PWAS hätätilanteessa hengitysteiden tartuntataudissa
tiistai 9. toukokuuta 2023 päivittänyt: Prof. Timothy Hudson RAINER, The University of Hong Kong
Emergency PanorOmic Wide Association Study in Respiratory Infectious Disease (ePWAS-RID)
Kehitetään hätätilanteessa PanorOmics Wide Association Study (ePWAS) tunnettujen ja uusien infektiotautien varhaista, nopeaa biologista ja patofysiologista karakterisointia varten aikuispotilailla, jotka hakeutuvat ensiapuosastolle epäiltyjen, akuutin, yhteisössä hankitun hengitystieinfektion (scaRID) vuoksi.
Vaihe 1
- Kehitä ED-ID-biopankki (nimeltään ePWAS-RID). Vaihe 2
- Kohdennettu tutkimus uusien diagnostisten, ennusteiden ja terapioiden löytämiseksi
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Johdanto
Pandemiavalmius
COVID-19-pandemia on vaikuttanut yli 220 miljoonaan ihmiseen, vaatinut yli 450 000 ihmishenkeä ja vaatinut vaihtelevia reaktioita eri puolilla maailmaa. Viivästykset uusien ja tunnettujen tartuntatautien (ID) tarttuvuutta, kliinistä luonnetta, tuloksia ja kuolleisuutta koskevan laadukkaan kliinisen ja tieteellisen materiaalin hankinnassa johtavat terveydenhuollon tehottomuuteen, yhteiskunnalliseen ja taloudelliseen stressiin sekä lisääntyneeseen sairastumiseen ja kuolleisuuteen. Alueet, jotka ovat menestyneet paremmin taistelussa COVID-19:ää vastaan, olivat hyvin valmistautuneita ennen pandemiaa.
Taudinaiheuttajat
Todennäköisimmin vuotuisia epidemioita ja pandemioita aiheuttavat taudinaiheuttajat ovat hengitystievirukset. Aasiassa virusinfektiot muodostavat 30–40 % sepsistapauksista. Joka vuosi todetaan 100 miljoonaa virusperäistä yhteisöstä hankittua keuhkokuumetta (CAP), joista 60 % etenee sepsikseksi. Nämä virukset aiheuttavat isäntävälitteisiä tulehduksellisia immuunivasteita, jotka etenevät kolmen vaiheen läpi: alustavasti säädelty tulehdus; keskitasoinen säätelemätön proinflammaatio; ja myöhään säätelemätön hypoinflammaatio.
Kliininen spektri
RID on heterogeeninen potilaspopulaatio. Tämä monimutkainen heterogeenisyyden kirjo ulottuu koko taustalla olevaan molekyylibiologiaan ja patofysiologiaan genomista ilmiöön. Se sisältää merkittävän yksilöllisen vaihtelun säädellyissä ja epäsäännöllisissä systeemisissä tulehduksellisissa isäntävasteissa infektiolle, kun elimen toimintahäiriö on läsnä tai poissa. Kriittinen sairaus mistä tahansa ID:stä sisältää sekä isännän herkkyyden taudinaiheuttajalle että isännän taipumuksen kehittää säätelemätöntä tulehdusta ja elinten vajaatoimintaa (esim. keuhkotulehdus ja/tai akuutti munuaisvaurio).
PanorOmicsin laajuiset assosiaatiotutkimukset
COVID-19-pandemiaa edeltäneiden viiden vuoden aikana Yhdistyneen kuningaskunnan Genetics Of Mortality In Critical Care (GenOMICC) -tutkimukseen värvättiin potilaita, joilla oli kirjo kriittisten sairauksien oireyhtymiä (esim. influenssa, sepsis ja uudet infektiot) ymmärtääksemme paremmin isäntämekanismeja, jotka johtavat hengenvaarallisiin lopputuloksiin. Tämän seurauksena GenOMICC-tutkijat yhdessä espanjalaisten ja italialaisten yhteistyökumppaneiden kanssa pystyivät tekemään genomiassosiaatiotutkimuksia kriittisesti sairailla COVID-19-potilailla ja antamaan suosituksia tulevia tutkimuksia varten.
