Genomszekvenálás az intenzív osztályon (PISCES)

Ez egy megfigyeléses vizsgálat annak megértésére, hogy a teljes genom szekvenálás (WGS) alkalmazása növeli-e a diagnózis felállításának sebességét, és hogyan változik a klinikai kezelés az újszülöttek intenzív terápiás populációjában. Ez a projekt jóváhagyott genomszekvenálási módszereket használ a CLIA-tanúsítvánnyal rendelkező létesítményekben.

1. Azok az újszülöttek, akik alkalmasak a vizsgálatra, és akiknek a szülei beleegyeznek a vizsgálatba, vérmintát vesznek, amelyet WGS- és bioinformatikai elemzésre küldenek, először 1722 olyan génből álló célzott panellel szűrve, amelyek a legnagyobb valószínűséggel okoznak genetikai rendellenességeket az első életévben, majd ezt követően. egy teljes exome szűrővel, ha nem állapítanak meg nyilvánvaló diagnózist az 1722-es génpanel szűrővel. A tesztelést CLIA-tanúsítvánnyal rendelkező laboratóriumban végzik. A patogén, valószínűsíthetően patogén és a gyermek klinikai jellemzőihez kapcsolódó génekben bizonytalan jelentőségű variánsok a genetikai tanácsadás keretein belül visszakerülnek a gondozói csoporthoz és a szülőkhöz, hogy felhasználják a kezeléssel kapcsolatos klinikai döntéshozatalban. Az újszülöttek EMR-éhez jelentést adnak. A beleegyezés magában foglalja a kórházi kezelés pénzügyi nyilvántartásához való hozzáférést, a költségek és a tartózkodás hosszának összehasonlítását a megfelelő kontrollokkal.
2. Az azonosított újszülöttek szüleitől, akik beleegyeznek a vizsgálatba a trio elemzés céljából, mintákat gyűjtenek, amelyeket a gyermekkel egyidejűleg analízisnek vetnek alá, hogy segítsenek a genomiális szekvenálás során a variánsok patogenitásának meghatározásában. Az ACMG 59 később fellépő, orvosilag hatásos gének patogén és valószínűsíthetően patogén másodlagos leleteit CSAK akkor jelentik a szülőknek a genetikai tanácsadás keretein belül, ha a szülők beleegyeznek ezeknek az eredményeknek a megismerésébe, ÉS azonosítják őket a gyermekben.
3. A részt vevő újszülöttek testvéreitől, ha szükséges az újszülött genetikai vizsgálatának értelmezéséhez, mintákat gyűjtenek a genetikai elemzéshez. A gyermekkori rendellenességek patogén és valószínű patogén eredményeiről a genetikai tanácsadás keretein belül beszámolunk a szülőknek.
4. A korábbi kontrollokat azonosítják és a vizsgálat résztvevőihez illesztik. A történeti kontrollok közé tartoznak az intenzív osztályon lévő csecsemők, akiknek genetikai konzultációt rendeltek el az első felvételük során az előző 24 hónap során. A vizsgálatban részt vevők és az egyező kontrollok közötti egyeztetés Hajlampontszámok segítségével történik. Logisztikai regressziós modellt illesztünk a kombinált kezelési és kontrollcsoportokra, majd a legközelebbi szomszéd illesztést használjuk az illesztett párok létrehozásához. Az egyeztetés segít csökkenteni a torzítást és növelni a valódi hatások észleléséhez szükséges teljesítményt. Ezeket az ellenőrzéseket csak a fiskális és a tartózkodás időtartamára vonatkozó elemzésekhez használják; ezen a kohorszon nem végeznek genetikai vizsgálatot.