microRNA-profil i tidligt stadie af livmoderhalskræft

Cervical carcinoma (CC) er en af ​​de mest almindelige kræftformer hos kvinder fra lande med vækstøkonomier; i Mexico har CC den næsthøjeste forekomst og dødelighed. Adskillige undersøgelser har vist, at den vigtigste prognostiske faktor er lymfeknudemetastase hos CC-patienter i tidligt stadie forud for radikal hysterektomi (RH) med bilateral bækkenlymfadenektomi (BPL), hvor positiv lymfeknudemetastase reducerer den samlede overlevelse (OS) fra 80 % til 53 % efter 5 år.

MikroRNA'er (miRNA'er) er enkeltstrengede RNA'er, der omfatter ca. 21-23 nukleotider. miRNA'er regulerer genekspression gennem hæmning af posttranskriptionelle hændelser og inducerer i nogle tilfælde nedbrydningen af ​​deres target messenger RNA. I cancer kan miRNA'er fungere som både onkogener og/eller som tumorsuppressorgener afhængigt af funktionen af ​​deres målgener.

Formalinfikserede paraffinindlejrede (FFPE) vævsblokke fra CC-patienter diagnosticeret mellem januar 2006 og december 2013 på afdelingen for onkologisk gynækologi på National Cancer Institute (Mexico City) blev analyseret med den hensigt at udvælge dem med en bekræftet histopatologisk diagnose trin IB1 eller IIA1 CC behandlet med RH og BPL. Total RNA blev ekstraheret fra 5 (10 µm) snit for udvalgte væv. Til den kliniske korrelationsanalyse blev prøverne opdelt i 2 grupper: 1 med positiv okkult lymfeknudemetastasepatologi og 1 uden lymfeknudemetastasepatologi. For begge grupper blev patienter matchet for alder, tumorstørrelse og tilstedeværelse af lymfovaskulær permeation.

Identifikationen af ​​globale miRNA-profiler blev udført ved hjælp af GeneChip miRNA 3.0 Array (Affymetrix, Cat. 902018) efter producentens anvisninger. mikroarrayet blev hybridiseret og vasket ved hjælp af Affymetrix Fluidics Station 450 og scannet med Affymetrix GeneChip Scanner 3000. Efter behandling af billederne blev rådataene behandlet. For at opnå miRNA-profilen blev de behandlede prøver opdelt i 2 grupper, prøver med lymfeknudemetastase og prøver uden lymfeknudemetastase. Differentielt udtrykte miRNA'er blev identificeret ved hjælp af en cutoff-værdi på p <0,01 og en foldændring (FC) på 1,5. miRNA'er, der opfyldte disse kriterier, blev klassificeret som overudtrykte eller underudtrykte.