Integroidulla panorOmics-lähestymistavalla on potentiaalia paljastaa kausaalisia assosiaatioita ja yhteyksiä isäntäbiologian koko kirjossa, mukaan lukien genomiikka, epigenomiikka, transkriptomiikka, proteomiikka, metabolomiikka ja lipidomiikka, kliiniseen fenotyyppiin asti. Panoromiikka tieteenalana kohtaa kuitenkin samat haasteet kuin genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS), vain enemmän. Vaikka GWAS korreloi genomisen lokuksia monimutkaisten allekirjoitusten ja ominaisuuksien kanssa, väärät positiiviset tulokset, kytkentäepätasapaino ja korkeat kustannukset estävät tehokkaan havaitsemisen. Todelliset syy-vaihtelut ja todelliset taustalla olevat assosiaatiot vaativat useita suodattimia, jos ne halutaan havaita.
Tutkijat ehdottavat, että kehitetään ED-pohjainen järjestelmä dynaamisille tutkimuksille potilailta ID:n varhaisessa vaiheessa otetuille veri- ja sylkinäytteille. Varhaisvaiheella tarkoitetaan prosessia potilasreitillä, joka edeltää useimpia potilaiden rekrytointia muissa tutkimuksissa eli osastoilla tai teho-osastolla. Kaksi ensisijaista tavoitetta ovat a) ED-ID-biopankin kehittäminen; ja b) suorittaa alustava löytö ja kohdennettu tutkimus uusien diagnostisten, ennusteiden ja terapeuttisten menetelmien löytämiseksi.
Tutkijat määrittelevät RID:n varhaiset multiOmics-allekirjoitukset ja tunnistavat suhteet tunnettuun ja uuteen ID:hen. Vain vähän tutkimuksia on julkaistu COVID-19:n integroidusta panoromicista, ja vain harvat, jos ollenkaan, käsittelevät sairauden alkuvaiheita tai erottavia piirteitä muihin hengitystiesairauksiin verrattuna.
Mitkä panorOmic allekirjoitukset erottavat pienen riskin suuresta riskistä 30 päivän WHO:n kliinisen etenemisasteikon (WHO-CPS) sairauksien kerrostetussa, tapauskontrollissa verrattaessa aikuispotilaita, joilla on scaRID-potilaat, jotka käyvät hoidossa?
Tässä tutkimuksessa scaRID määritellään seuraavasti:
- kuume tai yli 37,5 °C lämpötila; JA
Yksi tai useampi asiaankuuluva oire:
- hengitystieoireet (esim. yskä, hengenahdistus), TAI
- systeemiset oireet (esim. vilunväristykset, jäykistykset, lihaskipu), TAI
- maha-suolikanavan oireet (esim. pahoinvointi, oksentelu, ripuli); JA
- Ei ilmeistä vaihtoehtoista syytä (katso poissulkemiskriteerit).
PanorOmic-assosiaatiot johdetaan nestemäisistä biopsianäytteistä, mukaan lukien kokoveri, plasma, seerumi, valkosolupelletti, punasolujen poisto, syljen supernatantti ja sylkisolut. Nestemäisiä biopsian biomarkkereita ovat genominen, transkriptominen, proteominen, metabolominen, lipidominen ja hematologinen sisältö.
Hypoteesi Tutkijat olettavat, että taipumusta vastaavilla aikuisilla potilailla, joilla on patogeenispesifinen ja sairausspesifinen RID (esim. SARS-CoV-2, influenssa A) on merkittäviä eroja panoromic-signatuureissa, jotka kuvaavat isännän herkkyyttä ja isännän vastetta lievästä vaikeaan sairauteen.
Tavoitteet
Tämän ehdotuksen tarkoituksena on kehittää hätäpankki PanorOmics Wide Association Study (ePWAS) -biopankki scaRIDin varhaiseen, nopeaan biologiseen ja patofysiologiseen karakterisointiin. Tarkemmin sanottuna aikuispotilailla, joilla on ED-potilaita, joilla on scaRID ja 10 päivän sisällä oireiden alkamisesta, pyrimme:
- ED-ePWAS-RID-biopankin kehittäminen veri- ja sylkinäytteistä
- Käyttää tätä tietopankkia tutkivaan ja kohdennettuun tutkimukseen diagnostisten ja prognostisten merkkiaineiden etsimisessä ja taudin taustalla olevien mekanismien ymmärtämisessä
Biopankin ja ePWAS-RID-arkiston tavoitteet ovat:
- kehittää infrastruktuuria kestävälle ED-pohjaiselle veri- ja sylkinäytteiden biopankille, joka vastaa kliinisiä fenotyyppejä ja kriittisiä tuloksia.
