Análise Genética em Amostras de Sangue e Tumor de Pacientes com Receptor de Estrogênio Avançado ou Metastático Positivo e Câncer de Mama HER2 Negativo Recebendo Palbociclibe e Terapia Endócrina

OBJETIVOS PRIMÁRIOS:

I. Identificar novas variantes genômicas e vias associadas à linha de base, bem como a alteração nos níveis séricos de timidina quinase (TK1) (medido pré-registro, após dois ciclos e na progressão da doença) entre mulheres com receptor hormonal avançado (HR) câncer de mama positivo tratado com palbociclibe e terapia endócrina (TE).

OBJETIVOS SECUNDÁRIOS:

I. Gerar xenoenxertos derivados de pacientes (PDX) e organoides a partir de biópsias tumorais obtidas no pré-registro, aos 2 meses e na progressão da doença, para testar novas combinações de terapia endócrina. (Objetivo do PDX) II. Testar se o enxerto PDX está associado à sobrevida livre de progressão. (PDX Objetivo) Sequenciar Objetivos III. descrever mudanças na paisagem genômica do câncer de mama avançado HER2-negativo HR-positivo, comparando dados de sequenciamento (ácido desoxirribonucleico [DNA] e ácido ribonucleico [RNA]) de tumores primários de mama pré-registrados (quando disponíveis), com biópsias tumorais obtidas antes do registro , após dois meses de estudo e na progressão da doença com palbociclibe e ET.

4. Avaliar se variantes e vias genômicas (medidas por sequenciamento de DNA e RNA no pré-registro e após dois meses de tratamento) estão associadas a 1) PFS; 2) linha de base e alterações no soro TK1. (Objetivo de Sequenciamento) V. Tabelar o número de pacientes que têm mutações direcionáveis ​​encontradas na biópsia tumoral pré-registro e registrar seu regime de tratamento subsequente após a progressão com palbociclibe e ET. (objetivo de sequenciamento) VI. Para comparar e contrastar as alterações genômicas acionáveis ​​encontradas no cfDNA ou no DNA derivado de CTC que não são encontradas no tecido tumoral. (objetivo de sequenciamento) VII. Avaliar se alterações genéticas sabidamente associadas à resistência à monoterapia endócrina são observadas no DNA tumoral circulante (ctDNA) e no DNA derivado de células tumorais circulantes (CTC). (Objetivo de Sequenciamento) VIII. Para determinar se o uso de um modelo 3D de microcâncer, combinado com dados de sequenciamento de biópsias de tumores, ctDNA e PDXs coletados no momento da progressão da doença, pode ser usado para personalizar opções de tratamento futuras para participantes do PROMISE. (objectivo de sequenciação) IX. Comparar as alterações nos níveis de Ki67 (por imunohistoquímica [IHC]) e nos níveis séricos de TK1 após 2 meses de tratamento. (Objetivo do biomarcador proliferativo) X. Avaliar se a alteração nos níveis séricos de Ki67 e TK1 após 2 meses de tratamento com palbociclibe e ET está associada aos resultados de sobrevida livre de progressão (PFS). (Objetivo do biomarcador proliferativo) XI. Avaliar se altos níveis séricos de TK1 basais (> 200 Du/L) estão associados a desfechos de PFS. (Objetivo do biomarcador proliferativo) XII. Avaliar se o aumento de TK1 entre 2 e 12 meses está associado à SLP. (Objetivo do biomarcador proliferativo) XIII. Para avaliar a mudança na expressão do marcador EMT (por exemplo, Vimentina, SLUG e E-caderina) e soro TK1 após dois meses de tratamento com palbociclibe e ET. (objetivo EMT) XIV. Determinar a associação entre a expressão dos marcadores EMT e os níveis de Ki67 após dois meses de tratamento com palbociclibe e ET. (objetivo EMT) XV. Determinar a associação entre a expressão dos marcadores EMT após dois meses de tratamento com palbociclibe e ET e os resultados da PFS. (objetivo EMT) XVI. Avaliar se há alteração no nível de linfócitos infiltrantes tumorais (TILs) observados no tumor de arquivo, no pré-registro, aos 2 meses e na progressão da doença com palbociclibe e TE. (Objetivo imunológico) XVII. Avaliar a mudança nos TILs (incluindo CD8, PD-L1 e FOXP3) após 2 meses de tratamento com palbociclibe e ET. (Objetivo imunológico) XVIII. Avaliar a associação entre TILs e níveis séricos de TK1 no pré-registro, em 2 meses e na progressão da doença com palbociclibe e ET. (Objetivo imunológico) XIX. Caracterizar e avaliar mudanças no cenário imunológico de HR+ HER2 -MBC usando biópsias seriadas obtidas antes do registro, em 2 meses, e na progressão da doença (bem como tumor primário arquivado quando disponível) usando perfil espacial digital (DSP) (NanoString GeoMx plataforma). (Objetivo imunológico) XX. Para avaliar, por meio de citometria de massa (CyTOF), se i) os marcadores imunológicos do sangue periférico obtidos antes do tratamento estão associados a TK1 ou PFS e ii) se as alterações nos marcadores imunológicos do sangue periférico após 2 ciclos de tratamento estão associadas a alterações no soro Níveis TK1. (Objetivo imunológico) XXI. Descobrir conexões mecanísticas putativas subjacentes às interações bactéria-medicamento em todos os pacientes. (Objetivo do microbioma) XXII. Identificar as características biomoleculares dentro do microbioma intestinal (fezes) e sua associação com a farmacocinética e farmacodinâmica do letrozol e palbociclibe. (Objetivo do microbioma) XXIII. Descobrir novos biomarcadores preditivos de resistência a CDK4/6i e ET e/ou encontrar biomarcadores que adicionam poder preditivo adicional a outros biomarcadores promissores, como TK1, realizando o seguinte: (objetivo metabólico, proteômico e lipidômico) XXIV. Uma análise metabolômica (>5.000 metabólitos amostrados por espectrometria de massa não direcionada no Metabolon) de amostras de soro pareadas obtidas antes do registro e após 2 meses de palbociclibe e ET.

