Riziko recidivy de Novo mutací: Výzkum a kvantifikace otcovského zárodečného mozaicismu kombinovaným použitím genomických nástrojů (RRMUT)
- Zařazení 5 rodin Zařazení bude provedeno oddělením klinické genetiky Fakultní nemocnice v Rouenu (monocentrická studie) a bude odpovídat trojici rodiče + dítě s nevysvětlitelnými vývojovými abnormalitami. Zařazení pacientů bude integrováno do rutinní péče a okamžitým přínosem pro zahrnuté rodiny bude rozsáhlá analýza genomu probanda a jeho rodičů technikami sekvenování krátkého a dlouhého čtení, které představují nejkomplexnější diagnostické testy pro vývojová onemocnění, a které nejsou v současné době běžně dostupné. Zařazení do klinické genetiky klinickými lékaři zvyklými předepisovat analýzy celého genomu umožní rodinám jasné a úplné informace. Sběr souhlasů. DNA trojice už bude k dispozici v laboratoři molekulární genetiky a v případě potřeby může být navržen nový vzorek krve. Odběr spermatu od otce.
- Identifikace velkého souboru de novo mutací. Extrakce DNA krve a odeslání kompletního genomu k sekvenování do Národního centra pro výzkum lidské genomiky (CNRGH, Evry), v rámci již zahájené spolupráce. Analýza sekvenačních dat díky již existujícím odborným znalostem v Rouenu. Identifikace asi 40-120 de novo mutací na trio. V této fázi: interpretace variací identifikovaných se sekundárním cílem identifikace příčiny onemocnění u dětí. Dlouhé čtení genomů umožní fázovat de novo varianty na otcovský nebo mateřský haplotyp.
- Hledání de novo mutací ve vzorcích otcovského spermatu. Extrakce spermatické DNA. Návrh sekvenačního panelu zaměřeného na genetické variace identifikované v různých triech. Příprava knihoven, cílené vysoce výkonné sekvenování ve velké hloubce díky technikám a vybavení, které jsou již v provozu. Specifické vyhledávání de novo variací identifikovaných u probandů (v 2.), s pro každé hodnocení (i) přítomnosti variace ve vzorku spermatu, (ii) množství mozaiky, odrážející podíl nosičských spermií a tedy riziko recidivy, (iii) přítomnost mé variace ve vzorku krve obou rodičů v hlubokém sekvenování.
Přehled studie
Postavení
Postavení
Podmínky
Podmínky
Intervence / Léčba
Intervence / Léčba
Typ studie
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Zápis
Fáze
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
Studijní kontakt
- Jméno: François LECOQUIERRE, MD
- Telefonní číslo: 8858 +3323288
- E-mail: francois.lecoquierre@chu-rouen.fr
Studijní záloha kontaktů
- Jméno: Julien BLOT
- Telefonní číslo: +3323288
- E-mail: julien.blot@chu-rouen.fr
Studijní místa
-
-
-
Rouen, Francie
- Rouen University Hospital
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dítě
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Trio složené z dítěte s vývojovou poruchou a obou nepostižených rodičů
- Absence etiologie po klinické expertíze a genetickém vyšetření
- Indikace celogenomové sekvenační analýzy
- Dítě ze spontánního těhotenství bez léčby stimulací ovulace
- Dostupnost vzorků krve DNA
- Příslušnost k sociálnímu pojištění
- Pacient nebo zákonný zástupce pacienta, který si přečetl informační dopis, porozuměl mu a podepsal formulář souhlasu
Kritéria vyloučení:
- Nedostatek indikace pro celogenomovou analýzu u probanda
- Etiologie vývojové poruchy již identifikována
- Proband narozený po oplodnění in vitro
- Nemožnost neinvazivního odběru spermatu od otce
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: N/A
- Intervenční model: Přiřazení jedné skupiny
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Počet zbraní
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / ArmSkupina účastníků / Arm |
Intervence / LéčbaIntervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Indikace pro analýzu celého genomu u probanda
|
budou provedeny celogenomové analýzy u pacientů a rodičů (otec, matka)
Analýza spermií bude provedena v otcovských vzorcích
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Časové okno |
|---|---|
|
Podíl de novo mutací pacienta detekovatelných ve spermatu otce
Časové okno: Den 1
|
Den 1
|
Sekundární výstupní opatření
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Časové okno |
|---|---|
|
Počet pacientů, u kterých byla získána molekulární diagnóza (identifikována příčina vývojového postižení) ≥1
Časové okno: Den 1
|
Den 1
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Sponzor
Vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: François LECOQUIERRE, MD, University Hospital, Rouen
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Lecoquierre F, Drouot N, Coutant S, Quenez O, Fourneaux S, Jumeau F, Rives N, Charbonnier F, Derambure C, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Goldenberg A, Guerrot AM, Charbonnier C, Nicolas G. Parental germline mosaicism in genome-wide phased de novo variants: Recurrence risk assessment and implications for precision genetic counselling. PLoS Genet. 2025 Mar 31;21(3):e1011651. doi: 10.1371/journal.pgen.1011651. eCollection 2025 Mar.
- Lecoquierre F, Quenez O, Fourneaux S, Coutant S, Vezain M, Rolain M, Drouot N, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Dabbagh D, Gilles I, Gayet C, Saugier-Veber P, Goldenberg A, Guerrot AM, Nicolas G. High diagnostic potential of short and long read genome sequencing with transcriptome analysis in exome-negative developmental disorders. Hum Genet. 2023 Jun;142(6):773-783. doi: 10.1007/s00439-023-02553-1. Epub 2023 Apr 19.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Začátek studia
Primární dokončení (Aktuální)
Primární dokončení
Dokončení studie (Aktuální)
Dokončení studie
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
První zveřejněno
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Poslední zveřejněná aktualizace
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
Další identifikační čísla studie
- 2019/0401/HP
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .