弥漫性低级别胶质瘤中肿瘤异质性的病灶 (FDLGG)

IDH1 突变的神经胶质瘤是生长缓慢的脑肿瘤，会发展为高级神经胶质瘤。 导致这种进展的早期分子事件是不明确的。 先前的研究表明，这些肿瘤中有 20% 已经有转化灶。 这些焦点提供了更好地了解恶性进展的机会。 研究人员使用免疫组织化学和高通量 RNA 分析来表征病灶细胞。 这些具有更高的 p-STAT3 染色，揭示了 JAK/STAT 信号的激活。 它们下调涉及 Hippo/Yap 通路（AMOT、CCDC80、LIX1）、Wnt 信号（CPE、DAAM2、GPR37、SFRP2）、EGFR 信号（EPS15、MLC1）、细胞骨架和细胞间通讯（EZR、GJA1）的基因，同时增加SKA3，一种着丝粒相关蛋白。 此外，病灶细胞显示脂质代谢乙醇胺-磷酸磷酸裂解酶 (ETNPPL/AGXT2L1) 水平降低。 该酶参与参与膜合成的磷酸乙醇胺的分解代谢。 研究人员在神经胶质瘤细胞以及人脑的星形胶质细胞中检测到了 ETNPPL 蛋白。 它的核定位表明这种酶的其他作用。 ETNPPL 表达与神经胶质瘤分级呈负相关，研究人员在胶质母细胞瘤中未发现 ETNPPL 蛋白。

ETNPPL 的过表达减少了神经胶质瘤干细胞的生长，表明该酶反对神经胶质瘤生成。 总的来说，这些结果表明膜脂代谢和 STAT3 通路的联合改变促进了 IDH1 突变神经胶质瘤的恶性进展。

选择通过苏木精和伊红染色评估的具有直径至少四毫米的病灶的肿瘤。 在无核糖核酸酶的条件下，使用来自组织微阵列装置的两毫米穿孔器在 FFPE 肿瘤块中进行四次钻孔（两次在病灶中，两次在肿瘤的另一部分）。 打孔后，通过对切片进行苏木精和伊红染色检查肿瘤区域的选择是否充分。 使用 Qiagen RNeasy FFPE 试剂盒提取总 RNA，使用 Nanodrop 1000 (Thermo Fisher) 进行定量，并使用 Bioanalyzer 2100 测定 RNA 完整性数 (RIN)。 根据 Affymetrix 技术部门的说法，RIN 平均为 2.5，但仍适合在 DNA 芯片上进行标记和杂交。 在用 Affymetrix WT Pico Kit 扩增和标记后，cDNA 在 Human Gene 2.1 ST 芯片上杂交。 使用 Affymetrix Expression Console 软件（GC-RMA 算法）对数据进行标准化，并使用 Affymetrix Transcriptome Analysis Console (3.1.0.5) 软件生成 RNA 图谱。 根据线性倍数变化≥ 1.1 和 p 值 ≤ 0.05（n=8 个肿瘤）选择差异表达的基因。 支持我们研究结果的数据可在功能基因组学数据 Gene Expression Omnibus 中公开获得。