Metylacja LRP1 i rak okrężnicy

Rak jelita grubego (CRC) jest poważnym problemem zdrowia publicznego we Francji i na świecie. CRC jest trzecim najczęstszym rakiem pod względem zachorowalności i śmiertelności we Francji. Zdecydowana większość tych nowotworów to gruczolakoraki, które pojawiają się sporadycznie i rozwijają się ze zmian prekursorowych: gruczolaka. Wszystkie CRC z tym samym stadium choroby nie mają takiego samego rokowania. Zidentyfikowano różne parametry jako czynniki wpływające na rokowanie i umożliwiające dostosowanie leczenia. Złymi czynnikami histoprognostycznymi są zajęcie naczyń i nerwów przez guz lub podtyp gruczolakoraka śluzowego. Na poziomie molekularnym obecność niestabilności mikrosatelitarnej (MSI) poprawia rokowanie, natomiast obecność mutacji BRAF jest niezależnym złym czynnikiem rokowniczym.

Różne szlaki molekularne karcynogenezy okrężnicy to szlak niestabilności chromosomalnej, szlak niestabilności mikrosatelitarnej wywołujący błędy w naprawie niedopasowania DNA i fenotyp CpG Island Methylator (CIMP). Hipermetylacja wysp CpG promotorów genów prowadzi do nadmiernej lub najczęściej niedostatecznej ekspresji genów. CIMP obserwuje się w blisko 15% CRC i wiąże się z określonymi cechami klinicznymi i patologicznymi: starszymi pacjentami, przewagą kobiet, zajęciem prawej okrężnicy, słabo zróżnicowanymi lub śluzowymi gruczolakorakami. Z molekularnego punktu widzenia wysoki fenotyp CIMP jest silnie związany z obecnością mutacji BRAFV600E, brakiem mutacji RAS oraz obecnością niestabilności mikrosatelitarnej. Wartość prognostyczna CIMP jest właściwie kontrowersyjna. Niedawna metaanaliza wykazała, że ​​fenotyp CIMP był związany ze złym rokowaniem. Metylacja niektórych promotorów genów jako CDKN2A wiąże się ze złym rokowaniem.

LRP-1 (białko 1 związane z receptorem lipoprotein o niskiej gęstości) jest wielofunkcyjnym receptorem endocytarnym należącym do rodziny receptorów LDL. Pośredniczy w usuwaniu wielu zewnątrzkomórkowych enzymów zaangażowanych w rozprzestrzenianie się komórek nowotworowych: metaloproteinaz i proteinaz serynowych. Spadek aktywności LRP-1 lub utrata ekspresji LRP-1 koreluje ze zwiększoną agresywnością komórek nowotworowych w niektórych typach nowotworów. Ekspresja LRP-1 prawie nigdy nie była badana w CRC. Do tej pory opublikowano tylko jedno badanie immunohistochemiczne ekspresji białka LRP-1 w gruczolakoraku okrężnicy. To badanie pokazuje, że komórki nowotworowe wyrażają LRP-1, ale w prawie połowie przypadków słabiej niż w normalnych komórkach kolkowych. Mechanizmy zaangażowane w zmniejszenie ekspresji nie są znane.

Mechanizm epigenetyczny może być zaangażowany jako hipermetylacja promotora genu LRP-1, zwłaszcza że promotor tego genu jest bogaty w wyspy CpG (cele metylacji).

Kliniczny wpływ poziomu ekspresji LRP-1 na całkowite przeżycie chorych na raka oceniono w dwóch badaniach: jednym na pacjentach z rakiem wątrobowokomórkowym i drugim na pacjentach z pierwotnymi gruczolakorakami płuc. W obu badaniach spadek ekspresji immunohistochemicznej i genowej LRP-1 korelował ze spadkiem przeżycia całkowitego. Do tej pory nie badano klinicznego i prognostycznego wpływu ekspresji LRP-1 w CRC i jej związku z określonym profilem molekularnym lub morfologicznym.

W tej pracy badacze będą badać wzorzec metylacji promotora genu LRP-1 w dobrze scharakteryzowanej serii CRC.

Głównym celem tego badania jest zbadanie za pomocą analizy metylacji roli metylacji genu promotora LRP-1 w rokowaniu CRC.

Drugim celem tego badania jest ocena prognostycznego wpływu CIMP.

To badanie będzie pierwszym, które zbada metylację promotora genu LRP-1 w CRC. Badanie to przyczyni się do poszerzenia wiedzy na temat prognostycznej roli metylacji promotora genu LRP-1 w CRC i jej możliwego związku z parametrami klinicznymi, morfologicznymi lub molekularnymi.

To badanie jest jednoośrodkowym retrospektywnym badaniem kohortowym.

Badacze najpierw opracują listę wszystkich kwalifikujących się pacjentów, korzystając z zapytania w oprogramowaniu DIAMIC oddziału patologii z kodem składnika „okrężnica”, kodem uszkodzenia „gruczolakorak” i okresem „między 2006 a 2012”. Pacjenci cierpiący na zespół Lyncha lub inny rodzinny zespół nowotworowy zostaną wykluczeni z badania. Świadoma zgoda zostanie wysłana do wszystkich wybranych pacjentów.

Po uzupełnieniu listy pacjentów:

• Dokumentacja medyczna pacjentów zostanie przeanalizowana pod kątem: danych socjodemograficznych i klinicznych lokalizacji guza okrężnicy, stopnia zaawansowania TNM, statusu MSI, RAS i BRAF, obecności przerzutów synchronicznych, rodzaju i czasu leczenia, obserwacji pacjenta do dnia 01.06.2016 r. punkt (pojawienie się przerzutów, nawrót choroby, śmierć pacjenta, ...).
• Centralny przegląd wszystkich preparatów patologicznych zostanie przeprowadzony pod kątem następujących kryteriów: podtyp gruczolakoraka zgodnie z klasyfikacją WHO 2010, różnicowanie, związek z polipami i ich typami, stadium pTNM, przód inwazji i pączkowanie, rodzaj zrębu, obecność i ilość martwicy nowotworu).

• Analiza metylacji:

  • Analiza metylacji promotora genu LRP1 metodą pirosekwencjonowania.
  • Określenie statusu CIMP za pomocą analizy High Resolution Melting promotorów genów MLH1, MINT1, MINT2, MINT31 i CDKN2A.

Analiza statystyczna:

• Opis danych: średnia i odchylenie standardowe dla zmiennych ilościowych; liczba i procent dla zmiennych kategorialnych.
• Porównanie guzów z wysoką metylacją promotora genu LRP-1 i guzów z brakiem lub niewielką metylacją promotora genu LRP-1 za pomocą analizy jednoczynnikowej (test Studenta i test Wilcoxona, dokładny Chi2 lub Fishera) i wieloczynnikowej (regresja logistyczna) .
• Wyszukaj czynniki związane z wynikami pacjentów, w tym metylację promotora LRP1 i status CIMP, za pomocą analizy jednoczynnikowej (test log-rank) i wieloczynnikowej (model Coxa).