Effet de la prophylaxie antibiotique intrapartum (PAI) sur le développement du microbiote intestinal néonatal. (MICROBIOTA-SO)

A la naissance, le tractus gastro-intestinal (GI) néonatal est rapidement colonisé par des bactéries maternelles et environnementales ; les premiers colonisateurs sont généralement les aérobies et les anaérobies facultatifs, suivis des anaérobies stricts (ex. Bifidobacterium spp., Bacteroides spp. et Clostridium spp.). La composition du microbiote intestinal est influencée par plusieurs facteurs, tels que le mode d'accouchement, l'âge gestationnel, le microbiote maternel intestinal et vaginal, le type d'alimentation, l'hospitalisation après la naissance et l'utilisation d'antibiotiques et de probiotiques.

Le microbiote intestinal des nourrissons nés à terme, nés par voie vaginale et exclusivement allaités, est considéré comme idéalement sain, avec un faible nombre de C. difficile et d'E. coli et un nombre élevé de Bidifobactéries et de Lactobacilles, qui influencent positivement la santé de l'hôte en activant les cellules immunocompétentes dans le tractus gastro-intestinal, favorisant la production d'IgA sécrétoires et augmentant l'activité bactéricide des neutrophiles et l'immunité à médiation cellulaire telle que l'activité des cellules NK.

Le streptocoque du groupe B (SGB) est l'une des principales causes d'infections néonatales et de septicémie. Les nourrissons nés par voie vaginale peuvent contracter le SGB pendant le processus d'accouchement à partir du vagin, du col de l'utérus ou du rectum maternel, où il réside chez environ 10 à 20 % des femmes enceintes. Depuis le milieu des années 90, l'incidence de la septicémie précoce à SGB est considérablement réduite, en raison de l'introduction du dépistage universel du SGB en fin de grossesse et de la prophylaxie antibiotique intrapartum (PAI) chez les femmes positives au SGB.

Des données récentes suggèrent que l'utilisation d'antibiotiques au début de la vie pourrait altérer le microbiote intestinal commensal, altérant ainsi l'équilibre entre la santé et la maladie plus tard dans la vie. L'effet de l'IAP sur la colonisation bactérienne de l'intestin du nourrisson n'a pas été largement étudié. De plus, les données actuellement disponibles sur cette question proviennent en grande partie d'études réalisées à l'aide de techniques basées sur la culture ; cependant, les résultats précis basés sur la culture sont influencés par la sélection du milieu, de la température, de la teneur en oxygène et du temps de croissance appropriés, et pour cette raison, seulement 10 à 50 % de toutes les bactéries intestinales sont facilement cultivées. Des techniques moléculaires, basées sur l'amplification du gène de l'ARN bactérien ribosomal 16S pour différencier les taxons procaryotes, ont été récemment développées pour l'étude du microbiote intestinal, permettant ainsi une caractérisation plus détaillée des communautés bactériennes que la culture standard.

Nous avons précédemment évalué l'effet de l'IAP dans un échantillon relativement petit de nourrissons à terme exclusivement nourris au sein et accouchés par voie vaginale au moyen de techniques moléculaires ; à 7 jours de vie, il y avait plusieurs différences dans la composition du microbiote entre les nourrissons exposés à l'IAP et non exposés.

L'objectif du présent article est donc d'évaluer ces différences plus en détail, en élargissant l'échantillon initial et en suivant les enfants jusqu'à l'âge d'un mois. Les influences du type d'alimentation sur la composition du microbiote sont également explorées.

Les nourrissons nés à terme en bonne santé, nés par voie vaginale, avec un poids à la naissance adéquat pour l'âge gestationnel, et dont les mères avaient été dépistées pour le SGB à 35-37 semaines de gestation, sont inclus dans l'étude.

