oncol. 2014 Feb;9(2):154-62. doi: 10.1097/JTO.0000000000000033.
- Misale S, Yaeger R, Hobor S, Scala E, Janakiraman M, Liska D, Valtorta E, Schiavo R, Buscarino M, Siravegna G, Bencardino K, Cercek A, Chen CT, Veronese S, Zanon C, Sartore-Bianchi A, Gambacorta M, Gallicchio M, Vakiani E, Boscaro V, Medico E, Weiser M, Siena S, Di Nicolantonio F, Solit D, Bardelli A. Emergence of KRAS mutations and acquired resistance to anti-EGFR therapy in colorectal cancer. Nature. 2012 Jun 28;486(7404):532-6. doi: 10.1038/nature11156.
- Punnoose EA, Atwal S, Liu W, Raja R, Fine BM, Hughes BG, Hicks RJ, Hampton GM, Amler LC, Pirzkall A, Lackner MR. Evaluation of circulating tumor cells and circulating tumor DNA in non-small cell lung cancer: association with clinical endpoints in a phase II clinical trial of pertuzumab and erlotinib. Clin Cancer Res. 2012 Apr 15;18(8):2391-401. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-11-3148. Epub 2012 Apr 5.
- Spindler KL, Pallisgaard N, Vogelius I, Jakobsen A. Quantitative cell-free DNA, KRAS, and BRAF mutations in plasma from patients with metastatic colorectal cancer during treatment with cetuximab and irinotecan. Clin Cancer Res. 2012 Feb 15;18(4):1177-85. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-11-0564. Epub 2012 Jan 6.
- Douillard JY, Oliner KS, Siena S, Tabernero J, Burkes R, Barugel M, Humblet Y, Bodoky G, Cunningham D, Jassem J, Rivera F, Kocakova I, Ruff P, Blasinska-Morawiec M, Smakal M, Canon JL, Rother M, Williams R, Rong A, Wiezorek J, Sidhu R, Patterson SD. Panitumumab-FOLFOX4 treatment and RAS mutations in colorectal cancer. N Engl J Med. 2013 Sep 12;369(11):1023-34. doi: 10.1056/NEJMoa1305275.
- Dienstmann R, Dong F, Borger D, Dias-Santagata D, Ellisen LW, Le LP, Iafrate AJ. Standardized decision support in next generation sequencing reports of somatic cancer variants. Mol Oncol. 2014 Jul;8(5):859-73. doi: 10.1016/j.molonc.2014.03.021. Epub 2014 Apr 4.
- Jimeno A, Messersmith WA, Hirsch FR, Franklin WA, Eckhardt SG. KRAS mutations and sensitivity to epidermal growth factor receptor inhibitors in colorectal cancer: practical application of patient selection. J Clin Oncol. 2009 Mar 1;27(7):1130-6. doi: 10.1200/JCO.2008.19.8168. Epub 2009 Jan 5.
- Lee CK, Brown C, Gralla RJ, Hirsh V, Thongprasert S, Tsai CM, Tan EH, Ho JC, Chu da T, Zaatar A, Osorio Sanchez JA, Vu VV, Au JS, Inoue A, Lee SM, Gebski V, Yang JC. Impact of EGFR inhibitor in non-small cell lung cancer on progression-free and overall survival: a meta-analysis. J Natl Cancer Inst. 2013 May 1;105(9):595-605. doi: 10.1093/jnci/djt072. Epub 2013 Apr 17.
- Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers. Nature. 2012 Sep 27;489(7417):519-25. doi: 10.1038/nature11404. Epub 2012 Sep 9. Erratum In: Nature. 2012 Nov 8;491(7423):288. Rogers, Kristen [corrected to Rodgers, Kristen].
- Ogino S, Lochhead P, Giovannucci E, Meyerhardt JA, Fuchs CS, Chan AT. Discovery of colorectal cancer PIK3CA mutation as potential predictive biomarker: power and promise of molecular pathological epidemiology. Oncogene. 2014 Jun 5;33(23):2949-55. doi: 10.1038/onc.2013.244. Epub 2013 Jun 24.
- Marks JL, Gong Y, Chitale D, Golas B, McLellan MD, Kasai Y, Ding L, Mardis ER, Wilson RK, Solit D, Levine R, Michel K, Thomas RK, Rusch VW, Ladanyi M, Pao W. Novel MEK1 mutation identified by mutational analysis of epidermal growth factor receptor signaling pathway genes in lung adenocarcinoma. Cancer Res. 2008 Jul 15;68(14):5524-8. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-08-0099.
- Gandhi L, Bahleda R, Tolaney SM, Kwak EL, Cleary JM, Pandya SS, Hollebecque A, Abbas R, Ananthakrishnan R, Berkenblit A, Krygowski M, Liang Y, Turnbull KW, Shapiro GI, Soria JC. Phase I study of neratinib in combination with temsirolimus in patients with human epidermal growth factor receptor 2-dependent and other solid tumors. J Clin Oncol. 2014 Jan 10;32(2):68-75. doi: 10.1200/JCO.2012.47.2787. Epub 2013 Dec 9.
- Borger DR, Tanabe KK, Fan KC, Lopez HU, Fantin VR, Straley KS, Schenkein DP, Hezel AF, Ancukiewicz M, Liebman HM, Kwak EL, Clark JW, Ryan DP, Deshpande V, Dias-Santagata D, Ellisen LW, Zhu AX, Iafrate AJ. Frequent mutation of isocitrate dehydrogenase (IDH)1 and IDH2 in cholangiocarcinoma identified through broad-based tumor genotyping. Oncologist. 2012;17(1):72-9. doi: 10.1634/theoncologist.2011-0386. Epub 2011 Dec 16.
