Diagnose Nøyaktighet av ikke-invasiv screening ved PCR Digital for Down Syndrom (DIgiT21)

Kontekst

For tiden er ikke-invasiv screeningtest for trisomi 21 (Downs syndrom) foreslått for hver gravid kvinne. Denne kombinerte testen i første trimester består av ultralydmåling av nakkegjennomskinnelighet, assosiert med forskjellig biokjemisk analyse av mors serum og mors alder.

Siden oppdagelsen av tilstedeværelsen av cellefritt føtalt DNA i mors plasma, har ikke-invasiv prenatal testing (NIPT), som hovedsakelig bruker en massiv parallell sekvensering (MPS) tilnærming, blitt introdusert. Den kromosomale opprinnelsen til hvert sekvensert plasma-DNA-molekyl og over- eller underrepresentasjonen av et hvilket som helst kromosom kan identifiseres ved MPS i mors plasma. Spesifisiteten og sensibiliteten til slike høykapasitetsteknikker er utmerket, nær 100 %. Imidlertid er MPS fortsatt tidkrevende, svært kostbart (> 1000 euro per pasient) og kan ikke brukes i klinisk rutine i de fleste genetikklaboratorier over hele verden.

Digital PCR representerer et interessant alternativ til MPS på grunn av dens målrettede tilnærming, kostnad (>10x mindre enn MPS), hastighet og relativ enkelhet som tillater en klinisk rutinepraksis. Imidlertid er dens kliniske og analytiske relevans fortsatt utilstrekkelig demonstrert i litteraturdata. Derfor er vårt hovedmål å evaluere nøyaktigheten av diagnose av ikke-invasiv screening ved digital PCR for Downs syndrom.

Forventede resultater Denne studien vil vurdere sensitivitet, spesifisitet og sannsynlighetsforhold med en tilfredsstillende nøyaktighet. Ingen samtale-satsen vil også bli evaluert og betraktet som en positiv test.

Det optimale antallet replikater (som fører til en falsk positiv rate <5%) vil bli bestemt ved hjelp av en ROC-kurve. Vår hypotese er at sensitiviteten til screeningtesten vil være øvre til 95 % med en falsk positiv rate <5 %.

Hvis resultatene er avgjørende, vil dette pilotprosjektet være et sterkt argument for utviklingen av en ytterligere storskala studie. Det kan utfordre gjeldende screeningsstrategi og tillate å foreslå en rimelig, rask og tilgjengelig NIPT av trisomi 21 til et stort antall laboratorier i vårt territorium.

Eksperimentell design Vi vil evaluere denne tilnærmingen på en gravid kvinnekohort med høy risiko for T21 (>1/250), prospektivt rekruttert fra tre regionale sykehus med et cytogenetisk laboratorium. Vi foreslår å utføre enkeltblinde retrospektive analyser av cellefritt DNA fra 100 graviditeter (inkludert 70 euploide og 30 T21-fostre). Resultater oppnådd med dPCR-tilnærmingen vil bli sammenlignet med fosterkaryotypen som er utført på forhånd. Digitale PCR-analyser vil bli utført ved Grenoble Universitetssykehus, teamet vårt har betydelig erfaring innen digital PCR-teknologi. Digitale PCR-reaksjoner vil bli utført på en QuantStudio™ 3D (LifeTechnologies) med de kommersielle høydensitetsbrikkene etset med 20 000 reaksjonsbrønner i konsekvent størrelse på nanoskala. For å forbedre den analytiske sensitiviteten vil det bli utført 10 replikater for hver pasient.