2000 年 HIV 人类功能基因组学合作计划 (2000HIV)

研究人群 将建立一个总共有 2000 名 HIV 患者的队列，包括发现队列 (n=1200) 和确认队列 (n=800)。 研究人员估计 2 年的纳入和 2 年的随访期，并将努力纳入几种临床表型，如长期非进展者 (~2-3%)、免疫无反应者 (~3% )，以及快速进展者 (~4-5%) 和经典风险组患者，例如男男性行为者 (MSM)、女性和来自撒哈拉以南非洲的受试者。 将从以下荷兰 HIV 治疗中心招募患者：Radboudumc（奈梅亨）、Erasmus MC（鹿特丹）、OLVG（阿姆斯特丹）、Elisabeth Twee-Steden Ziekenhuis（蒂尔堡）。

由于基因组-微生物组相互作用中各种性状的可变频率及其对细胞因子产生的影响，无法提供样本量计算。 由于这项研究的探索性，大小计算将根据所分析的多态性类型而变化。 在我们的研究人群中，殖民微生物组中各种微生物类别的频率是未知的，因此无法进行功效计算。

人类功能基因组学项目的早期研究评估了 250-500 人的微生物组特征。 早期的 HFGP 研究包括一个由 200 名 HIV 感染者（均为 MSM）组成的统一队列。 本研究还将包括具有更极端表型的 HIV 感染患者、女性和来自撒哈拉以南非洲的受试者。 因此，研究人员决定将接受测试的人数增加到 2000 人，其中包括 1200 名受试者的发现队列和 800 名参与者的确认队列。

研究访问和程序 纳入时

1. 研究人员将使用有关生活方式、健康和临床症状（包括神经精神症状）的问卷收集元数据。 还将从医疗中心和艾滋病监测基金会的患者记录中收集相关数据。

2. 将评估共同病理学：

   • 将收集心血管风险评分（D:A:D 风险评分和 Framingham CVD 评分）以及 ECG 和内膜中层厚度 (IMT) 测量值。
   • 通过肝脏超声和 FibroScan 评估非酒精性脂肪肝 (NAFLD)。

3. 抽血（90 毫升）：

   • 将分离 DNA 用于遗传和表观遗传分析。
   • 免疫系统的功能将使用静脉血中的循环白细胞在几个层面上进行分析。
   • 将分析代谢和蛋白质组学
   • 病毒学分析，表征 HIV 储库、HIV 抗性和循环 DNA 和 RNA 中的病毒序列。
4. 将对粪便和唾液样本进行微生物组分析。
5. 将收集尿液样本用于肌酐测量和微生物组。

2年后的随访

1. 研究人员将使用有关生活方式、健康和临床症状（包括神经精神症状）的问卷收集元数据。 还将从医疗中心和艾滋病监测基金会的患者记录中收集相关数据。

2. 将评估共同病理学：

   • 将收集心血管风险评分（D:A:D 风险评分和 Framingham CVD 评分）以及心电图。
   • 通过肝脏超声和 FibroScan 评估非酒精性脂肪肝 (NAFLD)。
3. 将收集血样 (10ml) 用于生物标志物和感染/炎症参数分析。

患者知情同意程序 治疗医师或专业护士始终会首先接触患者。 将向他们提供信息，并询问他们是否可以联系患者。 如果对此有口头同意，研究人员会在一周内联系患者，询问他们是否有兴趣参与这项研究。 医师兼研究人员将回答患者可能提出的任何问题并计划首次就诊。 知情同意程序将在患者首次就诊期间进行。

患者登记程序 所有患者数据将仅以编码形式记录在具有审计和编辑跟踪的安全数据库 (CASTOR EDC) 中。 在知情同意程序中，患者将获得一个研究代码。 识别患者数据和研究代码保存在受密码保护的密钥文件中，只有当地研究团队可以访问。 没有患者身份数据会离开当地医疗中心。

在 CASTOR 中的问卷和 eCRF 中，研究者将输入尽可能多的数据检查

生物材料 所有生物材料（血液、粪便、尿液、唾液）都将被运送到位于奈梅亨的 Radboudumc 的实验内科医学实验室进行处理。 在这里，所有的生物材料也将被集中存放。 所有材料将仅根据患者的研究代码进行处理和存储。

监测 监测将由独立监测员根据荷兰大学医学中心联合会的最新指南进行。 将计划以全体会议的形式与 Radboudumc 的所有中心进行启动和结束访问。 每个中心将有一次额外访问。 在这些访问期间，将检查知情同意书，以及纳入和排除标准以及一小部分参与者的源数据验证。

患者登记数据收集

在纳入访问期间从电子患者档案或 HIV 监测基金会收集的基线数据：

病史：

1. 纳入日期
2. 长度和重量
3. 最后已知的血压（和测量日期）
4. 血清转化日期（如果已知）
5. 首次 HIV 阳性检测日期
6. 日期开始购物车

7. HIV传播风险行为：

   • 男男性接触者
   • 异性
   • 注射吸毒
   • 受污染的血液制品
   • 未知
8. 第一次 CD4 计数
9. CD4最低点
10. CD4/CD8 比率预 cART
11. 根据 CDC 标准，启动 cART 时的 HIV 体育场
12. Pre-cART HIV RNA 顶峰

13. 开始 cART 之前的机会条件

    • 没有任何
    • 山地车
    • 真菌感染
    • 寄生虫感染，
    • 细菌感染

14. 启动 cART 前的恶性肿瘤

    • 没有任何
    • 如果是，具体说明是什么类型、时间和治疗

15. 开始 cART 之前需要长期治疗的其他已知医疗问题

    • 没有任何
    • 如果是，具体说明是什么类型、时间和治疗

16. 响应车：

    • 启动 cART 和病毒载量之间的时间 < 500（月）

    • 病毒载量：

      • 24 周后检测不到：是/否
      • 残留病毒血症的数量/频率（信号 <50 拷贝的阳性测试）：去年和最近 5 年
      • 病毒信号数量 (50-200)：去年和过去 5 年
      • 病毒血症数量：200-1000：去年和过去 5 年
      • 失败的 cART 数量（>1000）：去年和过去 5 年
      • cART 前和失败后的耐药性相关突变
      • CD4重组
      • cART 启动后 CD4/CD8 比率和正常化 >1 是/否
17. 虹膜，是/否

18. 启动 cART 后的机会条件（如果已知）

    • 没有任何
    • 山地车
    • 真菌感染
    • 寄生虫感染，
    • 细菌感染

19. 启动 cART 后的恶性肿瘤（如果已知）

    • 没有任何
    • 如果是，具体说明是什么类型、时间和治疗

20. 启动cART后的血管疾病：

    • 没有任何
    • 中风/TIA
    • 心绞痛
    • 心肌梗塞
    • 间歇性跛行
    • 静脉血栓栓塞
    • 其他 …

21. 这样

    • 没有任何
    • HAV：是/否，如果是：治疗和频率

    • 乙肝病毒：

      • 感染：活动性感染（PCR+）或非活动性感染

      • 疫苗接种：否/是

        • 一旦有抗-HBs> 100
        • 两次接种导致
    • 抗-HBs>100

    • 抗-HBs< 100

      • 无感染
    • HCV：是/否，如果是：治疗和频率
    • Lues：是/否：如果是：治疗和频率
    • 衣原体/去：是/否：如果是：治疗和频率
    • 人乳头瘤病毒

22. 启动 cART 之前或之后的 COVID-19 感染：

    • 是否进行了 COVID-19 检测，如果已知，检测类型（PCR 或抗原检测）、检测日期和 COVID-19 实验室检测结果（阳性或阴性）
    • COVID-19 血清学结果
    • 登记与 COVID-19 相关的住院情况
    • COVID-19 疫苗接种：类型和日期

    • COVID-19 疫苗接种的副作用：

      • 轻度：全身不适、疲劳、肌肉酸痛、注射部位疼痛、发冷、头痛。
      • 中度：需要延长（自我）药物治疗/缓解疼痛的轻微症状。
      • 重度：发烧 >38.5 摄氏度和/或卧床不起一天或多天