- Turcan S, Rohle D, Goenka A, Walsh LA, Fang F, Yilmaz E, Campos C, Fabius AW, Lu C, Ward PS, Thompson CB, Kaufman A, Guryanova O, Levine R, Heguy A, Viale A, Morris LG, Huse JT, Mellinghoff IK, Chan TA. IDH1 mutation is sufficient to establish the glioma hypermethylator phenotype. Nature. 2012 Feb 15;483(7390):479-83. doi: 10.1038/nature10866.
- Yi ES, Boland JM, Maleszewski JJ, Roden AC, Oliveira AM, Aubry MC, Erickson-Johnson MR, Caron BL, Li Y, Tang H, Stoddard S, Wampfler J, Kulig K, Yang P. Correlation of IHC and FISH for ALK gene rearrangement in non-small cell lung carcinoma: IHC score algorithm for FISH. J Thorac Oncol. 2011 Mar;6(3):459-65. doi: 10.1097/JTO.0b013e318209edb9.
- Lux ML, Rubin BP, Biase TL, Chen CJ, Maclure T, Demetri G, Xiao S, Singer S, Fletcher CD, Fletcher JA. KIT extracellular and kinase domain mutations in gastrointestinal stromal tumors. Am J Pathol. 2000 Mar;156(3):791-5. doi: 10.1016/S0002-9440(10)64946-2.
- Carvajal RD, Antonescu CR, Wolchok JD, Chapman PB, Roman RA, Teitcher J, Panageas KS, Busam KJ, Chmielowski B, Lutzky J, Pavlick AC, Fusco A, Cane L, Takebe N, Vemula S, Bouvier N, Bastian BC, Schwartz GK. KIT as a therapeutic target in metastatic melanoma. JAMA. 2011 Jun 8;305(22):2327-34. doi: 10.1001/jama.2011.746.
- Lu HF, Yang JS, Lin YT, Tan TW, Ip SW, Li YC, Tsou MF, Chung JG. Diallyl disulfide induced signal transducer and activator of transcription 1 expression in human colon cancer colo 205 cells using differential display RT-PCR. Cancer Genomics Proteomics. 2007 Mar-Apr;4(2):93-7.
- Corless CL, Schroeder A, Griffith D, Town A, McGreevey L, Harrell P, Shiraga S, Bainbridge T, Morich J, Heinrich MC. PDGFRA mutations in gastrointestinal stromal tumors: frequency, spectrum and in vitro sensitivity to imatinib. J Clin Oncol. 2005 Aug 10;23(23):5357-64. doi: 10.1200/JCO.2005.14.068. Epub 2005 May 31.
- Thompson JD, Shibahara G, Rajan S, Pel J, Marziali A. Winnowing DNA for rare sequences: highly specific sequence and methylation based enrichment. PLoS One. 2012;7(2):e31597. doi: 10.1371/journal.pone.0031597. Epub 2012 Feb 15.
- Pel J, Broemeling D, Mai L, Poon HL, Tropini G, Warren RL, Holt RA, Marziali A. Nonlinear electrophoretic response yields a unique parameter for separation of biomolecules. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Sep 1;106(35):14796-801. doi: 10.1073/pnas.0907402106. Epub 2009 Aug 17.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
1 октября 2014 г.
Первичное завершение (Действительный)
1 марта 2017 г.
Завершение исследования (Действительный)
1 марта 2017 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
18 июня 2014 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
23 июня 2014 г.
Первый опубликованный (Оценивать)
24 июня 2014 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
14 апреля 2017 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
13 апреля 2017 г.
Последняя проверка
1 апреля 2017 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
- ГЕР2
- ЭГФР
- ПИК3КА
- ТП53
- КРАС
- Продвинутая меланома
- Метастатический колоректальный рак
- Циркулирующая опухолевая ДНК
- БРАФ
- Распространенный немелкоклеточный рак легкого
- АЛК
- ПДГФРА
- с-КОМПЛЕКТ
- NRAS и HRAS
- РАН-РАФ-МЭК-МАПК
- ИДГ1 и ИДГ2
- STAT1 и 3
- Желудочно-кишечный зоб Опухоль
- Гены-кандидаты, используемые в качестве потенциальных прогностических и прогностических биомаркеров у пациентов с солидными опухолями
Дополнительные соответствующие термины MeSH
- Заболевания пищеварительной системы
- Заболевания дыхательных путей
- Новообразования соединительной и мягкой ткани
- Новообразования по гистологическому типу
- Новообразования
- Легочные заболевания
- Новообразования по локализации
- Желудочно-кишечные новообразования
- Новообразования пищеварительной системы
- Желудочно-кишечные заболевания
- Новообразования дыхательных путей
- Грудные новообразования
- Рак, Бронхогенный
- Бронхиальные новообразования
- Нейроэктодермальные опухоли
- Новообразования, зародышевые клетки и эмбриональные
- Новообразования, нервная ткань
- Заболевания толстой кишки
- Кишечные заболевания
- Новообразования кишечника
- Заболевания прямой кишки
- Новообразования легких
- Новообразования соединительной ткани
- Нейроэндокринные опухоли
- Невусы и меланомы
- Карцинома немелкоклеточного легкого
- Колоректальные новообразования
- Желудочно-кишечные стромальные опухоли
- Меланома
Другие идентификационные номера исследования
- H14-01212
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .