2000 HIV Human Functional Genomics Partnership Program (2000HIV)

Tutkimuspopulaatio Rakennetaan kohortti, jossa on yhteensä 2000 HIV-potilasta ja joka koostuu löytökohortista (n=1200) ja vahvistuskohortista (n=800). Tutkijat arvioivat 2 vuoden sisällyttämis- ja 2 vuoden seurantajakson ja pyrkivät sisällyttämään useita kliinisiä fenotyyppejä, kuten pitkäaikaisia ​​ei-eteneviä (~ 2-3 %), immunologisia ei-vastetta (~ 3 %) ), ja nopeasti etenevät (~ 4-5 %) ja klassisen riskiryhmän potilaat, kuten miehet, jotka harrastavat seksiä miesten kanssa (MSM), naiset ja koehenkilöt Saharan eteläpuolisesta Afrikasta. Potilaat rekrytoidaan seuraavista Hollannin HIV-hoitokeskuksista: Radboudumc (Nijmegen), Erasmus MC (Rotterdam), OLVG (Amsterdam), Elisabeth Twee-Steden Ziekenhuis (Tilburg).

Näytteen kokoa ei voida laskea, koska genomi-mikrobiomi-vuorovaikutuksessa esiintyvät eri ominaisuudet vaihtelevat ja koska ne vaikuttavat sytokiinien tuotantoon. Tämän tutkimuksen tutkivan luonteen vuoksi kokolaskenta vaihtelee analysoitavan polymorfismin tyypin mukaan. Eri mikro-organismiluokkien esiintymistiheydet kolonisoivassa mikrobiomissa eivät ole tiedossa tutkimuspopulaatiossamme, ja siksi teholaskennan suorittaminen on mahdotonta.

Human Functional Genomics Projectin aikaisemmat tutkimukset ovat arvioineet mikrobiomiominaisuuksia 250-500 yksilöllä. Aikaisempi HFGP-tutkimus sisälsi yhtenäisen 200 HIV-tartunnan saaneen henkilön kohortin (kaikki MSM). Tässä tutkimuksessa on mukana myös HIV-tartunnan saaneita potilaita, joilla on äärimmäisempi fenotyyppi, naisia ​​ja Saharan eteläpuolisesta Afrikasta kotoisin olevia henkilöitä. Tämän vuoksi tutkijat päättivät nostaa testattujen henkilöiden määrän 2000:een, joka koostuu 1200 koehenkilön löytökohortista ja 800 osallistujan vahvistuskohortista.

Opintokäynnit ja menettelyt Inkluusiossa

1. Tutkijat keräävät metadataa kyselylomakkeilla elämäntapoista, terveydestä ja kliinisistä oireista, mukaan lukien neuropsykiatriset oireet. Relevanttia tietoa kerätään myös terveyskeskusten ja HIV-valvontasäätiön potilasrekistereistä.

2. Yhteispatologiaa arvioidaan:

   • Kardiovaskulaariset riskipisteet (D:A:D riskipisteet ja Framingham CVD-pisteet) kerätään sekä EKG- ja intima-media paksuuden (IMT) mittaukset.
   • Alkoholittoman rasvamaksataudin (NAFLD) arviointi maksan ultraäänellä ja FibroScanilla.

3. Veri otetaan (90 ml):

   • DNA eristetään geneettistä ja epigeneettistä analyysiä varten.
   • Immuunijärjestelmän toimintaa analysoidaan useilla tasoilla käyttämällä laskimoveren kiertäviä valkosoluja.
   • Aineenvaihdunta ja proteomiikka analysoidaan
   • Virologinen analyysi, joka karakterisoi HIV-varaston, HIV-resistenssin ja virussekvenssejä kiertävässä DNA:ssa ja RNA:ssa.
4. Mikrobiomianalyysi tehdään uloste- ja sylkinäytteistä.
5. Virtsanäyte kerätään kreatiniinimittauksia ja mikrobiomia varten.

2 vuoden seurannan jälkeen

1. Tutkijat keräävät metadataa kyselylomakkeilla elämäntapoista, terveydestä ja kliinisistä oireista, mukaan lukien neuropsykiatriset oireet. Relevanttia tietoa kerätään myös terveyskeskusten ja HIV-valvontasäätiön potilasrekistereistä.

2. Yhteispatologiaa arvioidaan:

   • Kardiovaskulaariset riskipisteet (D:A:D riskipisteet ja Framinghamin sydän- ja verisuonisairauksien pisteet) kerätään sekä EKG.
   • Alkoholittoman rasvamaksataudin (NAFLD) arviointi maksan ultraäänellä ja FibroScanilla.
3. Verinäytteitä (10 ml) kerätään biomarkkeri- ja infektio-/tulehdusparametrianalyysiä varten.

Potilaan suostumusmenettely Potilaita lähestyy aina ensin hoitava lääkäri tai erikoissairaanhoitaja. Heille annetaan tietoja ja heiltä kysytään, voiko lääkäri-tutkija ottaa yhteyttä potilaaseen. Jos tähän on suullinen suostumus, tutkija ottaa potilaaseen yhteyttä viikon kuluessa ja kysyy, onko hän kiinnostunut osallistumaan tutkimukseen. Lääkäri-tutkija vastaa potilaan kysymyksiin ja suunnittelee ensimmäisen käynnin. Tietoon perustuva suostumusmenettely suoritetaan potilaan ensimmäisen käynnin aikana.

Potilasrekisteritoimenpiteet Kaikki potilastiedot tallennetaan vain koodatussa muodossa suojattuun tietokantaan, jossa on auditointi- ja muokkauspolku (CASTOR EDC). Tietoisen suostumusmenettelyn aikana potilaalle annetaan tutkimuskoodi. Potilastiedot ja tutkimuskoodi säilytetään salasanalla suojatussa avaintiedostossa, johon vain paikallinen tutkimusryhmä pääsee käsiksi. Mitään potilastietoja ei poisteta paikallisesta terveyskeskuksesta.

CASTORin kyselylomakkeissa ja eCRF:issä tutkijat syöttävät mahdollisimman monta datatarkistusta

Biomateriaalit Kaikki biomateriaali (veri, uloste, virtsa, sylki) kuljetetaan Nijmegenissä sijaitsevaan Radboudumcin kokeellisen sisätautien laboratorioon ja käsitellään siellä. Täällä myös kaikki biomateriaali tallennetaan kollektiivisesti. Kaikki materiaalit käsitellään ja säilytetään vain potilaan tutkimuskoodilla.

Valvonta Seurannan suorittaa riippumaton monitori Alankomaiden yliopistollisten lääketieteellisten keskusliiton uusimpien ohjeiden mukaisesti. Aloitus- ja loppuvierailu suunnitellaan täysistunnossa kaikkien Radboudumcin keskusten kanssa. Yksi ylimääräinen käynti per keskus. Näiden käyntien aikana tarkastetaan tietoon perustuvat suostumukset sekä osallistumis- ja poissulkemiskriteerit sekä lähdetietojen todentaminen pienessä osajoukossa osallistujia.

Tiedonkeruu potilasrekisteriä varten

Perustiedot, jotka on kerätty sähköisistä potilastiedostoista tai HIV-valvontasäätiöstä inkluusiokäynnin aikana:

Lääketieteellinen historia:

1. Sisällön päivämäärä
2. Pituus ja paino
3. Viimeisin tunnettu verenpaine (ja mittauspäivämäärä)
4. Serokonversiopäivä (jos tiedossa)
5. Päivämäärä, jolloin ensimmäinen HIV-positiivinen testi
6. Alkupäivä CART

7. HIV-tartuntariskikäyttäytyminen:

   • MSM
   • Heteroseksuaali
   • Huumeiden suonensisäinen käyttö
   • Saastuneet verituotteet
   • Tuntematon
8. Ensimmäinen CD4-luku
9. CD4 nadir
10. CD4/CD8-suhde pre-cART
11. HIV-stadion CART-käynnistyskeskuksessa CDC-kriteerien mukaan
12. Pre-CART HIV RNA zeniitti

13. Opportunistiset olosuhteet ennen CARTin käynnistämistä

    • Ei mitään
    • MTB
    • Sieni-infektiot
    • Parasiittiset infektiot,
    • Bakteeri-infektiot

14. Pahanlaatuiset kasvaimet ennen CARTin aloittamista

    • Ei mitään
    • Jos kyllä, ilmoita millainen, milloin ja hoito

15. Muut tunnetut lääketieteelliset ongelmat ennen CART-hoidon aloittamista, jotka vaativat pitkäaikaista hoitoa

    • Ei mitään
    • Jos kyllä, ilmoita millainen, milloin ja hoito

16. Vastauskori:

    • CART-käynnistyksen ja viruskuorman välinen aika < 500 (kk)

    • Viruskuormitukset:

