Sejtmentes DNS és integritása ALU szekvenciák felhasználásával biomarkerként az emlőrák diagnosztizálásához

A mellrák (BC) a leggyakoribb rákbetegség a nők körében világszerte, és világszerte a nők rák okozta halálozásának vezető oka. A mammográfia a BC korai felismerésének standard módszere számos országban, évente több mint 1,3 millió új diagnosztizált esettel. Egyiptomban a mellrák a leggyakoribb rák a nők körében, amely az összes női rák 38,8%-át teszi ki. Míg a radiológiai szűrési programokat sikeresen alkalmazták az emlőrák korábbi stádiumú kimutatására, erre a célra még nem azonosítottak értékes vér biomarkert. A hamis pozitív visszahívások aránya azonban többek között az életkortól, az emlősűrűségtől és a posztmenopauzális hormonterápiától függően változik. A sűrű mellű nőknél a mammográfia pontossága csökken. A BC monitorozására szolgáló keringő szérummarkereket több évtizede fejlesztették ki. A hagyományos tumormarkerek, mint például a rák antigén 15-3 (CA15-3), a karcinoembrionális antigén (CEA) és a keringő tumorsejtszám (CTC) klinikailag hozzáférhetőek, azonban hasznosságuk többnyire az előrehaladott és metasztatikus betegekre korlátozódik. BC (MBC). Ezért olyan új biomarkerek kifejlesztésére van szükség, amelyek értékes eszközként használhatók a magas kockázatú betegek azonosításában, a betegség prognózisának előrejelzésében, és ezáltal hatással vannak a betegek kezelésére. A sejtmentes DNS (cfDNS) a nukleinsavak rövid fragmentumai, amelyek jelen vannak a keringés. Több tanulmány is jelezte a cf DNS emelkedett szintjét emlőrákban. Az ALU (Arthrobacter luteus) szekvenciákat azért választottuk, mert ezek a humán genom leggyakrabban előforduló és legaktívabb ismétlődő elemei, jellemzően 300 nukleotid hosszúságúak, és a genom több mint 10%-át teszik ki. A DNS integritását az (ALU247/ALU115) arányban számítottuk ki. Mivel az ALU115 összekapcsolódási helyei az ALU247 csatolási helyeken belül vannak, ezért az ALU247 és az ALU115 közötti arányt DNS integritásnak nevezzük. A keringő sejtmentes DNS fragmentációs mintázatát jellemzi. A DNS integritása „1”, ha a templát DNS nincs csonkolva, és „0”, ha a DNS teljesen le van csonkolva 247 bp-nál (bázispár) kisebb fragmentumokra. Így diagnosztikai és prognosztikai potenciális szerepét értékelték emlőrákos betegekben