Prospektivní definování podtypů metastatického duktálního adenokarcinomu pankreatu pomocí komplexní genomické analýzy (PanGen)

Jedná se o prospektivní nerandomizovanou studii pacientů s metastatickým duktálním adenokarcinomem slinivky (PDAC) podstupující systémovou chemoterapii první linie buď kyselinou folinovou, fluorouracilem, irinotekanem a oxaliplatinou (FOLFIRINOX) nebo režimem založeným na gemcitabinu a nab-paclitaxelu (GP). , kde budou získány vzorky nádorů, výchozí a sériové krevní vzorky a standardizovaná klinická a radiologická hodnocení. Pacienti, u kterých je plánována léčba hodnoceným činidlem (látkami) v rámci klinické studie využívající buď FOLFIRINOX nebo GP jako páteř chemoterapie, budou také způsobilí, pokud budou splněna další kritéria způsobilosti pro studii.

Během období studie bude přijato celkem 190 pacientů. Pacienti podstoupí čerstvou biopsii nádoru na začátku studie pro komplexní molekulární charakterizaci (kohorta biopsie). Pacienti, jejichž biopsie nebyla schopna podstoupit sekvenování celého genomu a transkriptomu (např. z důvodu nedostatečného obsahu nádoru), ale splňujících všechna ostatní kritéria způsobilosti, bude tvořit archivní kohorta, kde budou prováděny omezené genomické analýzy archivních vzorků nádorů. Vhodné mohou být pacienti s radiologickou diagnózou metastatického PDAC bez potvrzující histologické diagnózy; v těchto případech bude mít přednost biopsie nádoru pro stanovení patologické diagnózy. Zbývající vzorky nádoru budou použity pro výzkumné účely až po stanovení diagnózy PDAC. Ve vzácných případech (<5 %), kdy je histologická diagnóza jiná než PDAC, budou pacienti ze studie cenzurováni a veškerý nádorový materiál bude uložen pro budoucí klinické použití mimo tuto studii.

Všichni pacienti podstoupí sériový odběr vzorků plazmy a séra na začátku studie a každé 4 týdny až do konce studie. Ty budou použity pro explorativní analýzy biomarkerů. Sérový rakovinný antigen 19-9 (CA19-9), také známý jako sacharidový antigen 19-9, bude také měřen na začátku studie a poté každé 4 týdny jako součást rutinní standardní péče až do konce studie. Kromě toho bude na začátku odebrán vzorek plné krve pro studium variant zárodečné DNA. CT hrudníku, břicha a pánve bude provedeno na začátku a každých 8 týdnů, přičemž radiologická odpověď na terapii bude hodnocena pomocí RECIST 1.1.

Pacienti musí mít alespoň jednu nádorovou lézi vhodnou k biopsii, ze které lze bezpečně získat minimálně 3 nádorová jádra pod vedením CT nebo ultrazvukem, jak to zhodnotí personální intervenční radiolog. Každému pacientovi bude před zahájením léčby přípravkem FOLFIRINOX nebo GP odebráno maximálně 5 jader nádorů. V době radiologické progrese onemocnění bude od pacientů v bioptické kohortě odebrána volitelná druhá biopsie nádoru ke studiu změn v molekulárních charakteristikách nádorů pod selekčním tlakem první linie systémové terapie. Tato nádorová biopsie bude provedena za použití přesně stejných postupů popsaných pro základní biopsii. Biopsie nádoru budou koordinovány s programem British Columbia (BC) Cancer Personalized Oncogenomics (POG) a data a/nebo vzorky sdílené mezi těmito dvěma studiemi, aby se předešlo opakovanému odběru vzorků pacienta pro POG i PanGen, pokud se pacient účastní obě studie. Molekulární analýzy provede BC Cancer. V závislosti na množství nádorového materiálu získaného od každého pacienta budou upřednostněny molekulární analýzy, aby se nejprve stanovila nebo potvrdila histologická diagnóza a poté se použily pro sekvenování celého genomu, sekvenování celého transkriptomu, proteomiku a modely odvozené od pacienta.

Primárním cílovým parametrem PanGen je generování molekulárních a fenotypových signatur jednotlivých nádorů v klinicky relevantním časovém rámci. Podpisová data budou korelována s klinickým výsledkem. Jednou z klíčových silných stránek tohoto kohortového přístupu bude důsledná anotace klinických rysů pacientů s PDAC a výsledků všech léčeb (první linie a dalších) spojených s molekulárním profilem. Vyšetřovatelé mají potenciál být hbití, protože se generuje více dat, lze prozkoumat více hypotéz a jiné doladit nebo odstranit.