Étude COVID-19 sur la génétique épithéliale nasale et l'ARN unicellulaire (CIPOLLINI)

Raisonnement:

La pandémie mondiale paralysante actuellement en cours avec le nouveau virus SRAS-CoV2 montre le besoin désespéré et urgent de mieux comprendre les voies biologiques activées par le virus induisant la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) chez les patients infectés. Un sous-ensemble de patients COVID-19 développe des symptômes respiratoires très graves nécessitant une hospitalisation avec ou sans ventilation mécanique, tandis que d'autres présentent des symptômes pseudo-grippaux légers. Les mécanismes biologiques sous-jacents à cette différence frappante dans les résultats cliniques et les conséquences à long terme sont inconnus, mais un facteur génétique semble probable. Le SRAS-CoV2 pénètre dans les cellules via le récepteur ACE2 et la protéase activatrice TMPRSS2 qui se sont récemment révélées fortement enrichies en épithélium nasal. Les enquêteurs émettent l'hypothèse que la génétique et la réponse épithéliale nasale au SRAS-CoV2 sont des déterminants essentiels de la réponse immunitaire à l'infection virale et prédisent les résultats cliniques chez les patients COVID-19.

Objectif:

L'objectif principal est d'évaluer si le fond génétique et/ou l'expression des gènes épithéliaux nasaux en réponse au SRAS-CoV2 sont différents chez les patients atteints d'une maladie légère, grave ou très grave. L'objectif secondaire de cette étude est d'étudier a) le rôle du système ACE2-AngII pendant le SRAS-CoV2 par rapport au résultat b) les conséquences à long terme d'une infection COVID-19 légère, grave et très grave c) l'association entre COVID-19 léger, sévère et très sévère avec des marqueurs cliniques et moléculaires de la progression de la maladie d) si le profil du microbiome, du virome ou de la métabolomique des fèces prédit le résultat clinique chez les patients COVID-19 et e) pour rechercher si des anticorps préexistants contre d'autres coronavirus jouent un rôle dans le développement de maladies graves.

Étudier le design:

Étude observationnelle clinique prospective en ouvert. Dans cette étude, des échantillons seront prélevés sur 150 patients atteints de COVID-19 (50 légers (groupe 1), 50 graves (groupe 2) et 50 très graves (groupe 3)). Le sang, les brossettes nasales et les selles seront prélevés pour tous les groupes à l'admission à l'hôpital et 3 mois après la guérison, et pour les groupes 2 et 3 au jour 3, au jour 14 et avant la détubation. Les sujets d'étude seront répartis rétrospectivement dans les groupes.

Population étudiée :

Un total de 150 patients diagnostiqués avec COVID-19 seront inclus. Les investigateurs visent 50 patients par groupe, répartis en 3 groupes :

Groupe 1 Patients atteints d'une maladie bénigne qui ont été testés positifs pour l'infection par le SRAS-CoV2, mais qui ne présentent que des symptômes légers et n'ont pas besoin d'être hospitalisés.

Groupe 2 Patients atteints d'une maladie grave admis à l'hôpital, sans qu'il soit nécessaire d'être admis aux soins intensifs.

Groupe 3 Patients atteints d'une maladie très grave admis en soins intensifs, qui nécessitent une ventilation mécanique.

Principaux paramètres/critères de l'étude :

Le critère d'évaluation principal de cette étude est l'identification des gènes, des voies et des populations cellulaires qui s'associent aux résultats cliniques et à la progression de la maladie chez les patients COVID-19 légers, graves et très graves.