XXIVa. Um painel de citocinas baseado em Olink (painel Explorar de 1.536 proteínas) de amostras de soro pareadas obteve pré-registro e após 2 meses de palbociclibe e ET.

XXIV b. Uma análise lipidômica (plataforma TBC) de amostras de soro pareadas obtidas antes do registro e após 2 meses de palbociclibe e ET.

XXV. Correlacionar as alterações nos metabólitos, citocinas e lipídios com as características genômicas pré-registradas do tumor, níveis seriados de Ki67 e resultados da PFS. (Finalidades metabólicas, proteômicas e lipidômicas) XXVI. Avaliar a alteração nos níveis séricos de TK1 após 2 meses e na progressão da doença, com palbociclibe e ET, e sua associação com o fenótipo de célula-tronco cancerígena CD44high/CD24/low/ERlow pré-registro, incluindo o seguinte: AURKA total e fosforilado , biomarcadores de stemness de câncer de mama (CD44, CD24, ALDH1), fatores de transcrição EMT (SMAD5, SOX2), ciclina E, ciclina A e retinoblastoma fosforilado (Rb). (Outros objetivos) XXVII. Examinar mudanças nas populações de CTCs epiteliais e CTCs semelhantes a células-tronco durante o curso da terapia endócrina com palbociclibe. (Outra finalidade) XXVIII. Avaliar a expressão CTC de ER, HER2 e outros marcadores de resistência endócrina. (Outro objetivo)

CONTORNO:

Os pacientes são submetidos à coleta de amostras de sangue e fezes no início, 7 dias após o tratamento com monoterapia com letrozol e no final de cada ciclo, amostras de urina no início e no final de cada ciclo e amostras de saliva no início. Os pacientes também são submetidos a coleta de amostras de sangue e urina na progressão da doença. As amostras de biópsia são analisadas quanto ao perfil genético via sequenciamento do genoma e sequenciamento do ácido ribonucleico (RNA). As amostras de biópsia também são usadas para a geração do modelo de camundongos xenoenxertados.

Após a conclusão do estudo, os pacientes são acompanhados a cada 6 meses durante 7 anos.