Methylace LRP1 a rakovina tlustého střeva

Kolorektální karcinom (CRC) je hlavním problémem veřejného zdraví ve Francii a na celém světě. CRC je ve Francii třetí nejčastější rakovinou v incidenci a mortalitě. Velká většina těchto rakovin jsou adenokarcinomy, které vznikají sporadicky a vyvíjejí se z prekurzorových lézí: adenomu. Všechny CRC se stejným stádiem onemocnění nemají stejnou prognózu. Byly identifikovány různé parametry jako faktory ovlivňující prognózu a umožňují úpravu léčby. Špatnými histoprognostickými faktory jsou invaze cév a nervů nádorem nebo subtypem mucinózního adenokarcinomu. Na molekulární úrovni přítomnost mikrosatelitní nestability (MSI) zlepšuje prognózu, zatímco přítomnost mutace BRAF je nezávislým špatným prognostickým faktorem.

Různé molekulární dráhy karcinogeneze tlustého střeva jsou dráha chromozomální nestability, dráha mikrosatelitní nestability vyvolávající chyby při opravě nesprávného párování DNA a CpG Island Methylator Phenotype (CIMP). Hypermethylace CpG ostrůvků genových promotorů vede k nadměrné nebo nejčastěji nedostatečné genové expresi. CIMP je pozorován u téměř 15 % CRC a je spojen se specifickými klinickými a patologickými rysy: starší pacienti, převaha žen, postižení pravého tlustého střeva, špatně diferencované nebo mucinózní adenokarcinomy. Z molekulárního hlediska je fenotyp vysokého CIMP silně spojen s přítomností mutace BRAFV600E, nepřítomností mutace RAS a přítomností nestability mikrosatelitů. Prognostická hodnota CIMP je ve skutečnosti kontroverzní. Nedávná metaanalýza zjistila, že fenotyp CIMP byl spojen se špatnou prognózou. Methylace některých promotorů genů jako CDKN2A je spojena se špatnou prognózou.

LRP-1 (low density lipoprotein receptor-related protein 1) je multifunkční endocytární receptor, který patří do rodiny LDL receptorů. Zprostředkovává clearance mnoha extracelulárních enzymů zapojených do šíření rakovinných buněk: metaloproteináz a serinových proteináz. Snížení aktivity LRP-1 nebo ztráta exprese LRP-1 koreluje se zvýšenou agresivitou rakovinných buněk u určitých typů rakoviny. Exprese LRP-1 nebyla u CRC téměř nikdy studována. Dosud byla publikována pouze jedna imunohistochemická studie exprese proteinu LRP-1 u adenokarcinomu tlustého střeva. Tato studie ukazuje, že nádorové buňky exprimují LRP-1, ale v téměř polovině případů méně než u normálních buněk koliky. Mechanismy podílející se na snížení exprese nejsou známy.

Epigenetický mechanismus může být zapojen jako hypermethylace promotoru genu LRP-1, zejména proto, že promotor tohoto genu je bohatý na CpG ostrůvky (methylační cíle).

Klinický dopad úrovně exprese LRP-1 na celkové přežití pacientů s rakovinou byl hodnocen ve dvou studiích: jedna na pacientech trpících hepatocelulárním karcinomem a jedna na pacientech trpících primitivními plicními adenokarcinomy. V obou studiích pokles imunohistochemické a genové exprese LRP-1 koreloval s celkovým poklesem přežití. Klinický a prognostický dopad exprese LRP-1 u CRC a jeho asociace s konkrétním molekulárním nebo morfologickým profilem nebyl dosud studován.

V této práci budou výzkumníci studovat methylační vzor promotoru genu LRP-1 v dobře charakterizované sérii CRC.

Hlavním cílem této studie je studovat pomocí metylační analýzy roli metylace genu promotoru LRP-1 v prognóze CRC.

Sekundárním cílem této studie je vyhodnotit prognostický dopad CIMP.

Tato studie bude první, která prozkoumá metylaci promotoru genu LRP-1 v CRC. Tato studie pomůže rozšířit znalosti o prognostické roli metylace promotoru genu LRP-1 u CRC a její možné souvislosti s klinickými, morfologickými nebo molekulárními parametry.

Tato studie je retrospektivní kohortovou studií jednoho centra.

Vyšetřovatelé nejprve navrhnou seznam všech způsobilých pacientů pomocí žádanky v softwaru DIAMIC patologického oddělení s kódem komponenty „colon“, kódem poškození „adenokarcinom“ a obdobím „mezi lety 2006 a 2012“. Pacienti trpící Lynchovým syndromem nebo jiným familiárním rakovinovým syndromem budou ze studie vyloučeni. Všem vybraným pacientům bude zaslán informovaný souhlas.

Jakmile bude seznam pacientů dokončen:

• Ve zdravotních záznamech pacientů budou přezkoumány: sociodemografické a klinické údaje lokalizace nádoru tlustého střeva, stadium TNM, stav MSI, RAS a BRAF, přítomnost synchronních metastáz, typ a trvání léčby, sledování pacienta do 1. 6. 2016 bod (výskyt metastáz, recidiva onemocnění, úmrtí pacienta, ...).
• Centrální přehled všech patologických preparátů bude proveden pro tato kritéria: subtyp adenokarcinomu podle klasifikace WHO 2010, diferenciace, asociace s polypy a jejich typy, stadium pTNM, fronta invaze a pučení, typ stromatu, přítomnost a množství nekrózy tumoru).

• Methylační analýza:

  • Analýza methylace promotoru genu LRP1 pyrosekvenováním.
  • Stanovení stavu CIMP pomocí analýzy tání s vysokým rozlišením promotorů genů MLH1, MINT1, MINT2, MINT31 a CDKN2A.

Statistická analýza:

• Popis dat: průměr a standardní odchylka pro kvantitativní proměnné; počet a procento pro kategorické proměnné.
• Porovnání nádorů s vysokou metylací promotoru genu LRP-1 a nádorů s nízkou nebo nízkou metylací promotoru genu LRP-1 pomocí jednorozměrné analýzy (Studentův test a Wilcoxonův test, Chi2 nebo Fisherův exaktní) a vícerozměrné (logistická regrese) .
• Vyhledejte faktory spojené s výsledky pacientů, včetně metylace promotoru LRP1 a stavu CIMP, pomocí jednorozměrné analýzy (log-rank test) a vícerozměrné (Coxův model).