2000 HIV Human Functional Genomics Partnership Program (2000HIV)

Studiepopulasjon Det skal bygges en kohort med totalt 2000 HIV-pasienter, bestående av en oppdagelseskohort (n=1200) og bekreftelseskohort (n=800). Etterforskerne estimerer en 2-års inklusjons- og 2-års oppfølgingsperiode og vil strebe etter inkludering av flere kliniske fenotyper som langsiktige ikke-progressorer (~2-3%), immunologiske ikke-responderere (~3% ), og raske forløpere (~4-5%) og pasienter i klassisk risikogruppe som menn som har sex med menn (MSM), kvinner og forsøkspersoner fra Afrika sør for Sahara. Pasienter vil bli rekruttert fra følgende nederlandske HIV-behandlingssentre: Radboudumc (Nijmegen), Erasmus MC (Rotterdam), OLVG (Amsterdam), Elisabeth Twee-Steden Ziekenhuis (Tilburg).

En prøvestørrelsesberegning kan ikke gis på grunn av de varierende frekvensene til de forskjellige egenskapene i genom-mikrobion interaksjon, og deres effekt på cytokinproduksjon. På grunn av den utforskende karakteren til denne studien, vil størrelsesberegningen være variabel avhengig av typen polymorfisme som analyseres. Frekvensene til de ulike mikroorganismeklassene i det koloniserende mikrobiomet er ikke kjent i vår studiepopulasjon, og derfor er kraftberegninger umulige å utføre.

Tidligere studier i Human Functional Genomics Project har vurdert mikrobiomegenskaper hos 250-500 individer. En tidligere HFGP-studie inkluderte en enhetlig kohort på 200 HIV-infiserte individer (alle MSM). Denne studien vil også inkludere HIV-infiserte pasienter med en mer ekstrem fenotype, kvinner og forsøkspersoner som kommer fra Afrika sør for Sahara. På grunn av dette bestemte etterforskerne seg for å øke antallet testede individer til 2000, bestående av en oppdagelseskohort på 1200 forsøkspersoner, og en bekreftelseskohort på 800 deltakere.

Studiebesøk og prosedyrer Ved inkludering

1. Etterforskerne vil samle inn metadata ved hjelp av spørreskjemaer om livsstil, helse og kliniske symptomer, inkludert nevropsykiatriske symptomer. Relevante data vil også bli samlet inn fra pasientjournalene i legesentrene og HIV-overvåkingsstiftelsen.

2. Kopatologi vil bli vurdert:

   • Kardiovaskulære risikoskårer (D:A:D risikoscore og Framingham CVD-score) vil bli samlet inn samt EKG- og intima-media-tykkelsesmålinger (IMT).
   • Ikke-alkoholisk fettleversykdom (NAFLD) vurdering gjennom leverultralyd og FibroScan.

3. Blod vil bli tappet (90 ml):

   • DNA vil bli isolert for genetisk og epigenetisk analyse.
   • Immunsystemets funksjon vil bli analysert på flere nivåer ved hjelp av sirkulerende hvite blodlegemer fra venøst ​​blod.
   • Metabolisme og proteomikk vil bli analysert
   • Virologisk analyse, karakterisering av HIV-reservoaret, HIV-resistens og virale sekvenser i sirkulerende DNA og RNA.
4. Mikrobiomanalyse vil bli utført på avførings- og spyttprøver.
5. Urinprøve vil bli samlet inn for kreatininmålinger og mikrobiom.

Etter 2 års oppfølging

1. Etterforskerne vil samle inn metadata ved hjelp av spørreskjemaer om livsstil, helse og kliniske symptomer, inkludert nevropsykiatriske symptomer. Relevante data vil også bli samlet inn fra pasientjournalene i legesentrene og HIV-overvåkingsstiftelsen.

2. Kopatologi vil bli vurdert:

   • Kardiovaskulær risikoscore (D:A:D risikoscore og Framingham CVD-score) vil bli samlet inn samt EKG.
   • Ikke-alkoholisk fettleversykdom (NAFLD) vurdering gjennom leverultralyd og FibroScan.
3. Blodprøver (10 ml) vil bli samlet inn for biomarkør og infeksjon/betennelsesparameteranalyse.

Prosedyre for informert samtykke til pasient Pasienter vil alltid bli kontaktet først av en behandlende lege eller spesialisert sykepleier. De vil bli gitt informasjon og vil bli spurt om en lege-forsker kan kontakte pasienten. Dersom det foreligger muntlig samtykke til dette, kontakter forskeren pasienten om en uke for å spørre om de er interessert i å delta i studien. legen-forskeren vil svare på alle spørsmål pasienten måtte ha og planlegge det første besøket. Prosedyren for informert samtykke vil bli utført under pasientens første besøk.

Pasientregisterprosedyrer Alle pasientdata vil kun bli registrert i kodet form i en sikker database med revisjons- og redigeringsspor (CASTOR EDC). Under den informerte samtykkeprosedyren får pasienten en studiekode. De identifiserende pasientdataene og studiekoden oppbevares i en passordbeskyttet nøkkelfil, kun tilgjengelig for det lokale forskerteamet. Ingen pasientidentifiserende data vil forlate det lokale legesenteret.

