Ocena medyczno-ekonomiczna różnych strategii wysokowydajnego sekwencjonowania w diagnostyce pacjentów z upośledzeniem umysłowym (DISSEQ)

Niepełnosprawność intelektualna (ID) jest prawdziwym problemem zdrowia publicznego, ponieważ dotyka od 1 do 3% ogółu populacji. Obecnie we Francji diagnoza opiera się na wiedzy klinicznej, zastosowaniu analizy mikromacierzy DNA, badaniach przesiewowych w kierunku zespołu łamliwego chromosomu X oraz, jeśli to konieczne, badaniu docelowych genów w zależności od danych klinicznych. Chociaż wiedza kliniczna nie wystarczy, aby ukierunkować konkretny gen, te różne narzędzia prowadzą obecnie do diagnozy średnio tylko u 20% pacjentów (wyższy odsetek w przypadkach syndromicznego niedoboru intelektualnego), czasami po wielu kosztownych badaniach biologicznych.

Dzięki wysokoprzepustowemu sekwencjonowaniu (HTS) genetyka medyczna przeżywa poważny przełom technologiczny, zapoczątkowany rozwojem paneli sekwencjonowania genów docelowych, takich jak na przykład panel DI459, składający się z 459 genów zaangażowanych lub prawdopodobnie zaangażowany w ID, opracowany przez zespół w Strasburgu i sekwencjonowanie całego egzomu (WES). Wdrożenie HTS w diagnostyce następowało z różną szybkością w zależności od kraju, z których niektóre używają go w rutynowej diagnostyce od kilku lat. Rodzaj strategii, którą należy przyjąć w przypadku anomalii rozwojowych, jest nadal przedmiotem debaty we Francji, wobec braku wyników analiz opłacalności; ta nieobecność utrudniła wdrożenie tych technologii.

W diagnostyce ID panel DI459 ma wydajność diagnostyczną na poziomie 25%. Dane z piśmiennictwa wskazują również na wysoką skuteczność WES u pacjentów z ID: około 32% rozpoznań genetycznych (stopniowo wzrasta dzięki możliwości ponownej analizy w miarę postępu wiedzy o genomice) oraz 10% rozpoznań dodatkowych poprzez identyfikację mikrorearanżacji chromosomalnych, co stanowi oczekiwaną sumę 42% diagnoz. WES mógłby zatem zastąpić array-CGH. Koszt jest wyższy niż w przypadku paneli DI44 i DI459, ale oznacza to, że badania nie muszą być powtarzane sekwencyjnie w czasie, jeśli badania są negatywne.

Kwestia wartości medyczno-ekonomicznej ma zatem kluczowe znaczenie dla określenia, która strategia jest najskuteczniejsza. Przeprowadzono już kilka badań medyczno-ekonomicznych, porównujących klasyczne badania z WES, dotyczących wykorzystania HTS do celów diagnostycznych, ale żadne nie dotyczyło ID ani nie porównywało sekwencjonowania panelowego z WES. W tym kontekście badanie medyczno-ekonomiczne jest niezbędne we Francji, ponieważ ostatecznie wybór najbardziej odpowiedniej strategii HTS w diagnostyce ID będzie miał poważne reperkusje nie tylko kliniczne i ekonomiczne, ale także z jednej strony dla całego społeczeństwa ze względu na korzyści 1) dla leczenia i prognozowania pacjentów oraz 2) dla rodzin, ponieważ będą one miały lepszy dostęp do poradnictwa genetycznego. Należy zauważyć, że społeczność Genetic nigdy nie doświadczyła tak ogromnej innowacji technologicznej, która doprowadzi do ogromnego wzrostu wydajności diagnostycznej, uzasadniając w ten sposób zainteresowanie, jakie społeczność musi dać tej innowacji.