- kehittää arkiston kansainvälisten standardien mukaisesti minimoiden heterogeenisyyttä ja soveltuvan materiaalin kansainvälisiin tutkimuspuitteihin, joilla pyritään helpottamaan ihmisen biologisten materiaalien saatavuutta.
- valmistelemaan arkiston uusien diagnostisten, prognostisten ja terapeuttisten markkerien alustavaa löytämistä varten.
- helpottaa kohdennettua tutkimusta hengitystieinfektioiden patogeneesistä, isännän herkkyydestä ja isännän vasteesta.
- johtaa biomarkkerialustoja koulutussarjamalleille varhaiseen RID:n havaitsemiseen, patogeenien erilaistumiseen, seurantaan, riskien kerrostumiseen ja ennustamiseen; ja validoida nämä mallit käyttämällä riippumattomia ja ulkoisia tietojoukkoja.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Odotettu)
2000
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Timothy H Rainer, MD
- Puhelinnumero: +852 39176846
- Sähköposti: thrainer@hku.hk
Opiskelupaikat
-
-
-
Hong Kong, Kiina
- Rekrytointi
- Hong Kong University
-
Ottaa yhteyttä:
- Timothy H Rainer, MD
- Puhelinnumero: 852 39176846
- Sähköposti: thrainer@hku.hk
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
18 vuotta - 100 vuotta (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Epäilty, akuutti, yhteisöstä hankittu, hengitystie-, tartuntatauti, joka saapuu ensiapuun ja oireet alkavat alle 8 päivää ja raportoitu kuume tai vilunväristykset tai kuulon lämpötila >37,5 °C
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Ilmoittautumiseen oikeutettuja potilaita ovat:
Viitaten aikaisempiin osallistumiskriteereihin ovat:
- Aikuiset ≥ 18-vuotiaat; JA
- Epäilty, akuutti, yhteisön hankittu, hengitystie-, tartuntatauti (scaRID)*; JA
- Tietoinen suostumus.
Huomautus: scaRID määritellään KAIKKIEN kolmen kriteerin mukaan:
- Yhteisö hankittu (ei sairaalahoidossa alle 28 päivää); JA
- Akuutti infektio (määritelty oireiden alkamiseksi < 8 päivää ja mikä tahansa ilmoitetuista kuumeesta tai vilunväristyksistä tai kuulon lämpötilasta > 37,5 °C tai hypotermiasta tai leukosytoosista tai leukopeniasta tai uudesta muuttuneesta mielentilasta); JA
Todennäköinen hengitystieinfektio - jonkin seuraavista:
- uusi yskä tai uusi ysköseritys tai
- rintakipu tai
- hengenahdistus tai
- takypnea tai
- epänormaali keuhkotutkimus tai
- hengitysvajaus; tai
- lääkärin harkinnan mukaan (eli systeemisiä tai maha-suolikanavan oireita).
Kontrollikohteet valitaan kahdesta ryhmästä:
- Huolestuneet hyvin - aikuiset potilaat, joiden kansallinen varhaisvaroituspiste (NEWS) <3 ja lämpötila <37,5 °C.
- Sukulaiset tai mukana olevat ystävät, joilla ei ole akuuttia sairautta.
