Soluton DNA ja sen eheys käyttämällä ALU-sekvenssejä biomarkkerina rintasyövän diagnosoinnissa

Rintasyöpä (BC) on yleisin naisten syöpä maailmanlaajuisesti ja yleisin naisten syövän aiheuttama kuolinsyy maailmanlaajuisesti. Mammografia on standardimenetelmä BC:n varhaiseen havaitsemiseen monissa maissa, ja vuosittain todetaan yli 1,3 miljoonaa uutta tapausta. Egyptissä rintasyöpä on yleisin naisten syöpä, ja se muodostaa 38,8 % kaikista naisten syövistä. Kun radiologisia seulontaohjelmia on sovellettu menestyksekkäästi rintasyövän aikaisempien vaiheiden havaitsemiseen, arvokkaita veren biomarkkereita tähän tarkoitukseen ei ole vielä tunnistettu. Väärien positiivisten palautusprosentti vaihtelee kuitenkin muun muassa iän, rintojen tiheyden ja postmenopausaalisen hormonihoidon mukaan. Naisilla, joilla on tiheät rinnat, mammografian tarkkuus on heikentynyt. Verenkierron seerumimarkkeri BC:n seurantaan on ollut kehitteillä useita vuosikymmeniä. Perinteisiä kasvainmarkkereita, kuten syöpäantigeeni 15-3 (CA15-3), karsinoembryonaalinen antigeeni (CEA) ja verenkierrossa olevien kasvainsolujen määrä (CTC), on kliinisesti saatavilla, mutta niiden käyttökelpoisuus rajoittuu enimmäkseen potilaisiin, joilla on pitkälle edennyt ja metastaattinen. BC (MBC). Tästä syystä on tarpeen kehittää uusia biomarkkereita, joita voidaan käyttää arvokkaina työkaluina korkean riskin potilaiden tunnistamisessa, sairauden ennusteen ennustamisessa ja siten vaikutusta potilaan hoitoon. Soluvapaa DNA (cfDNA) on lyhyitä nukleiinihappojen fragmentteja, joita esiintyy liikkeeseen. Useat tutkimukset ovat myös osoittaneet kohonneita cf-DNA:n tasoja rintasyövässä. ALU (Arthrobacter luteus) -sekvenssit valittiin, koska ne ovat runsaimpia ja aktiivisimpia toistuvia elementtejä ihmisen genomissa, tyypillisesti 300 nukleotidin pituisia, ja ne muodostavat yli 10 % genomista. DNA:n eheys laskettiin suhteena (ALU247/ALU115). Koska ALU115:n pariutumiskohdat ovat ALU247:n pariutumiskohtien sisällä, ALU247:n ja ALU115:n välistä suhdetta kutsutaan DNA:n eheydeksi. Se luonnehtii kiertävän soluvapaan DNA:n fragmentaatiomallia. DNA:n eheys on "1", jos templaatti-DNA:ta ei katkaista, ja "0", jos DNA on täysin typistetty fragmenteiksi, jotka ovat pienempiä kuin 247 bp (emäspari). Siksi sen diagnostinen ja prognostinen potentiaalinen rooli rintasyöpäpotilailla on arvioitu