- ICH GCP
- US Clinical Trials Registry
- Klinisk forsøg NCT04848090
Genomsekventering i intensivafdelingens befolkning (PISCES)
Studieoversigt
Status
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Dette er et observationsstudie for at forstå, om brugen af hele genomsekventering (WGS) øger hastigheden til diagnosticering, og hvordan den kliniske behandling ændres i en intensiv plejepopulation af nyfødte. Dette projekt anvender godkendte genomsekventeringsmetoder på CLIA-certificerede faciliteter.
- Nyfødte forsøgspersoner, som er berettigede, og hvis forældre giver samtykke til undersøgelsen, vil gennemgå en blodprøve, som vil blive sendt til WGS og bioinformatikanalyse, filtrering først med et målrettet panel af 1722 gener, der mest sandsynligt vil forårsage genetiske lidelser i det første leveår, og derefter med et helt exome-filter, hvis der ikke bestemmes en åbenlys diagnose ved hjælp af 1722-genpanelfilteret. Testning udføres i et CLIA-certificeret laboratorium. Patogene, sandsynligt-patogene og varianter af usikker betydning i gener relateret til barnets kliniske træk vil blive returneret til plejeteamet og til forældrene i rammerne af genetisk rådgivning til brug i klinisk beslutningstagning om ledelse. En rapport er tilføjet til nyfødte EMR. Samtykke vil omfatte tilladelse til at få adgang til økonomiske optegnelser over hospitalsindlæggelsen, til at sammenligne omkostninger og varighed af ophold med matchede kontroller.
- Forældre til identificerede nyfødte, der giver samtykke til undersøgelsen med henblik på trioanalyse, vil få indsamlet prøver, som vil gennemgå samtidig analyse med barnet for at hjælpe med at bestemme patogeniciteten af varianter i genomisk sekventering. Patogene og sandsynligt-patogene sekundære fund i ACMG 59 senere medicinske virkningsfulde gener vil KUN blive rapporteret til forældrene i forbindelse med genetisk rådgivning, hvis forældrene vælger at lære disse resultater, OG de er identificeret i barnet.
- Søskende til deltagende nyfødte vil, hvis det er nødvendigt til fortolkning af den nyfødtes genetiske undersøgelser, få indsamlet prøver til brug i den genetiske analyse. Patogene og sandsynligt patogene resultater i børnesygdomme vil blive rapporteret til forældrene i forbindelse med genetisk rådgivning.
- Historiske kontroller vil blive identificeret og matchet med deltagerne i undersøgelsen. Historiske kontroller vil omfatte spædbørn på intensivafdelingen, som har bestilt en genetisk konsultation under deres første indlæggelse i løbet af de foregående 24 måneder. Matching mellem forsøgsdeltagere og matchede kontroller vil blive udført ved hjælp af Propensity Scores. Vi vil tilpasse en logistisk regressionsmodel til de kombinerede behandlings- og kontrolgrupper og vil derefter bruge den nærmeste nabo-matchning til at skabe matchede par. Matchningen vil hjælpe med at reducere bias og øge kraften til at opdage sande effekter. Disse kontroller vil kun blive brugt til analyser af skatte- og opholdstid; ingen genetisk testning vil blive udført på denne kohorte.
Undersøgelsestype
Tilmelding (Anslået)
Fase
- Ikke anvendelig
Kontakter og lokationer
Studiesteder
-
-
Pennsylvania
-
Pittsburgh, Pennsylvania, Forenede Stater, 15224
- UPMC Children's Hospital of Pittsburgh
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
Nyfødte: For at blive kontaktet for at deltage, skal en nyfødt opfylde alle følgende kriterier:
- Større end 24 ugers svangerskabsalder
- Fødselsvægt større end 600 gram
- Indlagt på intensivafdelingen på UPMC Children's Hospital (CHP) og/eller Magee Women's Hospital
- Mulighed for en genetisk lidelse baseret på tegn, symptomer og laboratorieværdier, der udløser en formel klinisk medicinsk genetikkonsultation af det kliniske plejeteam.
