Profilowanie pacjentów onkologicznych w ramach opieki klinicznej i badań (PROSPER)

PROSPER to projekt pilotażowy, który oceni możliwość zintegrowania wyników badań genomicznych z opieką nad pacjentem i badaniami.

Wszyscy pacjenci otrzymają zgodę na udział w badaniu. Zaangażowanie będzie całkowicie dobrowolne. Pacjentki z nowotworami ginekologicznymi lub pacjentki potencjalnie kwalifikujące się do badania I fazy, które otrzymują opiekę onkologiczną w ramach onkologii medycznej w Szpitalu Miejskim w Auckland, zostaną poproszone o rozważenie udziału w tym badaniu. Wszyscy pacjenci, którzy ukończyli 18 lat i potencjalnie kwalifikują się do dalszej terapii (standardowej lub w ramach badania klinicznego) będą brani pod uwagę.

Pacjenci, którzy wyrażą zgodę na udział w badaniu PROSPER, dostarczą zarchiwizowane próbki guza (guz pierwotny i/lub przerzut; blok guza lub 15-20 niebarwionych preparatów zatopionych w parafinie [minimum 15 niebarwionych preparatów, jeśli blok nie jest dostępny] plus jeden preparat barwiony H&E). Profilowanie molekularne zostanie przeprowadzone na Uniwersytecie w Auckland z wykorzystaniem lokalnej wiedzy specjalistycznej. Zastosowane zostanie podejście polegające na sekwencjonowaniu DNA z wychwytem hybrydyzacyjnym, uzyskując pokrycie 500x-1000x panelu 578 genów nowotworowych. Podejście to zostało niedawno zastosowane do pomyślnej analizy ponad 40 sparowanych tkanek nowotworowych i prawidłowych FFPE przez laboratorium Prof. Cristin Print na Uniwersytecie w Auckland (kompleksowy panel NimbleGen dotyczący raka). Tkanka guza, która pozostanie po profilowaniu molekularnym, zostanie zbankowana (za zgodą pacjentów) i może zostać poddana dodatkowej analizie sekwencjonowania genomu (np. sekwencjonowanie całego genomu), analiza ekspresji RNA (Affymetrix Primeview), analiza ekspresji białek (np. Western blot, IHC) i/lub analiza liczby kopii DNA (np. macierz CGH, ilościowy PCR, FISH) w oparciu o dostępne zasoby. Tylko zatwierdzone wyniki tych analiz będą przekazywane lekarzom prowadzącym i udostępniane w dokumentacji pacjentów.

Pacjenci muszą wyrazić zgodę na dostarczenie krwi pełnej do biobankowania. Zapewni to źródło normalnego DNA do różnicowania konstytucyjnych i somatycznych (nowotworowych) zmian molekularnych. Próbki krwi zostaną również wykorzystane do wykrycia krążącego DNA nowotworu, aby ocenić to jako alternatywę dla świeżych biopsji.

W przypadku dokumentacji nawrotu choroby pacjenci zostaną poproszeni (jeśli to możliwe) o dostarczenie biopsji guza i próbki krwi do dalszego profilowania. Ponieważ biopsje stają się coraz powszechniejszym wymogiem w badaniach klinicznych, decydującymi elementami sukcesu są gotowość pacjentów, bezpieczeństwo zabiegu i pozyskiwanie użytecznych tkanek. Wykazano, że biopsje badawcze u pacjentek z surowiczym rakiem jajnika o wysokim stopniu złośliwości są bezpieczne i wykonalne. W ramach tego projektu badacze zbiorą ctDNA (krążące DNA guza) wraz z biopsjami guza, aby umożliwić korelację i walidację roli ctDNA jako nieinwazyjnej alternatywy dla biopsji. Powiązanie podstawowych profili ekspresji z wynikami leczenia każdego pacjenta pomoże zoptymalizować terapię lekową poprzez usprawnienie selekcji i monitorowania pacjentów. Projekt ten będzie opierał się na inicjatywach związanych z genomiką osocza, które są już realizowane w przypadku raka piersi, jelita grubego i neuroendokrynnego.