23. cART制度

    • 转换的原因
24. 处方联合用药
25. 完整的当前药物清单

身体检查

• 卡波西肉瘤的迹象
• 淋巴结肿大
• 确定药物水平：最后一次服用 HIV 药物的日期和时间是什么时候？
• 其他异常：……

心血管风险概况：

• D:A:D (R) 和 Framingham 分数
• 心电图

最接近纳入日期的实验室结果（根据荷兰指南，每年至少进行一次标准护理）：

• 全血细胞计数
• 肝酶（ALAT、AF、胆红素）
• 肌酐
• HIV-RNA
• CD4 和 CD8 计数
• 葡萄糖
• 脂质谱
• TPHA/VDRL

• HCV 血清学（针对所有高危人群，例如 MSM 和静脉注射） 吸毒者）

  • 如果阳性，HCV PCR
• 女性 HPV 诊断（PAP、PCR）
• 尿液诊断（如果有）：α1-微球蛋白、蛋白质、白蛋白、磷酸盐、肌酸酐

在 2 年随访期间从电子患者档案或 HIV 监测基金会收集的基线数据：

近2年病史：

1. 2 年随访日期
2. 重量
3. 最后已知的血压（和测量日期）

4. 过去 2 年的响应 cART

   • 残留病毒血症的数量：最近 2 年
   • 病毒信号数量 (20-200)：过去 2 年
   • 病毒血症数量 (200-1000)：最近 2 年
   • 失败的 cART 数量（>1000）：过去 2 年
   • CD4计数
   • CD4/CD8 比率（如果已知）

5. 过去 2 年的机会条件

   • 没有任何
   • 山地车
   • 真菌感染
   • 寄生虫感染，
   • 细菌感染

6. 最近2年恶性肿瘤

   • 没有任何
   • 如果是，具体说明是什么类型、时间和治疗

7. 过去 2 年心血管疾病的体征/症状：

   • 没有任何
   • 中风/TIA
   • 心绞痛
   • 心肌梗塞
   • 间歇性跛行
   • 静脉血栓栓塞
   • 其他 …

8. 过去 2 年的新 SOA

   • HAV：是/否，如果是：治疗和频率

   • 乙肝病毒：

     • 感染：活动性感染（PCR+）、非活动性感染、

     • 疫苗接种：否/是

       • 一旦有抗-HBs> 100
       • 两次接种导致
   • 抗-HBs>100

   • 抗-HBs< 100

     • 无感染
   • HCV：是/否，如果是：治疗和频率
   • Lues：是/否：如果是：治疗和频率
   • 衣原体/去：是/否：如果是：治疗和频率

9. 启动 cART 之前或之后的 COVID-19 感染：

   • 是否进行了 COVID-19 检测，如果已知，检测类型（PCR 或抗原检测）、检测日期和 COVID-19 实验室检测结果（阳性或阴性）
   • COVID-19 血清学结果
   • 登记与 COVID-19 相关的住院情况
   • COVID-19 疫苗接种：类型和日期

   • COVID-19 疫苗接种的副作用：

     • 轻度：全身不适、疲劳、肌肉酸痛、注射部位疼痛、发冷、头痛。
     • 中度：需要延长（自我）药物治疗/缓解疼痛的轻微症状。
     • 重度：发烧 >38.5 摄氏度和/或卧床不起一天或多天

10. 过去 2 年的 cART 制度

    • 从“Stichting HIV 监测”切换可用的原因
11. 处方联合用药
12. 完整的当前药物清单

身体检查

• 卡波西肉瘤的迹象
• 淋巴结肿大
• 确定药物水平：最后一次服用 HIV 药物的日期和时间是什么时候？
• 其他异常：……

心血管风险概况：

• D:A:D (R) 和 Framingham 分数
• 心电图

最接近随访日期的实验室结果：

• 全血细胞计数
• 肝酶（ALAT、AF、胆红素）
• 肌酐
• HIV-RNA
• CD4 和 CD8 计数
• 葡萄糖
• 脂质谱
• TPHA/VDRL

• 丙肝病毒血清学

  o 如果阳性，HCV PCR

• 女性 HPV 诊断（PAP、PCR）
• 尿液诊断