- Triageret af PI eller deltagende co-investigators og prioriteret til introduktion af denne forskningsundersøgelse baseret på patientspecifikke kliniske bekymringer
- Dokumenteret informeret samtykke fra forælder/værge
- Forældre: Forælder til en nyfødt, der opfylder ovenstående inklusionskriterier, og som har fået samtykke til at deltage i undersøgelsen.
- Søskende: Søskende til en nyfødt, som opfylder ovenstående inklusionskriterier, og som har fået samtykke til at deltage i undersøgelsen. Søskende vil kun blive rekrutteret, hvis det er fastslået, at deres deltagelse er afgørende for den nøjagtige fortolkning af den nyfødtes genetiske undersøgelser.
- Historiske kontroller: Personer, der er blevet evalueret af Medical Genetics inden for de sidste 24 måneder, og som opfylder kriterierne for matchede kontroller som defineret ved matchning af tilbøjelighedsscore.
Ekskluderingskriterier:
Nyfødte: En person, der opfylder et af følgende kriterier, vil blive udelukket fra at deltage i denne undersøgelse:
- Har en kendt ætiologisk diagnose (f. prænatal test)
- Har en større medfødt anomali (nyre-, hjerte-, lever-, neurologiske eller pulmonale misdannelser) forbundet med en kromosomal anomali påvist ved prænatal testning (f. ultralyd, genetisk test)
- Sekventering sendt efter fødslen af enhver anden grund end den genetiske konsultation, der udløser undersøgelsen
- Tilstedeværelse af dokumenteret signifikant medfødt infektion (f. medfødt cytomegalovirus)
Forældre:
- Er ikke den biologiske forælder til den identificerede nyfødte
- Der er ingen udelukkelse for forældredeltagelse. Hvis forælderen er under 18 år, vil disse personer dog blive bedt om at give sit samtykke til undersøgelsen, og deres forælder(e) vil blive bedt om at give tilladelse/samtykke til den mindreårige forælders deltagelse
- At have gennemgået en tidligere genetisk test udelukker ikke forælderen fra at deltage i denne undersøgelse.
Søskende:
- Er ikke en biologisk søskende til en nyfødt, der opfylder inklusionskriterierne
- Er ikke påkrævet for nøjagtig fortolkning af nyfødtes resultater
- At have haft tidligere genetisk test udelukker ikke søskende fra at deltage i denne undersøgelse.
- Historisk kontrol: Er ikke blevet set inden for de seneste 24 måneder og/eller opfylder ikke kriterierne for matchet kontrol som defineret ved matchning af tilbøjelighedsscore. En del af denne matchning kræver, at den historiske kontrol matches til en undersøgelsesdeltager baseret på alder, så de vil blive udvalgt ud fra alle matchningskriterier og vil blive udelukket, hvis de ikke opfylder kriterierne, inklusive alder.
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Primært formål: Diagnostisk
- Tildeling: N/A
- Interventionel model: Enkelt gruppeopgave
- Maskning: Ingen (Åben etiket)
Våben og indgreb
Deltagergruppe / Arm |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Andet: Nyfødt WGS-test
Nyfødte forsøgspersoner, der er berettigede, og hvis forældre giver samtykke til at studere, vil gennemgå blodprøver, som vil blive sendt til hele genomsekventering og bioinformatikanalyse, idet der først filtreres et målrettet panel af 1722 gener, der sandsynligvis vil forårsage genetiske lidelser i det første leveår, og derefter med et helt exome-filter, hvis der ikke bestemmes en åbenlys diagnose ved hjælp af 1722-genpanelfilteret.
