Genetyczne predyspozycje do ciężkich postaci COVID-19 (zakażenie SARS-CoV2) (COVIDGEN)

Głównym celem tej części projektu jest identyfikacja genetycznych czynników germinalnych różnicujących łagodną i ciężką postać zakażenia SARS-CoV2 (CoVID-19) w kontekście trwającej epidemii SARS-CoV2 (HCOVID-19). Argumenty naukowe projektu opisano w ZAŁĄCZNIKU. Stawiamy hipotezę, że warianty patogenne w genach kodujących kluczowe czynniki zaangażowane w interakcję PATHOGENU Gospodarza mogą wyjaśniać podatność niektórych pacjentów na ciężką chorobę, nawet przy braku chorób współistniejących. Wyzwaniem jest zidentyfikowanie tych czynników genetycznych, które mogą być związane z niewydolnością oddechową i potencjalnie dalszą śmiercią. Opierając się na naszych wcześniejszych doświadczeniach z sarkoidozą, wieloczynnikową chorobą predysponującą do infekcji oportunistycznych, skupimy się w szczególności na regulacji apoptozy i autofagii, odpowiedzi immunologicznej na infekcję wirusową oraz odpowiedzi na stres retikulum endoplazmatycznego (ER STRESS), która jest ściśle związana z apoptozą. Defekty genetyczne w takich szlakach mogą zmniejszać klirens cząstek wirusowych i indukują postępującą inwazję SARS-CoV2 i niszczenie miąższu płuc. Nasza strategia będzie podobna do tej opisanej w naszych poprzednich badaniach nad sarkoidozą, niedawno opublikowanych. Połączymy porównawczą analizę genotypów metodą WHOLE EXOME SEQUENCING (WES) łagodnych i ciężkich postaci zakażenia SARS-CoV2 poprzez podgrupy kliniczne zdefiniowane przez ekspertów chorób zakaźnych oraz analizę bioinformatyczną sieci funkcjonalnych zidentyfikowanych przez panel genów wspólnych wariantów patogennych i rozróżniania ciężkich postaci chorób. Dane WES zostaną dokładnie przeanalizowane i powiązane ze wszystkimi wewnątrzkomórkowymi procesami fizjologicznymi, a także szlakami funkcjonalnymi zaangażowanymi w interakcję gospodarz-patogen: cele wirusowe na powierzchni komórki i dalsze przekazywanie sygnałów, replikacja i translacja wirusowego genomowego RNA, produkcja i uwalnianie nowych cząstek wirusowych . Wreszcie, naszymi głównymi celami są zdefiniowanie panelu genów bardziej szczegółowo związanego z ciężkimi postaciami infekcji oraz charakterystyka wadliwych szlaków zaangażowanych w pejoratywne formy choroby SARS-COv2 w celu zidentyfikowania domniemanych celów terapeutycznych.