Партнерская программа функциональной геномики человека, связанная с ВИЧ, 2000 г. (2000HIV)

Исследуемая популяция Будет сформирована когорта из 2000 пациентов с ВИЧ, состоящая из когорты открытия (n=1200) и когорты подтверждения (n=800). Исследователи оценивают 2-летнее включение и 2-летний период наблюдения и будут стремиться к включению нескольких клинических фенотипов, таких как длительно не прогрессирующие (~2-3%), иммунологические неответчики (~3% ), а также пациентов с быстрым прогрессированием (~ 4–5%) и пациентов из классической группы риска, таких как мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ), женщины и субъекты из стран Африки к югу от Сахары. Пациенты будут набираться из следующих голландских центров лечения ВИЧ: Radboudumc (Неймеген), Erasmus MC (Роттердам), OLVG (Амстердам), Elisabeth Twee-Steden Ziekenhuis (Тилбург).

Расчет размера выборки не может быть обеспечен из-за различной частоты различных признаков во взаимодействии генома и микробиома и их влияния на продукцию цитокинов. Из-за исследовательского характера этого исследования расчет размера будет варьироваться в зависимости от типа анализируемого полиморфизма. Частота различных классов микроорганизмов в колонизирующем микробиоме неизвестна в нашей исследуемой популяции, поэтому расчеты мощности выполнить невозможно.

Более ранние исследования в рамках Проекта функциональной геномики человека оценивали черты микробиома у 250-500 человек. Более раннее исследование HFGP включало однородную когорту из 200 ВИЧ-инфицированных (все МСМ). В настоящее исследование также будут включены ВИЧ-инфицированные пациенты с более тяжелым фенотипом, женщины и субъекты из стран Африки к югу от Сахары. Из-за этого исследователи решили увеличить количество протестированных лиц до 2000, состоящих из когорты открытия из 1200 субъектов и когорты подтверждения из 800 участников.

Ознакомительные визиты и процедуры При включении

1. Исследователи будут собирать метаданные, используя анкеты об образе жизни, состоянии здоровья и клинических симптомах, включая нейропсихиатрические симптомы. Соответствующие данные будут также собираться из историй болезни пациентов в медицинских центрах и Фонде мониторинга ВИЧ.

2. Копатология оценивается:

   • Будут собраны показатели сердечно-сосудистого риска (оценка риска D:A:D и оценка Framingham CVD), а также измерения ЭКГ и толщины комплекса интима-медиа (IMT).
   • Оценка неалкогольной жировой болезни печени (НАЖБП) с помощью УЗИ печени и FibroScan.

3. Кровь будет взята (90 мл):

   • ДНК будет выделена для генетического и эпигенетического анализа.
   • Функция иммунной системы будет проанализирована на нескольких уровнях с использованием циркулирующих лейкоцитов из венозной крови.
   • Будут проанализированы метаболизм и протеомика
   • Вирусологический анализ, характеризующий резервуар ВИЧ, устойчивость к ВИЧ и вирусные последовательности в циркулирующих ДНК и РНК.
4. Анализ микробиома будет проводиться на образцах стула и слюны.
5. Образец мочи будет собран для измерения креатинина и микробиома.

После 2 лет наблюдения

1. Исследователи будут собирать метаданные, используя анкеты об образе жизни, состоянии здоровья и клинических симптомах, включая нейропсихиатрические симптомы. Соответствующие данные будут также собираться из историй болезни пациентов в медицинских центрах и Фонде мониторинга ВИЧ.

2. Копатология оценивается:

   • Оценки сердечно-сосудистого риска (оценка риска D:A:D и оценка сердечно-сосудистых заболеваний Framingham) будут собраны, а также ЭКГ.
   • Оценка неалкогольной жировой болезни печени (НАЖБП) с помощью УЗИ печени и FibroScan.
3. Образцы крови (10 мл) будут взяты для анализа биомаркеров и параметров инфекции/воспаления.

Процедура получения информированного согласия пациента К пациентам всегда обращается в первую очередь лечащий врач или специализированная медсестра. Им будет предоставлена ​​информация, и их спросят, может ли врач-исследователь связаться с пациентом. При наличии устного согласия на это исследователь связывается с пациентом в течение одной недели, чтобы узнать, заинтересованы ли они в участии в исследовании. врач-исследователь ответит на любые вопросы пациента и спланирует первый визит. Процедура информированного согласия проводится во время первого визита пациента.

Процедуры регистрации пациентов Все данные пациентов будут записываться только в закодированной форме в защищенную базу данных с журналом аудита и редактирования (CASTOR EDC). Во время процедуры информированного согласия пациенту присваивается код исследования. Идентифицирующие данные пациента и код исследования хранятся в защищенном паролем ключевом файле, доступном только для местной исследовательской группы. Никакие данные, удостоверяющие личность пациента, не покинут местный медицинский центр.