Poissulkemiskriteerit:
- Suostumuksen epääminen;
- Viimeaikainen sairaalahoito (alle 28 päivää);
- Ilmoittautunut toiseen kliiniseen tutkimukseen
- selluliitti;
- Iho- tai ortopediset infektiot;
- Virtsatieinfektio;
- Akuutti vatsan sepsis;
- Sukupuolitaudit;
- Ihmisen immuunikatovirus (HIV) -infektio;
- Immuunivajaus/mahdollinen neutropeeninen kuume;
- kiinteä elin tai hematopoieettinen kantasolusiirto viimeisten 90 päivän aikana;
- Aktiivinen graft versus-host -sairaus tai obliterans bronchiolitis;
- Vakava matkustajasairaus, joka vaatii kiireellistä sairaalahoitoa ja hoitoa, mukaan lukien malaria, denguekuume, lavantauti ja muut riketsi-taudit;
- Aivohalvaus;
- Toksidromi;
- Epäorgaaninen akuutti psykoosi.
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Virusinfektio
Virusinfektiopotilailta, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Bakteeritulehdus
Bakteeriinfektion kohteilta, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (jos saatavilla); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (jos saatavilla).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Viruksen ja viruksen yhteisinfektio
Virus-virus-yhteisinfektion koehenkilöiltä, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (jos saatavilla); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (jos saatavilla).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Bakteeri-virus yhteisinfektio
Bakteeri-virus-yhteisinfektion koehenkilöiltä, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (jos saatavilla); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (jos saatavilla).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Sieni-Mycobacterium-yhteisinfektio
Bakteeri-virus-yhteisinfektion koehenkilöiltä, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (jos saatavilla); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (jos saatavilla).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Epävarmaa alkuperää oleva infektio
Epävarmasta alkuperästä olevista infektioista, jotka ilmaantuvat 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta; ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (jos saatavilla); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (jos saatavilla).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
|
Ohjauskohteet
Kontrolliryhmän koehenkilöiltä, jos he ovat samaa mieltä, otetaan vähintään yksi kokoveri ja sylki a) ensiapuosastolla (jos saatavilla) tai sairaalassa 8 päivän kuluessa oireiden alkamisesta (jos sovellettavissa); ja jos he ovat samaa mieltä, kaksi lisänäytettä b) 24 tunnin +/- 6 tunnin kuluttua oireiden alkamisesta (tarvittaessa); ja c) 48 tuntia +/- 6 tuntia oireiden alkamisesta (tarvittaessa).
|
Kolme perifeeristä 10 - 20 ml verinäytettä (jos saatavilla) Kolme 1 - 5 ml sylkinäytettä (jos saatavilla)
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
WHO-CPS
Aikaikkuna: Jopa 30 päivää
|
WHO-CPS >6 ja WHO-CPS ≤6 erotus
|
Jopa 30 päivää
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kuolleisuus
Aikaikkuna: Jopa 30 päivää
|
Kuolleisuus määritellään kaikesta syystä, binääri: kyllä tai ei
|
Jopa 30 päivää
|
|
Kuolleisuus
Aikaikkuna: yksi vuosi
|
Kuolleisuus määritellään kaikesta syystä, binääri: kyllä tai ei
|
yksi vuosi
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Timothy H Rainer, MD, The University of Hong Kong
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Singer M, Deutschman CS, Seymour CW, Shankar-Hari M, Annane D, Bauer M, Bellomo R, Bernard GR, Chiche JD, Coopersmith CM, Hotchkiss RS, Levy MM, Marshall JC, Martin GS, Opal SM, Rubenfeld GD, van der Poll T, Vincent JL, Angus DC. The Third International Consensus Definitions for Sepsis and Septic Shock (Sepsis-3). JAMA. 2016 Feb 23;315(8):801-10. doi: 10.1001/jama.2016.0287.
- Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, Ren R, Leung KSM, Lau EHY, Wong JY, Xing X, Xiang N, Wu Y, Li C, Chen Q, Li D, Liu T, Zhao J, Liu M, Tu W, Chen C, Jin L, Yang R, Wang Q, Zhou S, Wang R, Liu H, Luo Y, Liu Y, Shao G, Li H, Tao Z, Yang Y, Deng Z, Liu B, Ma Z, Zhang Y, Shi G, Lam TTY, Wu JT, Gao GF, Cowling BJ, Yang B, Leung GM, Feng Z. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus-Infected Pneumonia. N Engl J Med. 2020 Mar 26;382(13):1199-1207. doi: 10.1056/NEJMoa2001316. Epub 2020 Jan 29.
- Hung IF, Lung KC, Tso EY, Liu R, Chung TW, Chu MY, Ng YY, Lo J, Chan J, Tam AR, Shum HP, Chan V, Wu AK, Sin KM, Leung WS, Law WL, Lung DC, Sin S, Yeung P, Yip CC, Zhang RR, Fung AY, Yan EY, Leung KH, Ip JD, Chu AW, Chan WM, Ng AC, Lee R, Fung K, Yeung A, Wu TC, Chan JW, Yan WW, Chan WM, Chan JF, Lie AK, Tsang OT, Cheng VC, Que TL, Lau CS, Chan KH, To KK, Yuen KY. Triple combination of interferon beta-1b, lopinavir-ritonavir, and ribavirin in the treatment of patients admitted to hospital with COVID-19: an open-label, randomised, phase 2 trial. Lancet. 2020 May 30;395(10238):1695-1704. doi: 10.1016/S0140-6736(20)31042-4. Epub 2020 May 10.
- WHO Working Group on the Clinical Characterisation and Management of COVID-19 infection. A minimal common outcome measure set for COVID-19 clinical research. Lancet Infect Dis. 2020 Aug;20(8):e192-e197. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30483-7. Epub 2020 Jun 12. Erratum In: Lancet Infect Dis. 2020 Oct;20(10):e250.
- Cohen JF, Korevaar DA, Altman DG, Bruns DE, Gatsonis CA, Hooft L, Irwig L, Levine D, Reitsma JB, de Vet HC, Bossuyt PM. STARD 2015 guidelines for reporting diagnostic accuracy studies: explanation and elaboration. BMJ Open. 2016 Nov 14;6(11):e012799. doi: 10.1136/bmjopen-2016-012799.
- Taylor JC, Martin HC, Lise S, Broxholme J, Cazier JB, Rimmer A, Kanapin A, Lunter G, Fiddy S, Allan C, Aricescu AR, Attar M, Babbs C, Becq J, Beeson D, Bento C, Bignell P, Blair E, Buckle VJ, Bull K, Cais O, Cario H, Chapel H, Copley RR, Cornall R, Craft J, Dahan K, Davenport EE, Dendrou C, Devuyst O, Fenwick AL, Flint J, Fugger L, Gilbert RD, Goriely A, Green A, Greger IH, Grocock R, Gruszczyk AV, Hastings R, Hatton E, Higgs D, Hill A, Holmes C, Howard M, Hughes L, Humburg P, Johnson D, Karpe F, Kingsbury Z, Kini U, Knight JC, Krohn J, Lamble S, Langman C, Lonie L, Luck J, McCarthy D, McGowan SJ, McMullin MF, Miller KA, Murray L, Nemeth AH, Nesbit MA, Nutt D, Ormondroyd E, Oturai AB, Pagnamenta A, Patel SY, Percy M, Petousi N, Piazza P, Piret SE, Polanco-Echeverry G, Popitsch N, Powrie F, Pugh C, Quek L, Robbins PA, Robson K, Russo A, Sahgal N, van Schouwenburg PA, Schuh A, Silverman E, Simmons A, Sorensen PS, Sweeney E, Taylor J, Thakker RV, Tomlinson I, Trebes A, Twigg SR, Uhlig HH, Vyas P, Vyse T, Wall SA, Watkins H, Whyte MP, Witty L, Wright B, Yau C, Buck D, Humphray S, Ratcliffe PJ, Bell JI, Wilkie AO, Bentley D, Donnelly P, McVean G. Factors influencing success of clinical genome sequencing across a broad spectrum of disorders. Nat Genet. 2015 Jul;47(7):717-726. doi: 10.1038/ng.3304. Epub 2015 May 18.
- Niederman MS, Mandell LA, Anzueto A, Bass JB, Broughton WA, Campbell GD, Dean N, File T, Fine MJ, Gross PA, Martinez F, Marrie TJ, Plouffe JF, Ramirez J, Sarosi GA, Torres A, Wilson R, Yu VL; American Thoracic Society. Guidelines for the management of adults with community-acquired pneumonia. Diagnosis, assessment of severity, antimicrobial therapy, and prevention. Am J Respir Crit Care Med. 2001 Jun;163(7):1730-54. doi: 10.1164/ajrccm.163.7.at1010. No abstract available.
- Jain S, Self WH, Wunderink RG, Fakhran S, Balk R, Bramley AM, Reed C, Grijalva CG, Anderson EJ, Courtney DM, Chappell JD, Qi C, Hart EM, Carroll F, Trabue C, Donnelly HK, Williams DJ, Zhu Y, Arnold SR, Ampofo K, Waterer GW, Levine M, Lindstrom S, Winchell JM, Katz JM, Erdman D, Schneider E, Hicks LA, McCullers JA, Pavia AT, Edwards KM, Finelli L; CDC EPIC Study Team. Community-Acquired Pneumonia Requiring Hospitalization among U.S. Adults. N Engl J Med. 2015 Jul 30;373(5):415-27. doi: 10.1056/NEJMoa1500245. Epub 2015 Jul 14.
- Davenport EE, Burnham KL, Radhakrishnan J, Humburg P, Hutton P, Mills TC, Rautanen A, Gordon AC, Garrard C, Hill AV, Hinds CJ, Knight JC. Genomic landscape of the individual host response and outcomes in sepsis: a prospective cohort study. Lancet Respir Med. 2016 Apr;4(4):259-71. doi: 10.1016/S2213-2600(16)00046-1. Epub 2016 Feb 23.
- He X, Lau EHY, Wu P, Deng X, Wang J, Hao X, Lau YC, Wong JY, Guan Y, Tan X, Mo X, Chen Y, Liao B, Chen W, Hu F, Zhang Q, Zhong M, Wu Y, Zhao L, Zhang F, Cowling BJ, Li F, Leung GM. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat Med. 2020 May;26(5):672-675. doi: 10.1038/s41591-020-0869-5. Epub 2020 Apr 15. Erratum In: Nat Med. 2020 Sep;26(9):1491-1493.
- Williamson EJ, Walker AJ, Bhaskaran K, Bacon S, Bates C, Morton CE, Curtis HJ, Mehrkar A, Evans D, Inglesby P, Cockburn J, McDonald HI, MacKenna B, Tomlinson L, Douglas IJ, Rentsch CT, Mathur R, Wong AYS, Grieve R, Harrison D, Forbes H, Schultze A, Croker R, Parry J, Hester F, Harper S, Perera R, Evans SJW, Smeeth L, Goldacre B. Factors associated with COVID-19-related death using OpenSAFELY. Nature. 2020 Aug;584(7821):430-436. doi: 10.1038/s41586-020-2521-4. Epub 2020 Jul 8.
- Sharfstein JM, Becker SJ, Mello MM. Diagnostic Testing for the Novel Coronavirus. JAMA. 2020 Apr 21;323(15):1437-1438. doi: 10.1001/jama.2020.3864. No abstract available.
- Leung K, Wu JT, Liu D, Leung GM. First-wave COVID-19 transmissibility and severity in China outside Hubei after control measures, and second-wave scenario planning: a modelling impact assessment. Lancet. 2020 Apr 25;395(10233):1382-1393. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30746-7. Epub 2020 Apr 8.
- Pairo-Castineira E, Clohisey S, Klaric L, Bretherick AD, Rawlik K, Pasko D, Walker S, Parkinson N, Fourman MH, Russell CD, Furniss J, Richmond A, Gountouna E, Wrobel N, Harrison D, Wang B, Wu Y, Meynert A, Griffiths F, Oosthuyzen W, Kousathanas A, Moutsianas L, Yang Z, Zhai R, Zheng C, Grimes G, Beale R, Millar J, Shih B, Keating S, Zechner M, Haley C, Porteous DJ, Hayward C, Yang J, Knight J, Summers C, Shankar-Hari M, Klenerman P, Turtle L, Ho A, Moore SC, Hinds C, Horby P, Nichol A, Maslove D, Ling L, McAuley D, Montgomery H, Walsh T, Pereira AC, Renieri A; GenOMICC Investigators; ISARIC4C Investigators; COVID-19 Human Genetics Initiative; 23andMe Investigators; BRACOVID Investigators; Gen-COVID Investigators; Shen X, Ponting CP, Fawkes A, Tenesa A, Caulfield M, Scott R, Rowan K, Murphy L, Openshaw PJM, Semple MG, Law A, Vitart V, Wilson JF, Baillie JK. Genetic mechanisms of critical illness in COVID-19. Nature. 2021 Mar;591(7848):92-98. doi: 10.1038/s41586-020-03065-y. Epub 2020 Dec 11.
