2000 Programme de partenariat sur la génomique fonctionnelle humaine du VIH (2000HIV)

Population d'étude Une cohorte de 2000 patients VIH au total sera constituée, composée d'une cohorte de découverte (n=1200) et d'une cohorte de confirmation (n=800). Les enquêteurs estiment une période d'inclusion de 2 ans et une période de suivi de 2 ans et s'efforceront d'inclure plusieurs phénotypes cliniques tels que les non-progresseurs à long terme (~ 2-3 %), les non-répondeurs immunologiques (~ 3 % ), et progresseurs rapides (~ 4-5%) et patients du groupe à risque classique tels que les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), les femmes et les sujets d'Afrique subsaharienne. Les patients seront recrutés dans les centres de traitement du VIH néerlandais suivants : Radboudumc (Nimègue), Erasmus MC (Rotterdam), OLVG (Amsterdam), Elisabeth Twee-Steden Ziekenhuis (Tilburg).

Un calcul de la taille de l'échantillon ne peut pas être fourni en raison des fréquences variables des différents traits dans l'interaction génome-microbiome et de leur effet sur la production de cytokines. En raison du caractère exploratoire de cette étude, le calcul de la taille sera variable selon le type de polymorphisme analysé. Les fréquences des différentes classes de micro-organismes dans le microbiome colonisateur ne sont pas connues dans notre population d'étude et, par conséquent, les calculs de puissance sont impossibles à effectuer.

Des études antérieures du projet de génomique fonctionnelle humaine ont évalué les traits du microbiome chez 250 à 500 individus. Une étude antérieure du HFGP comprenait une cohorte uniforme de 200 personnes infectées par le VIH (tous des HSH). La présente étude inclura également des patients infectés par le VIH avec un phénotype plus extrême, des femmes et des sujets originaires d'Afrique sub-saharienne. Pour cette raison, les enquêteurs ont décidé d'augmenter le nombre d'individus testés à 2000, consistant en une cohorte de découverte de 1200 sujets et une cohorte de confirmation de 800 participants.

Visites d'étude et démarches A l'inclusion

1. Les enquêteurs recueilleront des métadonnées à l'aide de questionnaires sur le mode de vie, la santé et les symptômes cliniques, y compris les symptômes neuropsychiatriques. Des données pertinentes seront également collectées à partir des dossiers des patients dans les centres médicaux et la HIV Monitoring Foundation.

2. La co-pathologie sera évaluée :

   • Des scores de risque cardiovasculaire (score de risque D:A:D et score CVD de Framingham) seront collectés ainsi que des mesures d'ECG et d'épaisseur intima-média (IMT).
   • Évaluation de la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) par échographie hépatique et FibroScan.

3. Le sang sera prélevé (90 ml):

   • L'ADN sera isolé pour analyse génétique et épigénétique.
   • Le fonctionnement du système immunitaire sera analysé à plusieurs niveaux à l'aide de globules blancs circulants issus du sang veineux.
   • Le métabolisme et la protéomique seront analysés
   • Analyse virologique, caractérisant le réservoir du VIH, la résistance du VIH et les séquences virales dans l'ADN et l'ARN circulant.
4. L'analyse du microbiome sera effectuée sur des échantillons de selles et de salive.
5. Un échantillon d'urine sera prélevé pour les mesures de créatinine et le microbiome.

Après 2 ans de suivi

1. Les enquêteurs recueilleront des métadonnées à l'aide de questionnaires sur le mode de vie, la santé et les symptômes cliniques, y compris les symptômes neuropsychiatriques. Des données pertinentes seront également collectées à partir des dossiers des patients dans les centres médicaux et la HIV Monitoring Foundation.

2. La co-pathologie sera évaluée :

   • Les scores de risque cardiovasculaire (score de risque D:A:D et score CVD de Framingham) seront collectés ainsi que l'ECG.
   • Évaluation de la stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) par échographie hépatique et FibroScan.
3. Des échantillons de sang (10 ml) seront prélevés pour l'analyse des biomarqueurs et des paramètres d'infection/inflammation.

Procédure de consentement éclairé du patient Les patients seront toujours approchés en premier lieu par un médecin traitant ou une infirmière spécialisée. Ils seront informés et il leur sera demandé si un médecin-chercheur peut contacter le patient. S'il y a consentement oral pour cela, le chercheur contacte le patient dans une semaine pour lui demander s'il est intéressé à participer à l'étude. le médecin-chercheur répondra aux questions du patient et planifiera la première visite. La procédure de consentement éclairé sera menée lors de la première visite du patient.

Procédures d'enregistrement des patients Toutes les données des patients seront enregistrées uniquement sous forme codée dans une base de données sécurisée avec piste d'audit et d'édition (CASTOR EDC). Au cours de la procédure de consentement éclairé, le patient reçoit un code d'étude. Les données d'identification du patient et le code d'étude sont conservés dans un fichier clé protégé par un mot de passe, accessible uniquement à l'équipe de recherche locale. Aucune donnée d'identification du patient ne quittera le centre médical local.