В вопросниках и электронных ИРК в CASTOR исследователи будут вводить как можно больше проверок данных.

Биоматериалы Все биоматериалы (кровь, кал, моча, слюна) будут доставлены и обработаны в лаборатории экспериментальной внутренней медицины Радбудума в Неймегене. Здесь весь биоматериал также будет храниться коллективно. Все материалы будут обрабатываться и храниться только под кодом исследования пациента.

Мониторинг Мониторинг будет осуществляться независимым наблюдателем в соответствии с последними рекомендациями Нидерландской федерации университетских медицинских центров. Вступительный и заключительный визиты будут запланированы в пленарной форме со всеми центрами в Радбаудуме. В каждом центре будет одно дополнительное посещение. Во время этих посещений будут проверены информированные согласия, а также критерии включения и исключения и проверка исходных данных у небольшой подгруппы от общего числа участников.

Сбор данных для реестра пациентов

Исходные данные, собранные из электронных файлов пациентов или Фонда мониторинга ВИЧ во время визита для включения:

История болезни:

1. Дата включения
2. Длина и вес
3. Последнее известное артериальное давление (и дата измерения)
4. Дата сероконверсии (если известна)
5. Дата первого положительного теста на ВИЧ
6. Дата начала корзина

7. Поведение, связанное с риском передачи ВИЧ:

   • МСМ
   • Гетеросексуальный
   • Употребление инъекционных наркотиков
   • Загрязненные продукты крови
   • Неизвестный
8. Первый подсчет CD4
9. CD4 надир
10. Соотношение CD4/CD8 до начала КАРТ
11. Стадион ВИЧ в начале кАРВТ согласно критериям CDC
12. Зенит РНК ВИЧ до CART

13. Оппортунистические состояния перед началом КАРТ

    • Никто
    • МТБ
    • Грибковая инфекция
    • Паразитарные инфекции,
    • Бактериальные инфекции

14. Злокачественные новообразования до начала КАРТ

    • Никто
    • Если да, укажите какой вид, когда и лечение

15. Другие известные медицинские проблемы перед началом АРВТ, требующие длительного лечения

    • Никто
    • Если да, укажите какой вид, когда и лечение

16. Ответ корзины:

    • Период между началом АРВТ и вирусной нагрузкой < 500 (месяцы)

    • Вирусные нагрузки:

      • Не определяется через 24 недели: да/нет
      • Количество/частота остаточной виремии (положительный тест с сигналом <50 копий): в прошлом году и за последние 5 лет
      • Количество вирусных сообщений (50-200): в прошлом году и за последние 5 лет
      • Количество виремий: 200-1000: в прошлом году и за последние 5 лет
      • Количество неэффективных КАРТ (>1000): в прошлом году и за последние 5 лет
      • Мутации, связанные с резистентностью, до начала КАРТ и после неудачи
      • восстановление CD4
      • Соотношение CD4/CD8 и нормализация >1 да/нет после начала КАРТ
17. ИРИС, да/нет

18. Оппортунистические состояния после начала кАРТ (если известно)

    • Никто
    • МТБ
    • Грибковая инфекция
    • Паразитарные инфекции,
    • Бактериальные инфекции

19. Злокачественные новообразования после начала КАРТ (если известно)

    • Никто
    • Если да, укажите какой вид, когда и лечение

20. Сосудистые заболевания после начала КАРТ:

    • Никто
    • Инсульт/ТИА
    • Стенокардия
    • Инфаркт миокарда
    • Клаудикацио перемежается
    • Венозная тромбоэмболия
    • Другой …

21. Таким образом

    • Никто
    • ВГА: да/нет, если да, то лечение и как часто

    • ВГВ:

      • Инфицирован: активная инфекция (ПЦР+) или неактивная инфекция

      • Вакцинация: Нет/Да

        • Однократно с анти-HBs > 100
        • Двукратная вакцинация привела к
    • анти-HBs > 100

    • анти-HBs < 100

      • Нет инфекции
    • ВГС: да/нет, если да, то лечение и как часто
    • Люес: да/нет: если да: лечение и как часто
    • Chlamydia/Go: да/нет: если да: лечение и как часто
    • ВПЧ

22. Инфекция COVID-19 до или после начала АРТ:

    • Был ли сделан тест на COVID-19, и если да, то тип теста, если известен (ПЦР или тест на антиген), дата теста и результат лабораторного теста на COVID-19 (положительный или отрицательный)
    • Результаты серологии COVID-19
    • Регистрация госпитализаций, связанных с COVID-19
    • Вакцинация против COVID-19: тип и дата (даты)

    • Побочные эффекты вакцинации против COVID-19:

      • Легкая: общее недомогание, повышенная утомляемость, боль в мышцах, боль в месте инъекции, озноб, головная боль.
      • Умеренная: легкие симптомы, требующие (само)лечения/обезболивания.
      • Тяжелая: лихорадка >38,5 градусов Цельсия и/или один или несколько дней прикованности к постели

