Precisione della diagnosi dello screening non invasivo mediante PCR digitale per la sindrome di Down (DIgiT21)

Contesto

Attualmente, il test di screening non invasivo per la trisomia 21 (sindrome di Down) viene proposto a tutte le donne in gravidanza. Questo test combinato del primo trimestre consiste nella misurazione della translucenza nucale ad ultrasuoni, associata a diversi test biochimici del siero materno e all'età materna.

Dalla scoperta della presenza di DNA fetale libero nel plasma materno, è stato introdotto il test prenatale non invasivo (NIPT), utilizzando principalmente un approccio di sequenziamento massivo parallelo (MPS). L'origine cromosomica di ciascuna molecola di DNA plasmatico sequenziato e la sovra o sotto rappresentazione di qualsiasi cromosoma possono essere identificate da MPS nel plasma materno. La specificità e la sensibilità di tali tecniche ad alto rendimento sono eccellenti, vicine al 100%. Tuttavia, MPS rimane dispendioso in termini di tempo, molto costoso (> 1000 euro per paziente) e non può essere utilizzato nella routine clinica nella maggior parte dei laboratori di genetica in tutto il mondo.

La PCR digitale rappresenta un'interessante alternativa alla MPS grazie al suo approccio mirato, al costo (>10 volte inferiore alla MPS), alla velocità e alla relativa semplicità che consentono una pratica clinica di routine. Tuttavia, la sua rilevanza clinica e analitica rimane non sufficientemente dimostrata dai dati di letteratura. Pertanto, il nostro obiettivo principale è valutare l'accuratezza della diagnosi dello screening non invasivo mediante PCR digitale per la sindrome di Down.

Risultati attesi Questo studio valuterà la sensibilità, la specificità e il rapporto di verosimiglianza con un'accuratezza soddisfacente. Anche il tasso di mancata chiamata sarà valutato e considerato un test positivo.

Il numero ottimale di replicati (che porta a un tasso di falsi positivi <5%) sarà determinato utilizzando una curva ROC. La nostra ipotesi è che la sensibilità del test di screening sarà superiore al 95% con un tasso di falsi positivi <5%.

Se i risultati saranno conclusivi, questo progetto pilota costituirà un forte argomento a favore dello sviluppo di un ulteriore studio su larga scala. Può sfidare l'attuale strategia di screening e consentire di proporre un NIPT della trisomia 21 economico, veloce e accessibile a un gran numero di laboratori nel nostro territorio.

Disegno sperimentale Valuteremo questo approccio su una coorte di donne in gravidanza ad alto rischio per T21 (>1/250), reclutate prospetticamente da tre ospedali regionali con un laboratorio di citogenetica. Proponiamo di eseguire analisi retrospettive in singolo cieco del DNA libero cellulare di 100 gravidanze (incluse 70 euploidi e 30 feti T21). I risultati ottenuti con l'approccio dPCR saranno confrontati con il cariotipo fetale precedentemente eseguito. Le analisi della PCR digitale saranno eseguite presso l'Ospedale Universitario di Grenoble, il nostro team ha una significativa esperienza nella tecnologia della PCR digitale. Le reazioni di PCR digitale saranno eseguite su un QuantStudio™ 3D (LifeTechnologies) con i chip commerciali ad alta densità incisi con 20.000 pozzetti di reazione su nanoscala di dimensioni costanti. Per migliorare la sensibilità analitica, verranno eseguiti 10 replicati per ciascun paziente.