Cellefrit DNA og dets integritet ved hjælp af ALU-sekvenser som en biomarkør til diagnosticering af brystkræft

Brystkræft (BC) er den mest almindelige kræftsygdom hos kvinder på verdensplan og er den største dødsårsag blandt kvinder på verdensplan. Mammografi er standardmetoden til tidlig påvisning af BC i mange lande, med over 1,3 millioner årligt diagnosticerede tilfælde. I Egypten er brystkræft den mest almindelige kræftform hos kvinder, der tegner sig for 38,8 % af alle kvindelige kræftformer. Mens radiologiske screeningsprogrammer med succes er blevet anvendt til at opdage brystkræft i tidligere stadier, er der endnu ikke identificeret værdifulde blodbiomarkører til dette formål. Imidlertid varierer antallet af falsk-positive tilbagekaldelser blandt andet afhængigt af alder, brysttæthed og postmenopausal hormonbehandling. For kvinder med tætte bryster er mammografiens nøjagtighed nedsat. Cirkulerende serummarkør til overvågning af BC har været under udvikling i flere årtier. Konventionelle tumormarkører, såsom cancerantigen 15-3 (CA15-3), carcinoembryonalt antigen (CEA) og antal cirkulerende tumorceller (CTC), er klinisk tilgængelige, men deres anvendelighed er for det meste begrænset til patienter med fremskreden og metastatisk BC (MBC). Derfor er der behov for at udvikle nye biomarkører, der kan bruges som værdifulde værktøjer til at identificere højrisikopatienter, til at forudsige sygdomsprognose og dermed have en indflydelse på patientbehandlingen. Cellefrit DNA (cfDNA) er korte fragmenter af nukleinsyrer, der findes i cirkulationen. Flere undersøgelser har også indikeret forhøjede niveauer af cf DNA i brystkræft. ALU (Arthrobacter luteus) sekvenserne blev valgt, da de er de mest udbredte og aktive gentagne elementer i det humane genom, typisk 300 nukleotider i længden, der tegner sig for mere end 10% af genomet. DNA-integritet blev beregnet som forholdet mellem (ALU247/ALU115). Da annealingsstederne for ALU115 er inden for ALU247-annealingsstederne, betegnes forholdet mellem ALU247 og ALU115 således som DNA-integritet. Det karakteriserer fragmenteringsmønsteret af cirkulerende cellefrit DNA. DNA-integriteten er "1", hvis template-DNA ikke er trunkeret og "0", hvis DNA er fuldstændig trunkeret til fragmenter mindre end 247 bp (basepar). Det er således blevet vurderet for dets diagnostiske og prognostiske potentielle rolle i brystkræftpatienter