23. режимы КАРТ

    • Причины переключения
24. Предписанное совместное лечение
25. Полный текущий список лекарств

Физикальное обследование

• Признаки саркомы Капоши
• Лимфаденопатия
• Для определения уровня лекарств: когда в последний раз принимались лекарства от ВИЧ?
• Другие аномалии: …

Профиль риска сердечно-сосудистых заболеваний:

• D:A:D (R) и оценка Framingham
• ЭКГ

Лабораторные результаты на дату, ближайшую к дате включения (стандартное лечение не реже одного раза в год в соответствии с голландскими рекомендациями):

• Общий анализ крови
• Ферменты печени (АЛАТ, АФ, билирубин)
• креатинин
• ВИЧ-РНК
• Количество CD4 и CD8
• Глюкоза
• Липидный профиль
• TPHA/VDRL

• Серология ВГС (для всех групп риска, таких как МСМ и в/в наркоманы)

  • Если положительный, ПЦР на ВГС
• Диагностика ВПЧ у женщин (ПАП, ПЦР)
• Диагностика мочи (при наличии): α1-микроглобулин, белок, альбумин, фосфат, креатинин

Исходные данные, собранные из электронных карт пациентов или Фонда мониторинга ВИЧ во время контрольного визита через 2 года:

История болезни за последние 2 года:

1. Дата контрольного визита через 2 года
2. Масса
3. Последнее известное артериальное давление (и дата измерения)

4. Ответ cART за последние 2 года

   • Количество остаточной виремии: последние 2 года
   • Количество вирусных сообщений (20-200): за последние 2 года
   • Количество виремий (200-1000): последние 2 года
   • Количество неэффективных КАРТ (>1000): за последние 2 года
   • количество CD4
   • Соотношение CD4/CD8 (если известно)

5. Оппортунистические условия длятся 2 года

   • Никто
   • МТБ
   • Грибковая инфекция
   • Паразитарные инфекции,
   • Бактериальные инфекции

6. Злокачественные новообразования за последние 2 года

   • Никто
   • Если да, укажите какой вид, когда и лечение

7. Признаки/симптомы сердечно-сосудистых заболеваний за последние 2 года:

   • Никто
   • Инсульт/ТИА
   • Стенокардия
   • Инфаркт миокарда
   • Клаудикацио перемежается
   • Венозная тромбоэмболия
   • Другой …

8. Новые SOA за последние 2 года

   • ВГА: да/нет, если да, то лечение и как часто

   • ВГВ:

     • Зараженные: активная инфекция (ПЦР+), неактивная инфекция,

     • Вакцинация: Нет/Да

       • Однократно с анти-HBs > 100
       • Двукратная вакцинация привела к
   • анти-HBs > 100

   • анти-HBs < 100

     • Нет инфекции
   • ВГС: да/нет, если да, то лечение и как часто
   • Люес: да/нет: если да: лечение и как часто
   • Chlamydia/Go: да/нет: если да: лечение и как часто

9. Инфекция COVID-19 до или после начала АРТ:

   • Был ли сделан тест на COVID-19, и если да, то тип теста, если известен (ПЦР или тест на антиген), дата теста и результат лабораторного теста на COVID-19 (положительный или отрицательный)
   • Результаты серологии COVID-19
   • Регистрация госпитализаций, связанных с COVID-19
   • Вакцинация против COVID-19: тип и дата (даты)

   • Побочные эффекты вакцинации против COVID-19:

     • Легкая: общее недомогание, повышенная утомляемость, боль в мышцах, боль в месте инъекции, озноб, головная боль.
     • Умеренная: легкие симптомы, требующие (само)лечения/обезболивания.
     • Тяжелая: лихорадка >38,5 градусов Цельсия и/или один или несколько дней прикованности к постели

10. режимов КАРТ за последние 2 года

    • Причины перехода доступны из «Stichting HIV Monitoring»
11. Предписанное совместное лечение
12. Полный текущий список лекарств

Физикальное обследование

• Признаки саркомы Капоши
• Лимфаденопатия
• Для определения уровня лекарств: когда в последний раз принимались лекарства от ВИЧ?
• Другие аномалии: …

Профиль риска сердечно-сосудистых заболеваний:

• D:A:D (R) и оценка Framingham
• ЭКГ

Лабораторные результаты на дату, ближайшую к дате контрольного визита:

• Общий анализ крови
• Ферменты печени (АЛАТ, АФ, билирубин)
• креатинин
• ВИЧ-РНК
• Количество CD4 и CD8
• Глюкоза
• Липидный профиль
• TPHA/VDRL

• серология ВГС

  o В случае положительного результата ПЦР на ВГС

• Диагностика ВПЧ у женщин (ПАП, ПЦР)
• Диагностика мочи