Badanie genetyczne nabłonka nosa i RNA pojedynczej komórki COVID-19 (CIPOLLINI)

Racjonalne uzasadnienie:

Trwająca obecnie wyniszczająca świat pandemia nowego wirusa SARS-CoV2 pokazuje desperacką i pilną potrzebę lepszego zrozumienia ścieżek biologicznych aktywowanych przez wirusa wywołującego chorobę koronawirusową 2019 (COVID-19) u zakażonych pacjentów. U części pacjentów z COVID-19 rozwijają się bardzo ciężkie objawy ze strony układu oddechowego wymagające hospitalizacji z wentylacją mechaniczną lub bez niej, podczas gdy u innych występują łagodne objawy grypopodobne. Mechanizmy biologiczne leżące u podstaw tej uderzającej różnicy w wynikach klinicznych i długoterminowych konsekwencjach są nieznane, jednak czynnik genetyczny wydaje się prawdopodobny. SARS-CoV2 wnika do komórek przez receptor ACE2 i aktywującą proteazę TMPRSS2, które, jak ostatnio wykazano, są silnie wzbogacone w nabłonek nosa. Badacze stawiają hipotezę, że genetyka i odpowiedź nabłonka nosa na SARS-CoV2 są kluczowymi determinantami odpowiedzi immunologicznej na infekcję wirusową i pozwalają przewidzieć wynik kliniczny u pacjentów z COVID-19.

Cel:

Głównym celem jest ocena, czy podłoże genetyczne i/lub ekspresja genów nabłonka nosa w odpowiedzi na SARS-CoV2 jest inna u pacjentów z łagodną, ​​ciężką lub bardzo ciężką postacią choroby. Drugorzędnym celem tego badania jest zbadanie a) roli układu ACE2-AngII podczas SARS-CoV2 w odniesieniu do wyniku b) długoterminowych konsekwencji łagodnej, ciężkiej i bardzo ciężkiej infekcji COVID-19 c) związku między łagodnym, ciężkim i bardzo ciężkim COVID-19 z klinicznymi i molekularnymi markerami postępu choroby d) czy profil mikrobiomu, wiromu lub metabolomiki kału pozwala przewidzieć wynik kliniczny u pacjentów z COVID-19 oraz e) zbadanie, czy istniejące wcześniej przeciwciała przeciwko innym koronawirusom odgrywają rolę w rozwoju ciężkiej choroby.

Projekt badania:

Prospektywne, otwarte, kliniczne badanie obserwacyjne. W tym badaniu zostaną pobrane próbki od 150 pacjentów z COVID-19 (50 łagodnych (grupa 1), 50 ciężkich (grupa 2) i 50 bardzo ciężkich (grupa 3)). Krew, szczoteczki do nosa i stolec będą pobierane dla wszystkich grup przy przyjęciu do szpitala i 3 miesiące po wyzdrowieniu, a dla grup 2 i 3 w dniu 3, w dniu 14 i przed detubacją. Przedmioty studiów zostaną retrospektywnie przydzielone do grup.

Badana populacja:

Uwzględnionych zostanie łącznie 150 pacjentów, u których zdiagnozowano COVID-19. Badacze dążą do 50 pacjentów w grupie, podzielonych na 3 grupy:

Grupa 1 Pacjenci z łagodną postacią choroby, u których uzyskano pozytywny wynik testu na zakażenie SARS-CoV2, ale doświadczają jedynie łagodnych objawów i nie wymagają hospitalizacji.

Grupa 2 Chorzy z ciężkim przebiegiem choroby przyjmowani do szpitala bez konieczności przyjęcia na oddział intensywnej terapii.

Grupa 3 Chorzy z bardzo ciężkim przebiegiem choroby przyjmowani na oddział intensywnej terapii, wymagający wentylacji mechanicznej.

Główne parametry badania/punkty końcowe:

Pierwszorzędowym punktem końcowym tego badania jest identyfikacja genów, szlaków i populacji komórek, które wiążą się z wynikami klinicznymi i postępem choroby u pacjentów z łagodnym, ciężkim i bardzo ciężkim COVID-19.