Rischio di ricorrenza di mutazioni de novo: ricerca e quantificazione del mosaicismo germinale paterno mediante l'uso combinato di strumenti genomici (RRMUT)
- Inclusione di 5 famiglie Le inclusioni saranno effettuate dal dipartimento di genetica clinica dell'ospedale universitario di Rouen (studio monocentrico) e corrisponderanno a trii di genitori + bambino con anomalie dello sviluppo inspiegabili. L'inclusione dei pazienti sarà integrata nelle cure di routine e avrà come beneficio immediato per le famiglie incluse l'ampia analisi del genoma del probando e dei loro genitori mediante tecniche di sequenziamento a lettura breve e lunga, che rappresentano i test diagnostici più completi per le malattie dello sviluppo, e che non sono attualmente disponibili di routine. L'inclusione nella genetica clinica da parte di medici abituati a prescrivere analisi dell'intero genoma consentirà informazioni chiare e complete alle famiglie. Raccolta dei consensi. Il DNA del trio sarà già disponibile presso il laboratorio di genetica molecolare e, se necessario, potrebbe essere proposto un nuovo campione di sangue. Raccolta di sperma dal padre.
- Identificazione di un ampio set di mutazioni de novo. Estrazione del DNA del sangue e invio per il sequenziamento del genoma completo al Centro Nazionale di Ricerca in Genomica Umana (CNRGH, Evry), nell'ambito di una collaborazione già avviata. Analisi dei dati di sequenziamento grazie alle competenze già esistenti a Rouen. Identificazione di circa 40-120 mutazioni de novo per trio. In questa fase: interpretazione delle varianti identificate con l'obiettivo secondario di identificare la causa della malattia nei bambini. I genomi long read permetteranno di mettere in fase le varianti de novo all'aplotipo paterno o materno.
- Ricerca di mutazioni de novo nei campioni di sperma paterno. Estrazione del DNA spermatico. Progettazione di un pannello di sequenziamento mirato alle variazioni genetiche identificate nei diversi trii. Allestimento delle librerie, sequenziamento mirato ad alto throughput a grande profondità grazie alle tecniche e alle apparecchiature già operative. Ricerca specifica delle variazioni de novo identificate nei probandi (in 2.), con per ogni valutazione di (i) la presenza della variazione nel campione di spermatozoi, (ii) la quantità di mosaicismo, che riflette la proporzione di spermatozoi portatori e quindi il rischio di recidiva, (iii) la presenza della mia variazione nel campione di sangue di entrambi i genitori in deep sequencing.
Panoramica dello studio
Stato
Stato
Condizioni
Condizioni
Intervento / Trattamento
Intervento / Trattamento
Tipo di studio
Tipo di studio
Iscrizione (Effettivo)
Iscrizione
Fase
Fase
- Non applicabile
Contatti e Sedi
Contatto studio
Contatto studio
- Nome: François LECOQUIERRE, MD
- Numero di telefono: 8858 +3323288
- Email: francois.lecoquierre@chu-rouen.fr
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Julien BLOT
- Numero di telefono: +3323288
- Email: julien.blot@chu-rouen.fr
Luoghi di studio
-
-
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Rouen, Francia
- Rouen University Hospital
-
-
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Bambino
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Trio composto da un bambino con un disturbo dello sviluppo ed entrambi i genitori non affetti
- Assenza di eziologia dopo perizia clinica e test genetici
- Indicazione di un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma
- Bambino da gravidanza spontanea senza trattamento di stimolazione dell'ovulazione
- Disponibilità di campioni di sangue del DNA
- Affiliazione a un'assicurazione sociale
- Paziente o rappresentante legale del paziente che ha letto e compreso l'informativa e ha firmato il modulo di consenso
Criteri di esclusione:
- Mancanza di indicazione per un'analisi genome-wide nel probando
- Eziologia del disturbo dello sviluppo già identificata
- Probando nato dopo fecondazione in vitro
- Impossibilità di prelievo di sperma non invasivo dal padre
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Scopo principale: Diagnostico
- Assegnazione: N / A
- Modello interventistico: Assegnazione di gruppo singolo
- Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)
Numero di armi
Armi e interventi
Gruppo di partecipanti / ArmGruppo di partecipanti / Arm |
Intervento / TrattamentoIntervento / Trattamento |
|---|---|
|
Sperimentale: Indicazione per un'analisi genomica completa nel probando
|
analisi dell'intero genoma saranno effettuate nei pazienti e nei genitori (padre, madre)
L'analisi dello sperma verrà eseguita su campioni paterni
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Lasso di tempo |
|---|---|
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Proporzione delle mutazioni de novo del paziente rilevabili nello sperma del padre
Lasso di tempo: Giorno 1
|
Giorno 1
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Misure di risultato secondarie
Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Lasso di tempo |
|---|---|
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Numero di pazienti per i quali è stata ottenuta la diagnosi molecolare (identificata la causa della disabilità dello sviluppo) ≥1
Lasso di tempo: Giorno 1
|
Giorno 1
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Sponsor
Investigatori
Investigatori
- Investigatore principale: François LECOQUIERRE, MD, University Hospital, Rouen
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- Lecoquierre F, Drouot N, Coutant S, Quenez O, Fourneaux S, Jumeau F, Rives N, Charbonnier F, Derambure C, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Goldenberg A, Guerrot AM, Charbonnier C, Nicolas G. Parental germline mosaicism in genome-wide phased de novo variants: Recurrence risk assessment and implications for precision genetic counselling. PLoS Genet. 2025 Mar 31;21(3):e1011651. doi: 10.1371/journal.pgen.1011651. eCollection 2025 Mar.
- Lecoquierre F, Quenez O, Fourneaux S, Coutant S, Vezain M, Rolain M, Drouot N, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Dabbagh D, Gilles I, Gayet C, Saugier-Veber P, Goldenberg A, Guerrot AM, Nicolas G. High diagnostic potential of short and long read genome sequencing with transcriptome analysis in exome-negative developmental disorders. Hum Genet. 2023 Jun;142(6):773-783. doi: 10.1007/s00439-023-02553-1. Epub 2023 Apr 19.
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Altri numeri di identificazione dello studio
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- 2019/0401/HP
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