      • Ei havaittavissa 24 viikon kuluttua: kyllä/ei
      • Jäännösviremian määrä/taajuus (positiivinen testi signaalilla <50 kopiota): viime vuosi ja viimeiset 5 vuotta
      • Virushäiriöiden määrä (50-200): viime vuonna ja viimeiset 5 vuotta
      • Viremian määrä: 200-1000: viime vuonna ja viimeiset 5 vuotta
      • Epäonnistuneet CART-kortit (>1000): viime vuonna ja viimeiset 5 vuotta
      • Resistenssiin liittyvät mutaatiot ennen CART:ta ja epäonnistumisen jälkeen
      • CD4:n liuottaminen
      • CD4/CD8-suhde ja normalisoituminen > 1 kyllä/ei CART-aloituksen jälkeen
17. IRIS, kyllä/ei

18. Opportunistiset olosuhteet CART-käynnistyksen jälkeen (jos tiedossa)

    • Ei mitään
    • MTB
    • Sieni-infektiot
    • Parasiittiset infektiot,
    • Bakteeri-infektiot

19. Pahanlaatuiset kasvaimet CART:n aloittamisen jälkeen (jos tiedossa)

    • Ei mitään
    • Jos kyllä, ilmoita millainen, milloin ja hoito

20. Verisuonisairaudet CART-käynnistyksen jälkeen:

    • Ei mitään
    • Aivohalvaus/ TIA
    • Angina pectoris
    • Sydäninfarkti
    • Claudicatio katkonainen
    • Laskimotromboembolia
    • Muut…

21. SOA:t

    • Ei mitään
    • HAV: kyllä/ei, jos kyllä: hoito ja kuinka usein

    • HBV:

      • Infektoitunut: aktiivinen infektio (PCR+) tai ei-aktiivinen infektio

      • Rokotus: Ei/Kyllä

        • Kerran anti-HBs> 100
        • Kaksi kertaa rokotus johtaa
    • anti-HBs> 100

    • anti-HBs < 100

      • Ei infektiota
    • HCV: kyllä/ei, jos kyllä: hoito ja kuinka usein
    • Lues: kyllä/ei: jos kyllä: hoito ja kuinka usein
    • Klamydia/Go: kyllä/ei: jos kyllä: hoito ja kuinka usein
    • HPV

22. COVID-19-infektio ennen tai jälkeen CART-käynnistyksen:

    • Tehtiinkö COVID-19-testi ja jos on, testin tyyppi, jos tiedossa (PCR tai antigeenitesti), testin päivämäärä ja COVID-19-laboratoriotestin tulos (positiivinen tai negatiivinen)
    • COVID-19-serologian tulokset
    • Rekisteröi COVID-19:ään liittyvät sairaalahoidot
    • COVID-19-rokotus: tyyppi ja päivämäärät

    • COVID-19-rokotteen sivuvaikutukset:

      • Lievä: yleinen huonovointisuus, väsymys, lihassärky, kipu pistoskohdassa, vilunväristykset, päänsärky.
      • Keskivaikea: tarvitaan lieviä oireita pitkälle (itse)lääkitykseen/kivunlievitykseen.
      • Vaikea: kuume >38,5 celsiusastetta ja/tai yhden tai useamman päivän vuodepotilas

23. CART-järjestelmät

    • Syitä vaihtamiseen
24. Määrätty rinnakkaislääkitys
25. Täydellinen nykyinen lääkeluettelo

Lääkärintarkastus

• Kaposin sarkooman merkit
• Lymfadenopatia
• Lääkitystasojen määrittämiseen: milloin viimeksi HIV-lääkitys otettiin?
• Muut poikkeavuudet:…

Kardiovaskulaarinen riskiprofiili:

• D:A:D (R) ja Framingham pisteet
• EKG

Laboratoriotulokset lähimpänä sisällyttämispäivää (normaali hoito vähintään kerran vuodessa hollantilaisten ohjeiden mukaan):

• Täysi verenkuva
• Maksaentsyymit (ALAT, AF, bilirubiini)
• Kreatiniini
• HIV-RNA
• CD4- ja CD8-määrät
• Glukoosi
• Lipidiprofiili
• TPHA/VDRL

• HCV-serologia (kaikille riskiryhmille, kuten MSM ja i.v. huumeiden käyttäjät)

  • Jos positiivinen, HCV PCR
• HPV-diagnostiikka naisilla (PAP, PCR)
• Virtsan diagnostiikka (jos saatavilla): α1-mikroglobuliini, proteiini, albumiini, fosfaatti, kreatiniini

