Edistynyt mallinnus COVID-19:n epidemiologisen puhkeamisen kehityksestä

Design. Retrospektiivinen havainnointitutkimus. Mallintaminen perustuu vuoden 2020 alussa alkaneeseen SARS-CoV-2-pandemiaan.

Tutkittavat kohteet Tietoja kerätään päivittäisistä ilmaantuvuustiedoista iän ja sukupuolen mukaan koottuna: suoritetut testit, positiiviset tapaukset, SARS-CoV-2:n sairaalakäynnit ja tehohoitoyksiköt, sairaalasta ja teho-osastolta kotiutukset, toipuminen ja kuolleisuus (teho-osastolla, vuonna sairaalassa tai yhteisössä) COVID19-potilaita.

Kriteerit sisällyttämiselle. Positiivisista tapauksista: SARS-CoV-2-infektion laboratorio - vahvistettu positiivisella tuloksella käänteiskopioijapolymeraasiketjureaktiotestissä vakavan akuutin hengitystieoireyhtymän koronavirus 2:n (SARS-CoV-2) varalta tai positiivisella antigeenitestillä 1. maaliskuuta alkaen , 2020 - 9. tammikuuta 2022.

Sairaalahoidot: Sairaalahoidot pandemian alusta lähtien. Eri jaksojen pitäminen yhtenä tunnustuksena, kun on kyse siirroista keskuksesta toiseen. Harkitse vain COVID19:n aiheuttamia tuloja.

Poissulkemiskriteerit: Potilaat, jotka on otettu sairaalaan muista syistä, joille sairaus on kehittynyt sairaalassa olonsa aikana.

Muuttujat. Kerättävä tieto on koottua tietoa tapausten muodossa. Väestö ositetaan kymmeneen ikäryhmään (0 - 9, 10 - 19, ..., 70 - 79, 80 - 89, 90+) ja sukupuolen mukaan. Muuttujat:

• Tutkimusjoukon yksilöt iän mukaan.
• Uusien vahvistettujen positiivisten COVID19-tapausten määrä iän ja päivän mukaan.
• COVID19:n aiheuttamien uusien sairaalahoitoon otettujen määrä iän ja päivän mukaan. COVID19:n takia tehohoitoon otettujen määrä
• COVID19-kuolemien kokonaismäärä iän ja päivän mukaan.
• COVID19-sairaalaan joutuneiden potilaiden sairaalahoitoon (elävät potilaat) iän ja päivän mukaan (pois lukien siirrot).
• COVID19:n vuoksi sairaalassa kuolleiden määrä iän ja päivän mukaan.
• COVID19:n aiheuttamien kuolemien määrä tehoosastolla iän ja päivän mukaan.

Ehdotetusta mallintamisesta saatavat tulosmuuttujat ovat:

• Arvioitu positiivisten COVID19-tapausten määrä iän ja päivän mukaan.
• Arvioitu COVID19-sairaalahoitojen määrä iän ja päivän mukaan.
• Arvioitu COVID19-kuolemien kokonaismäärä iän ja päivän mukaan.
• COVID19:n vuoksi arvioitu tehohoitoon käyntien määrä iän ja päivän mukaan.

Tietojen analysointi. Käytämme P-splinejä ja negatiivista binomijakaumaa. P-spliinit tai rangaistut splainit ovat tehokas työkalu ajallisen datan epälineaaristen suhteiden mallintamiseen. Yhdistämällä ne negatiiviseen binomijakaumaan saadaan malli, joka soveltuu erityisen hyvin ylihajautuneen datan laskemiseen, kuten pandemiadatan tapauksessa.

Toimenpide:

• Tiedonkeruu: Päivittäiset tiedot positiivisista tapauksista, sairaalahoidoista ja teho-osastohoidoista saadaan pandemian alusta syyskuuhun 2022 saakka.
• Mallintaminen: Dataan sovitetaan negatiiviseen binomijakaumaan perustuva P-spline-malli. Tämä malli on suunniteltu ottamaan huomioon ajalliset trendit ja kausiluonteiset kuviot sekä käsittelemään tiedoissa esiintyvää ylihajautta.
• Malli, jossa on satunnainen vaikutus viikonpäivälle: Erityisesti sairaalahoitoon pääsyn ennustamiseen sisällytetään satunnainen vaikutus viikonpäivälle. Tämä oikaisu tehdään, koska tuloissa havaittiin systemaattista vaihtelua viikonpäivästä riippuen. Tämän satunnaisvaikutuksen sisällyttäminen merkittävästi parantaa tämän muuttujan mallin tarkkuutta.
• Ennuste: Ennusteet tehdään kahdelle aikahorisontille: lyhyelle (1 ja 2 päivää) ja keskipitkälle (5 päivää) aikavälille. Näiden ennusteiden avulla voimme ennakoida pandemian kehitystä ja tehdä tietoisia päätöksiä.

Ennusteiden validointi: Ennusteiden tarkkuuden ja luotettavuuden vahvistamiseksi suoritetaan retrospektiivinen analyysi pandemian eri aikoina (tai aalloilla). Mallin ennusteita verrataan todellisiin havaittuihin tietoihin, ja virhemittarit lasketaan mallin suorituskyvyn arvioimiseksi.

Rajoitukset. Yksi tutkimuksen rajoituksista on mahdolliset sairaalahoitojen menetykset tarkasteltavasta sairaudesta ja kuolemasta (tai toipumisesta) henkilöillä, joiden testien, maahanpääsyn ja kuoleman (tai toipumisen) ajallinen järjestys ei ole noudattanut suoritetuissa etsinnöissä käytettyä järjestystä.

Eettiset näkökohdat. Tämä tutkimus käyttää vain anonymisoitua tietoa tavoitteidensa saavuttamiseksi. Potilaan tunnistamiseksi ei ole saatavilla tietoja.

Kaikkien osallistuvien henkilöiden henkilötietojen käsittelyssä, välittämisessä ja siirrossa noudatetaan Euroopan tietosuoja-asetuksen (EU2016/679) säännöksiä luonnollisten henkilöiden suojelusta käsittelyssä. henkilötietojen suojasta ja näiden tietojen vapaasta liikkuvuudesta sekä 5. joulukuuta annettu peruslaki 3/2018 henkilötietojen suojasta ja digitaalisten oikeuksien takaamisesta. Käytännössä kaikki tähän tutkimukseen tarvittavat tiedot ovat aggregoituja tietoja, joita ei missään tapauksessa voida yhdistää yksilöihin. Kaikki tiedot käsitellään ehdottoman luottamuksellisesti.

Mitä tulee tietoon perustuvan suostumuksen saamiseen potilaalta, tämä tutkimusryhmä ehdottaa tutkimuksen suorittamista pyytämättä potilaalta tietoista suostumusta. Syyt tähän ehdotukseen perustuvat biolääketieteellisestä tutkimuksesta 3. heinäkuuta 2007 annetun lain 14/2007 pykälään ("".. koodattuja tai tunnistettuja näytteitä voidaan poikkeuksellisesti käsitellä biolääketieteellistä tutkimusta varten ilman lääketieteellisen tutkimuksen suostumusta. lähdekohde, kun mainitun suostumuksen saaminen ei ole mahdollista tai se edustaa kohtuutonta vaivaa. Näissä tapauksissa vaaditaan vastaavan tutkimuseettisen toimikunnan myönteinen lausunto. ")