Méthylation de LRP1 et cancer du côlon

Le cancer colorectal (CCR) est un problème majeur de santé publique en France et dans le monde. Le CCR est le troisième cancer le plus fréquent en incidence et en mortalité en France. La grande majorité de ces cancers sont des adénocarcinomes qui surviennent sporadiquement et se développent à partir de lésions précurseurs : l'adénome. Tous les CCR avec le même stade de la maladie n'ont pas le même pronostic. Différents paramètres ont été identifiés comme facteurs influençant le pronostic et permettant d'ajuster le traitement. Les facteurs de mauvais pronostic histopronostique sont l'envahissement des vaisseaux et des nerfs par la tumeur ou le sous-type adénocarcinome mucineux. Au niveau moléculaire, la présence d'une instabilité microsatellite (MSI) améliore le pronostic, tandis que la présence d'une mutation BRAF est un facteur indépendant de mauvais pronostic.

Les différentes voies moléculaires de la cancérogenèse colique sont la voie de l'instabilité chromosomique, la voie de l'instabilité des microsatellites induisant des erreurs dans la réparation des mésappariements de l'ADN et le phénotype CpG Island Methylator (CIMP). L'hyperméthylation des îlots CpG des promoteurs de gènes conduit à une sur ou le plus souvent sous expression des gènes. Le CIMP est observé dans près de 15 % des CCR et est associé à des caractéristiques cliniques et pathologiques spécifiques : patients âgés, prédominance féminine, atteinte colique droite, adénocarcinomes peu différenciés ou mucineux. D'un point de vue moléculaire, le phénotype CIMP élevé est fortement associé à la présence de la mutation BRAFV600E, à l'absence de mutation RAS et à la présence d'instabilité des microsatellites. La valeur pronostique du CIMP est en fait controversée. Une méta-analyse récente a révélé que le phénotype CIMP était associé à un mauvais pronostic. La méthylation de certains promoteurs de gènes comme CDKN2A est associée à un mauvais pronostic.

LRP-1 (Low Density Lipoprotein Receptor-related Protein 1) est un récepteur endocytaire multifonctionnel qui appartient à la famille des récepteurs LDL. Il intervient dans la clairance de nombreuses enzymes extracellulaires impliquées dans la propagation des cellules cancéreuses : les métalloprotéinases et les sérine protéinases. La diminution de l'activité de LRP-1 ou la perte d'expression de LRP-1 est corrélée à une agressivité accrue des cellules cancéreuses dans certains types de cancer. L'expression de LRP-1 n'a presque jamais été étudiée dans le CCR. Une seule étude immunohistochimique de l'expression de la protéine LRP-1 dans l'adénocarcinome colique a été publiée à ce jour. Cette étude montre que les cellules tumorales expriment LRP-1, mais dans près de la moitié des cas, plus faiblement que dans les cellules coliques normales. Les mécanismes impliqués dans la diminution de l'expression ne sont pas connus.

Un mécanisme épigénétique pourrait être impliqué comme l'hyperméthylation du promoteur du gène LRP-1, d'autant plus que le promoteur de ce gène est riche en îlots CpG (cibles de méthylation).

L'impact clinique du niveau d'expression de LRP-1 sur la survie globale des patients cancéreux a été évalué dans deux études : l'une sur des patients atteints de carcinome hépatocellulaire et l'autre sur des patients atteints d'adénocarcinomes pulmonaires primitifs. Dans les deux études, la diminution de l'expression immunohistochimique et génique de LRP-1 était corrélée à la diminution de la survie globale. L'impact clinique et pronostique de l'expression de LRP-1 dans le CCR et son association avec un profil moléculaire ou morphologique particulier n'a pas été étudié à ce jour.

Dans ce travail, les chercheurs étudieront le schéma de méthylation du promoteur du gène LRP-1 dans une série bien caractérisée de CRC.

L'objectif principal de cette étude est d'étudier par analyse de méthylation le rôle de la méthylation du gène promoteur LRP-1 dans le pronostic du CCR.

L'objectif secondaire de cette étude est d'évaluer l'impact pronostique du CIMP.

Cette étude sera la première à explorer la méthylation du promoteur du gène LRP-1 dans le CCR. Cette étude contribuera à accroître les connaissances sur le rôle pronostique de la méthylation du promoteur du gène LRP-1 dans le CCR et son association possible avec des paramètres cliniques, morphologiques ou moléculaires.

Cette étude est une étude de cohorte rétrospective monocentrique.

Les enquêteurs vont d'abord concevoir la liste de tous les patients éligibles en utilisant une requête dans le logiciel DIAMIC du service de pathologie avec le code composant "côlon", le code dommage "adénocarcinome" et la période "entre 2006 et 2012". Les patients souffrant du syndrome de Lynch ou d'un autre syndrome de cancer familial seront exclus de l'étude. Un consentement éclairé sera envoyé à tous les patients sélectionnés.

Une fois la liste des patients complétée :

• Les dossiers médicaux des patients seront examinés pour : données sociodémographiques et cliniques localisation de la tumeur colique, stade TNM, statut MSI, RAS et BRAF, présence de métastases synchrones, type et durée de traitement, suivi des patients jusqu'à la date du 01/06/2016 point (apparition de métastases, récidive de la maladie, décès du patient, ...).
• Une revue centrale de toutes les lames pathologiques sera réalisée pour ces critères : sous-type d'adénocarcinome selon la classification OMS 2010, différenciation, association avec les polypes et leurs types, stade pTNM, front d'invasion et bourgeonnement, type de stroma, présence et quantité de nécrose tumorale).

• Analyse de méthylation :

  • Analyse de la méthylation du promoteur du gène LRP1 par pyroséquençage.
  • Détermination du statut CIMP par analyse de fusion à haute résolution des promoteurs des gènes MLH1, MINT1, MINT2, MINT31 et CDKN2A.

Analyses statistiques:

• Description des données : moyenne et écart-type pour les variables quantitatives ; nombre et pourcentage pour les variables catégorielles.
• Comparaison des tumeurs ayant une forte méthylation du promoteur du gène LRP-1 et des tumeurs avec pas ou peu de méthylation du promoteur du gène LRP-1 par analyse univariée (test de Student et test de Wilcoxon, Chi2 ou Fisher exact) et multivariée (régression logistique) .
• Rechercher les facteurs associés aux résultats des patients, notamment la méthylation du promoteur LRP1 et le statut CIMP, par analyse univariée (test du log-rank) et multivariée (modèle de Cox).