I spørreskjemaene og eCRF-ene i CASTOR vil etterforskerne legge inn så mange datasjekker som mulig

Biomaterialer Alt biomateriale (blod, avføring, urin, spytt) vil bli transportert til og behandlet i laboratoriet for eksperimentell internmedisin ved Radboudumc i Nijmegen. Her skal også alt biomaterialet lagres samlet. Alt materiale vil kun bli håndtert og lagret under pasientens studiekode.

Overvåking Overvåking vil bli utført av en uavhengig monitor i henhold til de siste retningslinjene fra den nederlandske føderasjonen for universitetsmedisinske sentre. Det vil bli planlagt et igangsettings- og avslutningsbesøk i plenum med alle sentrene i Radboudumc. Det blir ett ekstra besøk per senter. Under disse besøkene vil informerte samtykker bli kontrollert, samt inkluderings- og eksklusjonskriterier og kildedataverifisering i en liten undergruppe av totalt antall deltakere.

Datainnsamling for pasientregister

Grunndata samlet inn fra elektroniske pasientfiler eller HIV Monitoring Foundation under inkluderingsbesøk:

Medisinsk historie:

1. Inkluderingsdato
2. Lengde og vekt
3. Siste kjente blodtrykk (og målt dato)
4. Serokonverteringsdato (hvis kjent)
5. Dato første HIV-positive test
6. Dato start handlevogn

7. Risikoatferd for HIV-overføring:

   • MSM
   • Heteroseksuell
   • Sprøytebruk
   • Forurensede blodprodukter
   • Ukjent
8. Første CD4-telling
9. CD4 nadir
10. CD4/CD8-forhold pre-cART
11. HIV-stadion ved start cART i henhold til CDC-kriterier
12. Pre-cART HIV RNA senit

13. Opportunistiske forhold før start cART

    • Ingen
    • MTB
    • Soppinfeksjoner
    • Parasittiske infeksjoner,
    • Bakterielle infeksjoner

14. Maligniteter før start cART

    • Ingen
    • Hvis ja, spesifiser hva slags type, når og behandling

15. Andre kjente medisinske problemer før start av cART, som krever langvarig behandling

    • Ingen
    • Hvis ja, spesifiser hva slags type, når og behandling

16. Respons cart:

    • Periode mellom start cART og viral belastning < 500 (måneder)

    • Viral belastning:

      • Ikke påviselig etter 24 uker: ja/nei
      • Antall/frekvens av gjenværende viremi (positiv test med signal <50 kopier): siste år og siste 5 år
      • Antall virale blipper (50-200): siste år og siste 5 år
      • Antall viremier: 200-1000: siste år og siste 5 år
      • Antall mislykkede cART (>1000): siste år og siste 5 år
      • Resistensassosierte mutasjoner før cART og etter svikt
      • CD4 rekonstitusjon
      • CD4/CD8-forhold og normalisering >1 ja/nei etter cART-start
17. IRIS, ja/nei

18. Opportunistiske forhold etter start cART (hvis kjent)

    • Ingen
    • MTB
    • Soppinfeksjoner
    • Parasittiske infeksjoner,
    • Bakterielle infeksjoner

19. Maligniteter etter start av cART (hvis kjent)

    • Ingen
    • Hvis ja, spesifiser hva slags type, når og behandling

20. Karsykdommer etter oppstart av cART:

    • Ingen
    • Hjerneslag/ TIA
    • Angina pectoris
    • Hjerteinfarkt
    • Claudicatio avbryter
    • Venøs trombo-emboli
    • Annet …

21. Som

    • Ingen
    • HAV: ja/nei, hvis ja: behandling og hvor ofte

    • HBV:

      • Infisert: aktiv infeksjon (PCR+) eller ikke-aktiv infeksjon

      • Vaksinasjon: Nei/Ja

        • En gang med anti-HBs> 100
        • To ganger vaksinasjon fører til
    • anti-HBs> 100

    • anti-HBs < 100

      • Ingen infeksjon
    • HCV: ja/nei, hvis ja: behandling og hvor ofte
    • Lues: ja/nei: hvis ja: behandling og hvor ofte
    • Klamydia/Go: ja/nei: hvis ja: behandling og hvor ofte
    • HPV

22. COVID-19-infeksjon før eller etter start av cART:

    • Ble det utført en covid-19-test og i så fall type test hvis kjent (PCR- eller antigentest), dato for test og resultat av laboratorietest for covid-19 (positiv eller negativ)
    • Resultater for COVID-19-serologi
    • Registrer COVID-19-relaterte sykehusinnleggelser
    • Covid-19-vaksinasjon: type og dato(er)

    • Bivirkninger av covid-19-vaksinasjon:

      • Mild: generell ubehag, tretthet, muskelverk, smerter på injeksjonsstedet, skjelvinger, hodepine.
      • Moderat: milde symptomer i den grad (selv)medisinering/smertelindring er nødvendig.
      • Alvorlig: feber >38,5 grader Celsius og/eller en eller flere dager sengeliggende