Les bébés sont exclus si :

• prématuré ou petit/grand pour l'âge gestationnel
• né par césarienne
• la mère a reçu un antibiotique dans les 4 semaines précédant l'accouchement ;
• La PIA maternelle est effectuée pour des raisons autres que la positivité du SGB (c.-à-d. rupture prolongée des membranes chez les femmes GBS-négatives);
• la PAI maternelle est inadéquate ;
• la PIA maternelle est réalisée avec des antibiotiques autres que l'ampicilline, comme l'érythromycine ;
• le nourrisson a des malformations congénitales majeures ;
• le nourrisson développe des signes d'infection et/ou a reçu un traitement antibiotique après la naissance ;
• le nourrisson présente des conditions cliniques graves qui contre-indiquent sa participation à l'étude.

Les nourrissons sont répartis en deux groupes selon le statut GBS maternel et IAP :

• Groupe IAP : nourrissons nés de mères GBS positives qui ont reçu une IAP adéquate. Selon le protocole de traitement institutionnel pour la prophylaxie du SGB (dérivé des directives du CDC), l'ampicilline iv est administrée toutes les 4 heures jusqu'à l'accouchement (première dose 2 g, doses suivantes 1 g chacune). L'IAP est considérée comme adéquate si la mère a reçu au moins deux doses d'ampicilline avant l'accouchement.
• Groupe témoin : nourrissons nés de mères GBS négatives, qui ne reçoivent aucun traitement antibiotique avant/à l'accouchement.

Le consentement éclairé écrit est obtenu du parent/tuteur légal de chaque nourrisson lorsque le nourrisson est sur le point de sortir de la pouponnière (48 à 72 heures de vie). Les caractéristiques des patients, y compris l'âge gestationnel, le poids à la naissance, le sexe et le score d'Apgar à 1' et 5' après la naissance, sont résumées dans un formulaire de rapport de cas spécifique.

Deux échantillons fécaux de chaque nourrisson sont prélevés lors des visites de suivi à 7 et 30 jours de vie. À chaque visite, des informations sur le gain de poids, les conditions cliniques, l'alimentation et les traitements en cours (c. utilisation de prébiotiques, probiotiques, antibiotiques), sont recueillies auprès des parents des nourrissons.

Après la collecte, les échantillons fécaux sont placés dans des récipients en plastique stériles numérotés à bouchon vissé et immédiatement congelés à -80 ° C, jusqu'à ce qu'ils soient traités pour l'extraction de l'ADN bactérien.

Les analyses microbiologiques sont effectuées au Département des sciences agricoles de l'Université de Bologne. Les enquêteurs qui effectuent les analyses sont aveugles à l'identité de groupe des nourrissons (IAP ou groupe témoin).

Deux cents milligrammes de matières fécales sont utilisés pour l'extraction de l'ADN bactérien à l'aide du kit QIAamp DNA Stool Mini (QIAGEN, West Sussex, Royaume-Uni). L'ADN extrait est stocké à -80 °C. La pureté et la concentration de l'ADN extrait sont déterminées en mesurant le rapport de l'absorbance à 260 et 280 nm (Infinite® 200 PRO NanoQuant, Tecan, Mannedorf, Suisse).

La quantification de groupes microbiens sélectionnés (Lactobacillus spp., Bifidobacterium spp., Bacteroides fragilis) est réalisée par PCR en temps réel. Les données obtenues à partir de l'amplification sont transformées pour obtenir le nombre de cellules bactériennes par gramme de fèces, exprimé en log unité formant colonie (UFC)/g.

Les données obtenues sont analysées à l'aide d'IBM SPSS Statistic version 20.0.0 (IBM Corporation, IBM Corporation Armonk, New York, États-Unis). Les caractéristiques de base des groupes IAP et témoin sont comparées à l'aide du test U de Mann-Whitney pour échantillons indépendants pour les variables continues et du test du chi carré pour les variables catégorielles. L'influence de l'IAP sur le nombre de bactéries fécales à 7 et 30 jours de vie est évaluée à l'aide du test U de Mann-Whitney pour échantillons indépendants. Une analyse de régression multiple hiérarchique est effectuée afin d'estimer l'effet de l'IAP sur le nombre de bactéries fécales après avoir contrôlé le type d'alimentation du nourrisson (codée comme une variable catégorielle binaire : allaitement exclusif par rapport à toute formule d'alimentation). Une valeur p