Bezbuněčná DNA a její integrita pomocí ALU sekvencí jako biomarkeru pro diagnostiku rakoviny prsu

Rakovina prsu (BC) je celosvětově nejčastější rakovinou u žen a je celosvětově hlavní příčinou úmrtí na rakovinu u žen. Mamografie je standardní metodou pro časnou detekci BC v mnoha zemích s více než 1,3 milionu nových diagnostikovaných případů ročně. V Egyptě je rakovina prsu nejčastější rakovinou u žen, která představuje 38,8 % všech rakovin u žen. Zatímco programy radiologického screeningu byly úspěšně aplikovány při odhalování rakoviny prsu v dřívějších stádiích, dosud nebyly pro tento účel identifikovány žádné cenné krevní biomarkery. Míra falešně pozitivních reakcí se však liší mimo jiné podle věku, hustoty prsů a postmenopauzální hormonální terapie. U žen s hustými prsy je přesnost mamografie snížena. Cirkulující sérový marker pro monitorování BC byl vyvíjen několik desetiletí. Konvenční nádorové markery, jako je rakovinový antigen 15-3 (CA15-3), karcinoembryonální antigen (CEA) a počet cirkulujících nádorových buněk (CTC), jsou klinicky dostupné, nicméně jejich užitečnost je většinou omezena na pacienty s pokročilým a metastatickým BC (MBC). Existuje tedy potřeba vyvinout nové biomarkery, které lze použít jako cenné nástroje při identifikaci vysoce rizikových pacientů, k predikci prognózy onemocnění, a tak mít dopad na léčbu pacientů. Bezbuněčná DNA (cfDNA) jsou krátké fragmenty nukleových kyselin přítomných v oběhu. Mnohočetné studie také ukázaly zvýšené hladiny cf DNA u rakoviny prsu. Byly vybrány sekvence ALU (Arthrobacter luteus), protože jsou nejhojnějšími a nejaktivnějšími opakovanými prvky v lidském genomu, typicky o délce 300 nukleotidů, které tvoří více než 10 % genomu. Integrita DNA byla vypočtena jako poměr (ALU247/ALU115). Protože místa nasednutí ALU115 jsou v místech nasednutí ALU247, poměr ALU247 k ALU115 se nazývá integrita DNA. Charakterizuje strukturu fragmentace cirkulující bezbuněčné DNA. Integrita DNA je "1", pokud není templátová DNA zkrácena, a "0", pokud je DNA zcela zkrácena na fragmenty menší než 247 bp (pár bází). Byla tedy hodnocena jeho diagnostická a prognostická potenciální role u pacientek s rakovinou prsu