Genetisk disposition for alvorlige former for COVID-19 (SARS-CoV2-infektion) (COVIDGEN)

Hovedformålet med denne del af projektet er at identificere de genetiske faktorer, der skelner mellem de godartede og alvorlige former for SARS-CoV2 (CoVID-19) infektion i forbindelse med den igangværende SARS-CoV2 (HCOVID-19) epidemi. De videnskabelige argumenter for projektet er beskrevet i BILAG. Vi antager, at patogene varianter i gener, der koder for afgørende faktorer involveret i HOST PATHOGEN-interaktionen, kan forklare nogle patienters modtagelighed for alvorlig sygdom, selv i fravær af komorbiditeter. Udfordringen er at identificere de af de genetiske faktorer, der kan være relateret til åndedrætsbesvær og potentielt yderligere død. Baseret på vores tidligere erfaring med sarkoidose, en multifaktoriel sygdom, der er disponeret for opportunistiske infektioner, vil vi især fokusere på reguleringen af ​​apoptose og autofagi, immunrespons på virusinfektion og endoplasmatisk reticulum stressrespons (ER STRESS), som er tæt forbundet med apoptose. Genetiske defekter i sådanne veje kan reducere clearance af virale partikler og inducere den progressive invasion af SARS-CoV2 og ødelæggelse af lungeparenkym. Vores strategi vil ligne den, der er beskrevet i vores tidligere undersøgelser af sarkoidose, som for nylig blev offentliggjort. Vi vil kombinere en komparativ genotypeanalyse ved HEL EXOME SEQUENCING (WES) af godartede og alvorlige former for SARS-CoV2-infektion gennem kliniske undergrupper defineret af eksperter i infektionssygdomme og en bioinformatikanalyse af de funktionelle netværk identificeret af panelet af gener, der deler patogene varianter og skelne mellem de alvorlige former for sygdommene. WES-data vil blive omhyggeligt analyseret og relateret til alle de intracellulære fysiologiske processer og også de funktionelle veje involveret i vært-patogen-interaktion: virale mål på celleoverfladen og nedstrøms signalering, viral genomisk RNA-replikation og translation, produktion og frigivelse af nye virale partikler . Endelig er vores hovedformål definitionen af ​​et genpanel, der er mere specifikt relateret til alvorlige former for infektion og karakteriseringen af ​​defekte veje involveret i pejorative former for SARS-COv2-sygdom for at identificere formodede terapeutiske mål.