Dans les questionnaires et eCRF de CASTOR, les enquêteurs saisiront un maximum de données à cocher

Biomatériaux Tous les biomatériaux (sang, selles, urine, salive) seront transportés et traités dans le laboratoire de médecine interne expérimentale du Radboudumc à Nimègue. Ici, tout le biomatériau sera également stocké collectivement. Tous les matériaux seront manipulés et stockés uniquement sous le code d'étude du patient.

Surveillance La surveillance sera effectuée par un moniteur indépendant conformément aux dernières directives de la Fédération néerlandaise des centres médicaux universitaires. Une visite d'initiation et de clôture sera prévue en plénière avec tous les centres de Radboudumc. Il y aura une visite supplémentaire par centre. Au cours de ces visites, les consentements éclairés seront vérifiés, ainsi que les critères d'inclusion et d'exclusion et la vérification des données sources dans un petit sous-ensemble de participants.

Collecte de données pour le registre des patients

Données de référence recueillies à partir des dossiers électroniques des patients ou de la HIV Monitoring Foundation lors de la visite d'inclusion :

Antécédents médicaux:

1. Date d'inclusion
2. Longueur et poids
3. Dernière tension artérielle connue (et date de mesure)
4. Date de séroconversion (si connue)
5. Date du premier test séropositif
6. Date de début du panier

7. Comportement à risque de transmission du VIH :

   • HSH
   • Hétérosexuel
   • Consommation de drogues injectables
   • Produits sanguins contaminés
   • Inconnu
8. Premier décompte des CD4
9. nadir des CD4
10. Rapport CD4/CD8 pré-cART
11. Stade du VIH au début du cART selon les critères du CDC
12. Pré-cART zénith de l'ARN du VIH

13. Conditions opportunistes avant le début du cART

    • Aucun
    • VTT
    • Les infections fongiques
    • Infections parasitaires,
    • Infections bactériennes

14. Malignités avant de commencer le cART

    • Aucun
    • Si oui, précisez quel type, quand et traitement

15. Autres problèmes médicaux connus avant le début du cART, qui nécessitent un traitement à long terme

    • Aucun
    • Si oui, précisez quel type, quand et traitement

16. Réponse cART :

    • Période entre le début du cART et la charge virale < 500 (mois)

    • Charges virales :

      • Indétectable après 24 semaines : oui/non
      • Nombre/fréquence de virémie résiduelle (test positif avec signal <50 copies) : dernière année et 5 dernières années
      • Nombre de blips viraux (50-200) : l'année dernière et les 5 dernières années
      • Nombre de virémies : 200-1000 : l'année dernière et les 5 dernières années
      • Nombre de cART défaillants (>1000) : l'année dernière et les 5 dernières années
      • Mutations associées à la résistance avant le cART et après l'échec
      • Reconstitution des CD4
      • Rapport CD4/CD8 et normalisation > 1 oui/non après initiation du cART
17. IRIS, oui/non

18. Conditions opportunistes après le début du cART (si connu)

    • Aucun
    • VTT
    • Les infections fongiques
    • Infections parasitaires,
    • Infections bactériennes

19. Malignités après le début du cART (si connu)

    • Aucun
    • Si oui, précisez quel type, quand et traitement

20. Maladies vasculaires après le début du cART :

    • Aucun
    • AVC/AIT
    • Angine de poitrine
    • Infarctus du myocarde
    • Claudication intermittente
    • Thrombo-embolie veineuse
    • Autre …

21. SOA

    • Aucun
    • VHA : oui/non, si oui : traitement et à quelle fréquence

    • VHB :

      • Infecté : infection active (PCR+) ou infection non active

      • Vaccination : Non/Oui

        • Une fois avec anti-HBs> 100
        • Double vaccination conduisant à
    • anti-HBs > 100

    • anti-HBs< 100

      • Pas d'infection
    • VHC : oui/non, si oui : traitement et à quelle fréquence
    • Couleurs : oui/non : si oui : traitement et à quelle fréquence
    • Chlamydia/Go : oui/ non : si oui : traitement et à quelle fréquence
    • VPH

22. Infection au COVID-19 avant ou après le début du cART :

    • Un test COVID-19 a-t-il été effectué et si oui, type de test si connu (PCR ou test antigénique), date du test et résultat du test de laboratoire pour COVID-19 (positif ou négatif)
    • Résultats de la sérologie COVID-19
    • Enregistrer les admissions à l'hôpital liées à la COVID-19
    • Vaccination COVID-19 : type et date(s)

    • Effets secondaires de la vaccination COVID-19 :

      • Légers : malaise général, fatigue, douleurs musculaires, douleur au point d'injection, frissons, maux de tête.
      • Modéré : des symptômes légers dans la mesure où une (auto)médication/un soulagement de la douleur sont nécessaires.
      • Sévère : fièvre > 38,5 degrés Celsius et/ou un ou plusieurs jours alité