Wszelkie decyzje dotyczące celowości biopsji i miejsca pobrania próbki będą podejmowane według uznania klinicysty, który jest odpowiedzialny za podstawową opiekę nad uczestnikami. Pacjentowi zostaną w pełni wyjaśnione możliwe zagrożenia i korzyści związane z uzyskaniem dodatkowych świeżych próbek guza w momencie nawrotu choroby lub pojawienia się lekooporności. Zgoda na wykonanie biopsji w celu pobrania świeżego guza będzie całkowicie dobrowolna i nie wpłynie na możliwość udziału pacjenta w badaniu PROSPER lub w powiązanym badaniu klinicznym. Uczestnicy będą mogli odmówić biopsji na dowolnym etapie, nawet jeśli wcześniej wyrazili na to zgodę. Biopsje w przypadku nawrotu można wykonać chirurgicznie lub radiologicznie, w zależności od wykonalności i innych interwencji podejmowanych w ramach standardowej opieki. Niewielka część tych pacjentów z izolowanym nawrotem może zostać poddana operacji iw tym scenariuszu próbki zostaną pobrane w tym czasie. Jeśli biopsje mają być wykonane radiologicznie, zostaną pobrane co najmniej trzy biopsje rdzenia guza o grubości 14-16.

PROSPER oceni znaczenie kliniczne i wykonalność programu profilowania. Miary korzyści będą obejmować odsetek pacjentów leczonych w ramach badania klinicznego; liczba pacjentów otrzymujących terapię celowaną opartą na aberracjach molekularnych; oraz integracja informacji molekularnych w praktyce. Badanie ma na celu profilowanie 50-100 pacjentów w pierwszym roku. W szpitalu w Auckland rocznie leczonych jest 150 nowych pacjentek z rakiem jajnika, szyjki macicy lub endometrium. Dodatkowo co roku leczonych jest 100-150 pacjentów z nawrotem choroby. Tworzy to dużą populację, która będzie kwalifikować się do tego projektu.

Powstanie bezpieczna baza danych PROSPER do rejestracji danych klinicznych pacjentów. Przez cały czas trwania badania procesy zarządzania danymi będą przestrzegane zgodnie z lokalnymi SOP, aby zmaksymalizować jakość i bezpieczeństwo danych.

Rejestr będzie chroniony hasłem i dostępny tylko dla zarejestrowanych użytkowników. Lekarze kierujący pacjentów do rejestracji w systemie PROSPER będą mogli przeglądać wyniki każdego pacjenta w rozpoznawalnym formacie do wykorzystania przy podejmowaniu decyzji klinicznych. Inni zarejestrowani lekarze będą mogli zobaczyć wszystkie inne dane pacjentów w sposób uniemożliwiający identyfikację, umożliwiając im przeglądanie szczegółów klinicznych i wyników testów podobnych pacjentów. Jeśli w ramach badania dane pacjentów zostaną przesłane za granicę, zostaną przesłane tylko dane pozbawione elementów umożliwiających identyfikację.

Zostaną podjęte odpowiednie kroki w celu ochrony informacji zdrowotnych przed utratą, nieautoryzowanym dostępem, wykorzystaniem, modyfikacją lub ujawnieniem lub innym niewłaściwym wykorzystaniem. W celu pobrania tkanki informacje o pacjencie zostaną pozbawione elementów umożliwiających identyfikację, a każdemu uczestnikowi zostanie przypisany nowy unikalny identyfikator alfanumeryczny dla wszystkich próbek tkanek. Identyfikacja osób będzie możliwa wyłącznie poprzez odniesienie do głównego indeksu, który będzie przechowywany w formie papierowej w zamkniętym pliku w bezpiecznym miejscu oraz w chronionej hasłem zaszyfrowanej bazie danych. Jeśli tkanka lub wyizolowane produkty molekularne są wysyłane za granicę w celu przeprowadzenia specjalistycznych badań naukowych, dostarczony zostanie tylko anonimowy identyfikator badania.

Dane kliniczne będą gromadzone przez głównego badacza, kierownika projektu, lokalnego kierownika klinicznego lub innego pracownika służby zdrowia za zgodą lokalnego kierownika klinicznego, z dokumentacji medycznej pacjentów do chronionej hasłem centralnej bazy danych znajdującej się na bezpiecznym serwerze za odpowiedzialność Uniwersytetu z Auckland. Wszystkie dane zostaną pozbawione elementów umożliwiających identyfikację w momencie pobrania z bazy danych przed jakąkolwiek analizą.

Żadne bezpośrednio identyfikowalne informacje nie będą zawarte w publikacjach powstałych w wyniku tego badania, ani numery NHI, daty urodzenia lub nazwiska dawców nie będą udostępniane współpracownikom, z wyjątkiem współpracowników zaangażowanych w opiekę nad pacjentem.

Klinicyści zajmujący się opieką nad pacjentem będą mieli dostęp do wyników profilowania, jeśli pacjenci wyrazili na to zgodę.