|
Nyfødte vil gennemgå hele genomsekventering og analyse med et målrettet panel af gener, der sandsynligvis vil forårsage genetiske lidelser i det første leveår. Hvis ingen diagnose er identificeret, vil sekvenserede data blive analyseret ved hjælp af et helt exome-filter. Udført i et CLIA-certificeret laboratorium. Patogene, sandsynligvis patogene og VUS i gener relateret til fænotypen vil blive returneret til plejeteamet og familien. Forældre vil blive tilmeldt med henblik på trioanalyse med barnet for at hjælpe med at bestemme patogeniciteten af varianter i genomisk sekventering. Patogene og sandsynligt patogene fund vil blive rapporteret til forældrene i forbindelse med genetisk rådgivning. Søskende vil blive tilmeldt og få indsamlet prøver til brug i den genetiske analyse, hvis det anses for nødvendigt. Resultater vil blive rapporteret til forældrene i forbindelse med genetisk rådgivning. |
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Bekræftet diagnose
Tidsramme: Op til 4 år
|
Kategorisk J/N bekræftet diagnose hos den nyfødte deltager påvist med WGS, sammenlignet med resultater fra standardbehandling (SOC) eller som set i den historiske kontrol (HC)
|
Op til 4 år
|
|
Diagnostisk rate
Tidsramme: Op til 4 år
|
Diagnostisk frekvens med analyse via WGS, det 1722 neonatale specifikke genfilter, vs hele exome-filter
|
Op til 4 år
|
|
Tid til diagnose
Tidsramme: Op til 4 år
|
Tid til diagnose i dage med WGS sammenlignet med SOC-test eller HC
|
Op til 4 år
|
|
Klinisk nytte af WGS
Tidsramme: Op til 4 år
|
Klinisk anvendelighed af WGS (f.eks.
ændringer i plejeledelsen) sammenlignet med SOC eller HC.
Klinisk nytte vurderes af en læge involveret i tilfælde efter returnering af resultater ved hjælp af en Likert-skala (1 - Slet ikke nyttig, 2 - Ikke meget nyttig, 3 - Neutral, 4 - Nyttig, 5 - Meget nyttig)
|
Op til 4 år
|
|
Evaluering af plejeomkostninger
Tidsramme: Op til 4 år
|
Samlede plejeomkostninger i dollars hos dem, der modtager WGS sammenlignet med HC
|
Op til 4 år
|
|
Opholdsvarighed
Tidsramme: Op til 4 år
|
Samlet længde af hospitalsophold i dage hos dem, der modtager WGS sammenlignet med HC
|
Op til 4 år
|
|
Behov for medicinsk udnyttelse
Tidsramme: Op til 4 år
|
Antallet af større medicinske procedurer, billeddiagnostiske undersøgelser eller konsulentydelser, der møder patienter, der modtager WGS sammenlignet med dem i HC
|
Op til 4 år
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Gerard Vockley, MD, PhD, University of Pittsburgh
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Primær færdiggørelse (Anslået)
Studieafslutning (Anslået)
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- STUDY19050319
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
produkt fremstillet i og eksporteret fra U.S.A.
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Nyfødt WGS-test
-
Erasme University HospitalCHU LYONAfsluttet
-
Nantes University HospitalAfsluttetDifferentieret skjoldbruskkirtelkræft | Skjoldbruskkirtelkræft, ikke-medullærFrankrig
-
John SappNova Scotia Health Authority; Rochester Institute of TechnologyRekrutteringMyokardieinfarkt | Ventrikulær takykardiCanada
-
Baylor College of MedicineRekrutteringNeuroudviklingsforstyrrelser | Fødselsdefekt | Multipel medfødt anomaliForenede Stater
-
University Hospital TuebingenAfsluttetSjældne sygdomme | Genetisk dispositionTyskland
-
Samsung Medical CenterRekrutteringBrystkræft | HjernemetastaseKorea, Republikken
-
Universiteit AntwerpenAurum Institute; University of Stellenbosch; University of the Free State; Free...RekrutteringLægemiddelresistent tuberkulose | Rifampicin-resistent tuberkulose | Lungetuberkuloser | Multiresistent tuberkuloseSydafrika
-
IRCCS Eugenio MedeaAfsluttet
-
Institut National de la Santé Et de la Recherche...Hospices Civils de Lyon; Central Hospital, Nancy, France; Rennes University... og andre samarbejdspartnereRekrutteringDiabetes mellitusFrankrig
-
University of Texas Southwestern Medical CenterTrukket tilbageMuskelinvasiv blærekræft