Celvrij DNA en de integriteit ervan met behulp van ALU-sequenties als biomarker voor de diagnose van borstkanker

Borstkanker (BC) is wereldwijd de meest voorkomende vorm van kanker bij vrouwen en is wereldwijd de belangrijkste doodsoorzaak door kanker bij vrouwen. Mammografie is in veel landen de standaardmethode voor vroege detectie van BC, met meer dan 1,3 miljoen nieuwe gediagnosticeerde gevallen per jaar. In Egypte is borstkanker de meest voorkomende vorm van kanker bij vrouwen, goed voor 38,8% van alle vrouwelijke kankers. Terwijl radiologische screeningsprogramma's met succes zijn toegepast bij het opsporen van borstkanker in eerdere stadia, zijn daarvoor nog geen waardevolle bloedbiomarkers geïdentificeerd. Het percentage vals-positieve terugroepacties varieert echter onder andere afhankelijk van leeftijd, borstdichtheid en postmenopauzale hormonale therapie. Voor vrouwen met dichte borsten is de nauwkeurigheid van mammografie verminderd. Circulerende serummarkers voor het monitoren van BC zijn al tientallen jaren in ontwikkeling. Conventionele tumormarkers, zoals kankerantigeen 15-3 (CA15-3), carcino-embryonaal antigeen (CEA)) en circulerende tumorceltelling (CTC), zijn klinisch beschikbaar, maar hun bruikbaarheid is meestal beperkt tot patiënten met gevorderde en gemetastaseerde tumoren. BC (MBC). Daarom is er behoefte aan de ontwikkeling van nieuwe biomarkers die kunnen worden gebruikt als waardevolle hulpmiddelen bij het identificeren van patiënten met een hoog risico, om de prognose van de ziekte te voorspellen en zo een impact hebben op het beheer van patiënten. Celvrij DNA (cfDNA) zijn korte fragmenten van nucleïnezuren die aanwezig zijn in de circulatie. Meerdere onderzoeken hebben ook verhoogde niveaus van cf-DNA bij borstkanker aangetoond. De ALU-sequenties (Arthrobacter luteus) werden gekozen, omdat ze de meest voorkomende en actief herhaalde elementen in het menselijk genoom zijn, meestal 300 nucleotiden lang, goed voor meer dan 10% van het genoom. DNA-integriteit werd berekend als de verhouding van (ALU247/ALU115). Aangezien de annealingsplaatsen van ALU115 zich binnen de ALU247 annealingsplaatsen bevinden, wordt de verhouding van ALU247 tot ALU115 DNA-integriteit genoemd. Het kenmerkt het fragmentatiepatroon van circulerend celvrij DNA. De DNA-integriteit is "1" als template-DNA niet is afgekapt en "0" als DNA volledig is afgekapt tot fragmenten kleiner dan 247 bp (basenpaar). Het is dus beoordeeld op zijn diagnostische en prognostische potentiële rol bij borstkankerpatiënten