Sähköisistä potilastiedostoista tai HIV-valvontasäätiöstä 2 vuoden seurantakäynnin aikana kerätyt perustiedot:

Sairaushistoria viimeisen 2 vuoden ajalta:

1. 2 vuoden seurantakäynnin päivämäärä
2. Paino
3. Viimeisin tunnettu verenpaine (ja mittauspäivämäärä)

4. Vastaus CART viimeiset 2 vuotta

   • Jäännösviremian määrä: viimeiset 2 vuotta
   • Virushäiriöiden määrä (20-200): viimeisen 2 vuoden aikana
   • Viremian määrä (200-1000): viimeiset 2 vuotta
   • Epäonnistuneet CART-kortit (>1000): viimeiset 2 vuotta
   • CD4-määrä
   • CD4/CD8-suhde (jos tiedossa)

5. Opportunistiset olosuhteet kestävät 2 vuotta

   • Ei mitään
   • MTB
   • Sieni-infektiot
   • Parasiittiset infektiot,
   • Bakteeri-infektiot

6. Pahanlaatuiset kasvaimet viimeisen 2 vuoden aikana

   • Ei mitään
   • Jos kyllä, ilmoita millainen, milloin ja hoito

7. Sydän- ja verisuonitautien merkit/oireet viimeisen 2 vuoden aikana:

   • Ei mitään
   • Aivohalvaus/ TIA
   • Angina pectoris
   • Sydäninfarkti
   • Claudicatio katkonainen
   • Laskimotromboembolia
   • Muut…

8. Uudet SOA:t viimeisen 2 vuoden aikana

   • HAV: kyllä/ei, jos kyllä: hoito ja kuinka usein

   • HBV:

     • Infektoitunut: aktiivinen infektio (PCR+), ei-aktiivinen infektio,

     • Rokotus: Ei/Kyllä

       • Kerran anti-HBs> 100
       • Kaksi kertaa rokotus johtaa
   • anti-HBs> 100

   • anti-HBs < 100

     • Ei infektiota
   • HCV: kyllä/ei, jos kyllä: hoito ja kuinka usein
   • Lues: kyllä/ei: jos kyllä: hoito ja kuinka usein
   • Klamydia/Go: kyllä/ei: jos kyllä: hoito ja kuinka usein

9. COVID-19-infektio ennen tai jälkeen CART-käynnistyksen:

   • Tehtiinkö COVID-19-testi ja jos on, testin tyyppi, jos tiedossa (PCR tai antigeenitesti), testin päivämäärä ja COVID-19-laboratoriotestin tulos (positiivinen tai negatiivinen)
   • COVID-19-serologian tulokset
   • Rekisteröi COVID-19:ään liittyvät sairaalahoidot
   • COVID-19-rokotus: tyyppi ja päivämäärät

   • COVID-19-rokotteen sivuvaikutukset:

     • Lievä: yleinen huonovointisuus, väsymys, lihassärky, kipu pistoskohdassa, vilunväristykset, päänsärky.
     • Keskivaikea: tarvitaan lieviä oireita pitkälle (itse)lääkitykseen/kivunlievitykseen.
     • Vaikea: kuume >38,5 celsiusastetta ja/tai yhden tai useamman päivän vuodepotilas

10. CART-järjestelmät viimeisen 2 vuoden aikana

    • Syyt vaihtamiseen saatavilla "Stichting HIV Monitoringista"
11. Määrätty rinnakkaislääkitys
12. Täydellinen nykyinen lääkeluettelo

Lääkärintarkastus

• Kaposin sarkooman merkit
• Lymfadenopatia
• Lääkitystasojen määrittämiseen: milloin viimeksi HIV-lääkitys otettiin?
• Muut poikkeavuudet:…

Kardiovaskulaarinen riskiprofiili:

• D:A:D (R) ja Framingham pisteet
• EKG

Laboratoriotulokset lähimpänä seurantakäyntipäivää:

• Täysi verenkuva
• Maksaentsyymit (ALAT, AF, bilirubiini)
• Kreatiniini
• HIV-RNA
• CD4- ja CD8-määrät
• Glukoosi
• Lipidiprofiili
• TPHA/VDRL

• HCV-serologia

  o Jos positiivinen, HCV PCR

• HPV-diagnostiikka naisilla (PAP, PCR)
• Virtsan diagnostiikka