Cellfritt DNA och dess integritet med hjälp av ALU-sekvenser som en biomarkör för diagnos av bröstcancer

Bröstcancer (BC) är den vanligaste cancerformen hos kvinnor i världen och är den vanligaste dödsorsaken i cancer bland kvinnor globalt. Mammografi är standardmetoden för tidig upptäckt av BC i många länder, med över 1,3 miljoner nya diagnostiserade fall årligen. I Egypten är bröstcancer den vanligaste cancerformen hos kvinnor och står för 38,8 % av all cancer hos kvinnor. Medan radiologiska screeningprogram framgångsrikt har tillämpats för att upptäcka bröstcancer i tidigare stadier, har inga värdefulla biomarkörer för blod ännu identifierats för detta ändamål. Däremot varierar antalet falskt positiva återkallanden beroende på ålder, brösttäthet och postmenopausal hormonbehandling, bland annat. För kvinnor med täta bröst minskar mammografins noggrannhet. Cirkulerande serummarkör för övervakning av BC har varit under utveckling i flera decennier. Konventionella tumörmarkörer, såsom cancerantigen 15-3 (CA15-3), karcinoembryonalt antigen (CEA) och antal cirkulerande tumörceller (CTC), är kliniskt tillgängliga, men deras användbarhet är mestadels begränsad till patienter med avancerade och metastaserande BC (MBC). Det finns därför ett behov av att utveckla nya biomarkörer som kan användas som värdefulla verktyg för att identifiera högriskpatienter, för att förutsäga sjukdomsprognos och därmed ha en inverkan på patienthanteringen. Cellfritt DNA (cfDNA) är korta fragment av nukleinsyror som finns i cirkulationen. Flera studier har också indikerat förhöjda nivåer av cf DNA vid bröstcancer. ALU (Arthrobacter luteus)-sekvenserna valdes, eftersom de är de mest förekommande och aktiva upprepade elementen i det mänskliga genomet, typiskt 300 nukleotider långa, som står för mer än 10 % av genomet. DNA-integritet beräknades som förhållandet (ALU247/ALU115). Eftersom hybridiseringsställena för ALU115 är inom ALU247-annealingsställena, benämns således förhållandet mellan ALU247 och ALU115 som DNA-integritet. Det karakteriserar fragmenteringsmönstret av cirkulerande cellfritt DNA. DNA-integriteten är "1" om mall-DNA inte är trunkerat och "0" om DNA är fullständigt trunkerat till fragment mindre än 247 bp (baspar). Således har det bedömts för dess diagnostiska och prognostiska potentiella roll i bröstcancerpatienter