23. cART-regimer

    • Årsaker til å bytte
24. Foreskrevet samtidig medisinering
25. Full aktuell medisinliste

Fysisk undersøkelse

• Tegn på Kaposi-sarkom
• Lymfadenopati
• For bestemmelse av medisinnivåer: når var siste dato og klokkeslett HIV-medisinering ble tatt?
• Andre avvik: …

Kardiovaskulær risikoprofil:

• D:A:D (R) og Framingham scorer
• EKG

Laboratorieresultater fra dato nærmest inklusjonsdato (standardbehandling minst en gang i året i henhold til nederlandske retningslinjer):

• Full blodtelling
• Leverenzymer (ALAT, AF, bilirubin)
• Kreatinin
• HIV-RNA
• CD4 og CD8 teller
• Glukose
• Lipidprofil
• TPHA/VDRL

• HCV-serologi (for alle i faresonen, som MSM og i.v. narkotikabrukere)

  • Hvis positiv, HCV PCR
• HPV-diagnostikk hos kvinner (PAP, PCR)
• Urindiagnostikk (hvis tilgjengelig): α1-mikroglobulin, protein, albumin, fosfat, kreatinin

Grunnlinjedata samlet inn fra elektroniske pasientfiler eller HIV Monitoring Foundation under 2-års oppfølgingsbesøk:

Medisinsk historie siste 2 år:

1. Dato for 2 års oppfølgingsbesøk
2. Vekt
3. Siste kjente blodtrykk (og målt dato)

4. Respons cART siste 2 år

   • Antall gjenværende viremi: siste 2 år
   • Antall virale blipper (20-200): siste 2 år
   • Antall viremier (200-1000): siste 2 år
   • Antall mislykkede cART (>1000): siste 2 år
   • Antall CD4
   • CD4/CD8-forhold (hvis kjent)

5. Opportunistiske forhold varer i 2 år

   • Ingen
   • MTB
   • Soppinfeksjoner
   • Parasittiske infeksjoner,
   • Bakterielle infeksjoner

6. Maligniteter de siste 2 årene

   • Ingen
   • Hvis ja, spesifiser hva slags type, når og behandling

7. Tegn/symptomer på hjerte- og karsykdommer de siste 2 årene:

   • Ingen
   • Hjerneslag/ TIA
   • Angina pectoris
   • Hjerteinfarkt
   • Claudicatio avbryter
   • Venøs trombo-emboli
   • Annet …

8. Nye SOAs de siste 2 årene

   • HAV: ja/nei, hvis ja: behandling og hvor ofte

   • HBV:

     • Infisert: aktiv infeksjon (PCR+), ikke-aktiv infeksjon,

     • Vaksinasjon: Nei/Ja

       • En gang med anti-HBs> 100
       • To ganger vaksinasjon fører til
   • anti-HBs> 100

   • anti-HBs < 100

     • Ingen infeksjon
   • HCV: ja/nei, hvis ja: behandling og hvor ofte
   • Lues: ja/nei: hvis ja: behandling og hvor ofte
   • Klamydia/Go: ja/nei: hvis ja: behandling og hvor ofte

9. COVID-19-infeksjon før eller etter start av cART:

   • Ble det utført en covid-19-test og i så fall type test hvis kjent (PCR- eller antigentest), dato for test og resultat av laboratorietest for covid-19 (positiv eller negativ)
   • Resultater for COVID-19-serologi
   • Registrer COVID-19-relaterte sykehusinnleggelser
   • Covid-19-vaksinasjon: type og dato(er)

   • Bivirkninger av covid-19-vaksinasjon:

     • Mild: generell ubehag, tretthet, muskelverk, smerter på injeksjonsstedet, skjelvinger, hodepine.
     • Moderat: milde symptomer i den grad (selv)medisinering/smertelindring er nødvendig.
     • Alvorlig: feber >38,5 grader Celsius og/eller en eller flere dager sengeliggende

10. cART-regimer de siste 2 årene

    • Årsaker til å bytte tilgjengelig fra 'Stichting HIV Monitoring'
11. Foreskrevet samtidig medisinering
12. Full aktuell medisinliste

Fysisk undersøkelse

• Tegn på Kaposi-sarkom
• Lymfadenopati
• For bestemmelse av medisinnivåer: når var siste dato og klokkeslett HIV-medisinering ble tatt?
• Andre avvik: …

Kardiovaskulær risikoprofil:

• D:A:D (R) og Framingham scorer
• EKG

Laboratorieresultater fra datoen nærmest oppfølgingsbesøksdatoen:

• Full blodtelling
• Leverenzymer (ALAT, AF, bilirubin)
• Kreatinin
• HIV-RNA
• CD4 og CD8 teller
• Glukose
• Lipidprofil
• TPHA/VDRL

• HCV-serologi

  o Hvis positiv, HCV PCR

• HPV-diagnostikk hos kvinner (PAP, PCR)
• Urindiagnostikk