Molekylær karakterisering af viral-associerede tumorer, tumorer, der forekommer i forbindelse med HIV eller andre immunforstyrrelser og Castlemans sygdom

Baggrund:

• Tilgængeligheden af ​​klinisk kommenterede patientprøver af høj kvalitet er afgørende for undersøgelsen af ​​biologiske faktorer, der påvirker den naturlige historie af virusrelaterede maligniteter, maligniteter, der forekommer i forbindelse med HIV og Castlemans sygdom
• Omfattende genomisk sekvens af viral-associerede maligniteter, maligniteter, der forekommer i forbindelse med HIV, tumorer, der antages at være forårsaget af endogene retrovira, og Castlemans sygdom kan identificere diagnostiske eller prognostiske sygdomssignaturer og tilbagevendende driverændringer, der interagerer med virale faktorer, og kan identificere mål for nye behandlingsformer
• Sammenligning af transkriptomer og genomer mellem kræftformer eller Castlemans sygdom fra HIV+ og HIV-individer kan muligvis identificere nye ikke-menneskelige sekvenser, der potentielt kunne antyde tilstedeværelsen af ​​transkripter fra hidtil uopdagede onkogene virale midler

Objektiv:

-Det primære formål med denne protokol er at støtte molekylær undersøgelse af virale associerede maligniteter, maligniteter, der forekommer i forbindelse med HIV eller andre immundefekter, og Castlemans sygdom, ved opsamling af højkvalitets, klinisk annoteret væv fra sådanne patienter såvel som patienter med tumorer der kan tjene som passende kontroller.

Berettigelse:

• Alder >18 år
• HIV eller anden erhvervet immundefekt og kræft eller
• Viral-associeret kræft eller
• HIV-negativ med kræft, der almindeligvis forekommer hos mennesker med HIV eller
• Kaposi sarcoma herpes virus (KSHV)-associeret malignitet eller relaterede sygdomme, såsom Multicentric Castleman Disease eller
• Idiopatisk Castleman sygdom eller
• Tumorer, der antages at være forårsaget af endogene retrovira

Design:

• Prøver vil blive behandlet ved hjælp af projektspecifikke indsamlings- og behandlingsprotokoller.
• Indsamling af ikke-tumorprøver vil generelt blive udført for at opnå kimlinje genetisk materiale. Resultaterne mellem tumor og normalt DNA vil blive analyseret for at identificere de somatiske ændringer i kræftvævet.
• Ændringer, der skal vurderes, kan omfatte: påvisning af kromosomale ændringer, såsom, men ikke begrænset til, amplifikation, deletioner, tab af heterozygositet, translokationer, etc.; samt ekspressionsprofilering og påvisning af transkripter som følge af translokationer og mutationer, herunder enkeltnukleotidvarianter, insertioner, deletioner mv.
• Flere former for projektspecifikke analyser kan udføres, herunder evaluering af polymorfismer, mutationer, genekspression, kredsløbs- og vævsbaserede biomarkører, hel exome-sekventering og klinisk patologisk korrelation baseret på projektspecifikke statistiske og bioinformatiske planer.
• Ændringer kan også analyseres inden for rammerne af biologiske veje og systembiologi, der evalueres i et givet projekt.