23. Régimes cART

    • Les raisons du changement
24. Co-médication prescrite
25. Liste complète des médicaments actuels

Examen physique

• Signes du sarcome de Kaposi
• Lymphadénopathie
• Pour la détermination des niveaux de médicaments : quelle est la date et l'heure de la dernière prise de médicaments anti-VIH ?
• Autres anomalies : …

Profil de risque cardiovasculaire :

• D:A:D (R) et scores de Framingham
• ECG

Résultats de laboratoire à la date la plus proche de la date d'inclusion (soins standard au moins une fois par an selon les directives néerlandaises) :

• Numération sanguine complète
• Enzymes hépatiques (ALAT, AF, bilirubine)
• Créatinine
• ARN-VIH
• Numération des CD4 et CD8
• Glucose
• Profile lipidique
• TPHA/VDRL

• Sérologie VHC (pour tous les sujets à risque, tels que HSH et i.v. toxicomanes)

  • Si positif, PCR VHC
• Diagnostic HPV chez les femmes (PAP, PCR)
• Diagnostic urinaire (si disponible) : α1-microglobuline, protéine, albumine, phosphate, créatinine

Données de base recueillies à partir des dossiers électroniques des patients ou de la HIV Monitoring Foundation lors de la visite de suivi de 2 ans :

Antécédents médicaux des 2 dernières années :

1. Date de la visite de suivi à 2 ans
2. Lester
3. Dernière tension artérielle connue (et date de mesure)

4. Réponse cART 2 dernières années

   • Nombre de virémies résiduelles : 2 dernières années
   • Nombre de blips viraux (20-200) : 2 dernières années
   • Nombre de virémies (200-1000) : 2 dernières années
   • Nombre de cART défaillants (>1000) : 2 dernières années
   • Numération des CD4
   • Rapport CD4/CD8 (si connu)

5. Conditions opportunistes depuis 2 ans

   • Aucun
   • VTT
   • Les infections fongiques
   • Infections parasitaires,
   • Infections bactériennes

6. Malignités au cours des 2 dernières années

   • Aucun
   • Si oui, précisez quel type, quand et traitement

7. Signes/symptômes de maladies cardiovasculaires au cours des 2 dernières années :

   • Aucun
   • AVC/AIT
   • Angine de poitrine
   • Infarctus du myocarde
   • Claudication intermittente
   • Thrombo-embolie veineuse
   • Autre …

8. Nouveaux SOA au cours des 2 dernières années

   • VHA : oui/non, si oui : traitement et à quelle fréquence

   • VHB :

     • Infecté : infection active (PCR+), infection non active,

     • Vaccination : Non/Oui

       • Une fois avec anti-HBs> 100
       • Double vaccination conduisant à
   • anti-HBs > 100

   • anti-HBs< 100

     • Pas d'infection
   • VHC : oui/non, si oui : traitement et à quelle fréquence
   • Couleurs : oui/non : si oui : traitement et à quelle fréquence
   • Chlamydia/Go : oui/ non : si oui : traitement et à quelle fréquence

9. Infection au COVID-19 avant ou après le début du cART :

   • Un test COVID-19 a-t-il été effectué et si oui, type de test si connu (PCR ou test antigénique), date du test et résultat du test de laboratoire pour COVID-19 (positif ou négatif)
   • Résultats de la sérologie COVID-19
   • Enregistrer les admissions à l'hôpital liées à la COVID-19
   • Vaccination COVID-19 : type et date(s)

   • Effets secondaires de la vaccination COVID-19 :

     • Légers : malaise général, fatigue, douleurs musculaires, douleur au point d'injection, frissons, maux de tête.
     • Modéré : des symptômes légers dans la mesure où une (auto)médication/un soulagement de la douleur sont nécessaires.
     • Sévère : fièvre > 38,5 degrés Celsius et/ou un ou plusieurs jours alité

10. Régimes de cART au cours des 2 dernières années

    • Les raisons du changement sont disponibles dans 'Stichting HIV Monitoring'
11. Co-médication prescrite
12. Liste complète des médicaments actuels

Examen physique

• Signes du sarcome de Kaposi
• Lymphadénopathie
• Pour la détermination des niveaux de médicaments : quelle est la date et l'heure de la dernière prise de médicaments anti-VIH ?
• Autres anomalies : …

Profil de risque cardiovasculaire :

• D:A:D (R) et scores de Framingham
• ECG

Résultats de laboratoire de la date la plus proche de la date de la visite de suivi :

• Numération sanguine complète
• Enzymes hépatiques (ALAT, AF, bilirubine)
• Créatinine
• ARN-VIH
• Numération des CD4 et CD8
• Glucose
• Profile lipidique
• TPHA/VDRL

• Sérologie VHC

  o Si positif, PCR VHC

• Diagnostic HPV chez les femmes (PAP, PCR)
• Diagnostic urinaire