Ryzyko nawrotu mutacji de novo: badanie i kwantyfikacja ojcowskiego mozaicyzmu zarodkowego poprzez łączne wykorzystanie narzędzi genomicznych (RRMUT)
- Włączenie 5 rodzin Włączenia zostaną przeprowadzone przez dział genetyki klinicznej Szpitala Uniwersyteckiego w Rouen (badanie monocentryczne) i będą dotyczyły trójki rodziców + dziecka z niewyjaśnionymi nieprawidłowościami rozwojowymi. Włączenie pacjentów zostanie włączone do rutynowej opieki i przyniesie natychmiastową korzyść włączonym rodzinom obszerną analizę genomów probandu i ich rodziców za pomocą technik sekwencjonowania krótkiego i długiego odczytu, które reprezentują najbardziej wszechstronne testy diagnostyczne dla chorób rozwojowych, i które nie są obecnie rutynowo dostępne. Włączenie do genetyki klinicznej przez klinicystów przyzwyczajonych do przepisywania analiz całego genomu pozwoli rodzinom uzyskać jasne i kompletne informacje. Zbiór zgód. DNA trio będzie już dostępne w laboratorium genetyki molekularnej, aw razie potrzeby można zaproponować nową próbkę krwi. Pobranie nasienia od ojca.
- Identyfikacja dużego zestawu mutacji de novo. Ekstrakcja DNA krwi i przesłanie do sekwencjonowania całego genomu do Narodowego Centrum Badań nad Genomiką Człowieka (CNRGH, Evry) w ramach już rozpoczętej współpracy. Analiza danych sekwencjonowania dzięki istniejącej już wiedzy specjalistycznej w Rouen. Identyfikacja około 40-120 mutacji de novo na trio. Na tym etapie: interpretacja stwierdzonych odmian z drugorzędnym celem identyfikacji przyczyny choroby u dzieci. Długie czytanie genomów pozwoli na stopniowanie wariantów de novo do haplotypu ojcowskiego lub matczynego.
- Szukaj mutacji de novo w próbkach plemników ojcowskich. Ekstrakcja DNA nasienia. Projekt panelu sekwencjonowania ukierunkowanego na zmiany genetyczne zidentyfikowane w różnych triach. Przygotowanie bibliotek ukierunkowane na wysokowydajne sekwencjonowanie na dużych głębokościach dzięki już działającym technikom i sprzętowi. Specyficzne poszukiwanie zmian de novo zidentyfikowanych u probantów (w 2.), przy każdej ocenie (i) obecności zmiany w próbce nasienia, (ii) ilości mozaicyzmu, odzwierciedlającej proporcję plemników nosicieli i stąd ryzyko nawrotu, (iii) obecność mojej zmienności w próbce krwi obojga rodziców w głębokim sekwencjonowaniu.
Przegląd badań
Status
Status
Warunki
Warunki
Interwencja / Leczenie
Interwencja / Leczenie
Typ studiów
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Zapisy
Faza
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: François LECOQUIERRE, MD
- Numer telefonu: 8858 +3323288
- E-mail: francois.lecoquierre@chu-rouen.fr
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Julien BLOT
- Numer telefonu: +3323288
- E-mail: julien.blot@chu-rouen.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Rouen, Francja
- Rouen University Hospital
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Trio składające się z dziecka z zaburzeniem rozwojowym i obojga zdrowych rodziców
- Brak etiologii po ekspertyzie klinicznej i badaniach genetycznych
- Wskazanie analizy sekwencjonowania całego genomu
- Dziecko z ciąży samoistnej bez leczenia stymulacją owulacji
- Dostępność próbek krwi DNA
- Przynależność do ubezpieczenia społecznego
- Pacjent lub jego przedstawiciel prawny, który przeczytał i zrozumiał list informacyjny oraz podpisał formularz zgody
Kryteria wyłączenia:
- Brak wskazań do analizy całego genomu u probanda
- Etiologia zaburzenia rozwojowego już zidentyfikowana
- Proband urodzony po zapłodnieniu in vitro
- Brak możliwości nieinwazyjnego pobrania nasienia od ojca
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Diagnostyczny
- Przydział: Nie dotyczy
- Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Liczba ramion
Broń i interwencje
Grupa uczestników / ArmGrupa uczestników / Arm |
Interwencja / LeczenieInterwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Eksperymentalny: Wskazanie do analizy genomowej u probanda
|
zostaną przeprowadzone analizy całego genomu pacjentów i rodziców (ojciec, matka)
Analiza nasienia zostanie przeprowadzona w próbkach ojcowskich
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Ramy czasowe |
|---|---|
|
Odsetek mutacji de novo pacjenta wykrywalnych w nasieniu ojca
Ramy czasowe: Dzień 1
|
Dzień 1
|
Miary wyników drugorzędnych
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Ramy czasowe |
|---|---|
|
Liczba pacjentów, u których uzyskano diagnostykę molekularną (zidentyfikowano przyczynę niepełnosprawności rozwojowej) ≥1
Ramy czasowe: Dzień 1
|
Dzień 1
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Sponsor
Śledczy
Śledczy
- Główny śledczy: François LECOQUIERRE, MD, University Hospital, Rouen
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Lecoquierre F, Drouot N, Coutant S, Quenez O, Fourneaux S, Jumeau F, Rives N, Charbonnier F, Derambure C, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Goldenberg A, Guerrot AM, Charbonnier C, Nicolas G. Parental germline mosaicism in genome-wide phased de novo variants: Recurrence risk assessment and implications for precision genetic counselling. PLoS Genet. 2025 Mar 31;21(3):e1011651. doi: 10.1371/journal.pgen.1011651. eCollection 2025 Mar.
- Lecoquierre F, Quenez O, Fourneaux S, Coutant S, Vezain M, Rolain M, Drouot N, Boland A, Olaso R, Meyer V, Deleuze JF, Dabbagh D, Gilles I, Gayet C, Saugier-Veber P, Goldenberg A, Guerrot AM, Nicolas G. High diagnostic potential of short and long read genome sequencing with transcriptome analysis in exome-negative developmental disorders. Hum Genet. 2023 Jun;142(6):773-783. doi: 10.1007/s00439-023-02553-1. Epub 2023 Apr 19.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Rozpoczęcie studiów
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Pierwszy wysłany
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia wysłana aktualizacja
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
Inne numery identyfikacyjne badania
- 2019/0401/HP
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .