Diagnostika Přesnost neinvazivního screeningu pomocí PCR Digital na Downův syndrom (DIgiT21)

Kontext

V současné době je každé těhotné ženě navržen neinvazivní screeningový test na trizomii 21 (Downův syndrom). Tento kombinovaný test v prvním trimestru sestává z měření šíjové translucence ultrazvukem, spojeného s odlišným biochemickým stanovením mateřského séra a věkem matky.

Od objevu přítomnosti bezbuněčné fetální DNA v mateřské plazmě bylo zavedeno neinvazivní prenatální testování (NIPT), využívající především přístup masivního paralelního sekvenování (MPS). Chromozomální původ každé sekvenované molekuly plazmové DNA a nadměrné nebo nedostatečné zastoupení jakéhokoli chromozomu lze identifikovat pomocí MPS v mateřské plazmě. Specifičnost a citlivost těchto vysoce výkonných technik jsou vynikající, téměř 100 %. MPS však zůstává časově náročná, velmi drahá (> 1 000 eur na pacienta) a nelze ji používat v klinické praxi ve většině genetických laboratoří po celém světě.

Digitální PCR představuje zajímavou alternativu k MPS díky svému cílenému přístupu, ceně (>10x nižší než MPS), rychlosti a relativní jednoduchosti umožňující klinickou rutinní praxi. Jeho klinický a analytický význam však zůstává v literárních údajích nedostatečně prokázán. Naším hlavním cílem je proto vyhodnotit správnost diagnózy neinvazivního screeningu pomocí PCR digital na Downův syndrom.

Očekávané výsledky Tato studie posoudí senzitivitu, specificitu a poměr pravděpodobnosti s uspokojivou přesností. Posouzena bude také sazba bez volání a bude považována za pozitivní test.

Optimální počet replikátů (vedoucí k míře falešně pozitivních výsledků < 5 %) bude stanoven pomocí ROC křivky. Naše hypotéza je, že senzitivita screeningového testu bude vyšší než 95 % s mírou falešně pozitivních výsledků < 5 %.

Budou-li výsledky průkazné, bude tento pilotní projekt silným argumentem ve prospěch vypracování další rozsáhlé studie. Může zpochybnit současnou screeningovou strategii a umožnit navrhnout levnou, rychlou a dostupnou NIPT trizomii 21 velkému počtu laboratoří na našem území.

Experimentální design Tento přístup vyhodnotíme na kohortě těhotných žen s vysokým rizikem T21 (>1/250), prospektivně rekrutované ze tří krajských nemocnic s cytogenetickou laboratoří. Navrhujeme provést jednoduše zaslepené retrospektivní analýzy bezbuněčné DNA u 100 těhotenství (včetně 70 euploidních a 30 plodů T21). Výsledky získané pomocí dPCR přístupu budou porovnány s předem provedeným fetálním karyotypem. Digitální PCR analýzy budou prováděny ve Fakultní nemocnici Grenoble, náš tým má značné zkušenosti s digitální PCR technologií. Digitální PCR reakce budou prováděny na QuantStudio™ 3D (LifeTechnologies) s komerčními čipy s vysokou hustotou vyleptanými s 20 000 reakčních jamek konzistentní velikosti nanoměřítek. Pro zlepšení analytické citlivosti bude u každého pacienta provedeno 10 replikátů.