Évaluation médico-économique de différentes stratégies de séquençage à haut débit dans le diagnostic des patients présentant une déficience intellectuelle (DISSEQ)

La déficience intellectuelle (DI) est un véritable problème de santé publique car elle touche 1 à 3 % de la population au sens large. Actuellement, en France, le diagnostic repose sur l'expertise clinique, le recours à l'analyse des puces à ADN, le dépistage du syndrome de l'X fragile et, si nécessaire, une étude des gènes cibles en fonction des données cliniques. Bien que l'expertise clinique ne suffise pas à cibler un gène en particulier, ces différents outils ne conduisent actuellement au diagnostic que chez 20 % des patients en moyenne (pourcentage plus élevé en cas de déficience intellectuelle syndromique), parfois après de nombreux examens biologiques coûteux.

Grâce au séquençage à haut débit (HTS), la génétique médicale connaît un bouleversement technologique majeur, issu du développement de panels de séquençage de gènes cibles, comme par exemple le panel DI459, composé de 459 gènes impliqués ou susceptibles d'être impliqué dans l'ID, développé par l'équipe de Strasbourg et le séquençage de l'exome entier (WES). Le déploiement des SDV en diagnostic s'est fait à des rythmes différents selon les pays, dont certains l'utilisent en diagnostic de routine depuis plusieurs années. Le type de stratégie à adopter dans les anomalies de développement fait encore débat en France, en l'absence de résultats d'analyses coût-efficacité ; cette absence a entravé la mise en œuvre de ces technologies.

Dans le diagnostic d'ID, le panel DI459 a un rendement diagnostique de 25%. Les données de la littérature montrent également une efficacité élevée du WES chez les patients atteints de DI : environ 32 % des diagnostics génétiques (en augmentation progressive grâce à d'éventuelles réanalyses au fur et à mesure de l'évolution des connaissances en génomique) et 10 % des diagnostics supplémentaires grâce à l'identification de micro-remaniements chromosomiques, faisant un total prévu de 42% des diagnostics. WES pourrait ainsi remplacer array-CGH. Le coût est plus élevé que celui des panels DI44 et DI459, mais cela signifie que les examens n'ont pas à être répétés séquentiellement dans le temps si les investigations sont négatives.

La question de la valeur médico-économique est donc centrale pour déterminer quelle stratégie est la plus efficace. Quelques études médico-économiques, comparant les investigations classiques au WES, ont déjà été réalisées concernant l'utilisation des SHD à des fins diagnostiques, mais aucune n'a concerné l'ID, ni comparé le séquençage en panel au WES. Dans ce contexte, une étude médico-économique est indispensable en France, car à terme le choix de la stratégie SHD la plus adaptée dans le diagnostic de la DI aura des répercussions majeures non seulement cliniques et économiques, mais aussi pour la société au sens large, d'une part en raison des avantages 1) pour la prise en charge et le pronostic des patients, et 2) pour les familles car elles auront un meilleur accès au conseil génétique. Il est important de noter que la communauté Génétique n'a jamais connu une innovation technologique aussi énorme, qui conduira à une augmentation massive du rendement diagnostique, justifiant ainsi l'intérêt que la communauté doit accorder à cette innovation.