- Legido-Quigley H, Asgari N, Teo YY, Leung GM, Oshitani H, Fukuda K, Cook AR, Hsu LY, Shibuya K, Heymann D. Are high-performing health systems resilient against the COVID-19 epidemic? Lancet. 2020 Mar 14;395(10227):848-850. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30551-1. Epub 2020 Mar 6. No abstract available.
- Lam TT, Jia N, Zhang YW, Shum MH, Jiang JF, Zhu HC, Tong YG, Shi YX, Ni XB, Liao YS, Li WJ, Jiang BG, Wei W, Yuan TT, Zheng K, Cui XM, Li J, Pei GQ, Qiang X, Cheung WY, Li LF, Sun FF, Qin S, Huang JC, Leung GM, Holmes EC, Hu YL, Guan Y, Cao WC. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020 Jul;583(7815):282-285. doi: 10.1038/s41586-020-2169-0. Epub 2020 Mar 26.
- Tsang KW, Ho PL, Ooi GC, Yee WK, Wang T, Chan-Yeung M, Lam WK, Seto WH, Yam LY, Cheung TM, Wong PC, Lam B, Ip MS, Chan J, Yuen KY, Lai KN. A cluster of cases of severe acute respiratory syndrome in Hong Kong. N Engl J Med. 2003 May 15;348(20):1977-85. doi: 10.1056/NEJMoa030666. Epub 2003 Mar 31.
- Wai AKC, Wong CKH, Wong JYH, Xiong X, Chu OCK, Wong MS, Tsui MSH, Rainer TH. Changes in Emergency Department Visits, Diagnostic Groups, and 28-Day Mortality Associated With the COVID-19 Pandemic: A Territory-Wide, Retrospective, Cohort Study. Ann Emerg Med. 2022 Feb;79(2):148-157. doi: 10.1016/j.annemergmed.2021.09.424. Epub 2021 Sep 24.
- Southeast Asia Infectious Disease Clinical Research Network. Causes and outcomes of sepsis in southeast Asia: a multinational multicentre cross-sectional study. Lancet Glob Health. 2017 Feb;5(2):e157-e167. doi: 10.1016/S2214-109X(17)30007-4.
- Gu X, Zhou F, Wang Y, Fan G, Cao B. Respiratory viral sepsis: epidemiology, pathophysiology, diagnosis and treatment. Eur Respir Rev. 2020 Jul 21;29(157):200038. doi: 10.1183/16000617.0038-2020. Print 2020 Sep 30.
- Su Y, Chen D, Yuan D, Lausted C, Choi J, Dai CL, Voillet V, Duvvuri VR, Scherler K, Troisch P, Baloni P, Qin G, Smith B, Kornilov SA, Rostomily C, Xu A, Li J, Dong S, Rothchild A, Zhou J, Murray K, Edmark R, Hong S, Heath JE, Earls J, Zhang R, Xie J, Li S, Roper R, Jones L, Zhou Y, Rowen L, Liu R, Mackay S, O'Mahony DS, Dale CR, Wallick JA, Algren HA, Zager MA; ISB-Swedish COVID19 Biobanking Unit; Wei W, Price ND, Huang S, Subramanian N, Wang K, Magis AT, Hadlock JJ, Hood L, Aderem A, Bluestone JA, Lanier LL, Greenberg PD, Gottardo R, Davis MM, Goldman JD, Heath JR. Multi-Omics Resolves a Sharp Disease-State Shift between Mild and Moderate COVID-19. Cell. 2020 Dec 10;183(6):1479-1495.e20. doi: 10.1016/j.cell.2020.10.037. Epub 2020 Oct 28.
- Rautanen A, Mills TC, Gordon AC, Hutton P, Steffens M, Nuamah R, Chiche JD, Parks T, Chapman SJ, Davenport EE, Elliott KS, Bion J, Lichtner P, Meitinger T, Wienker TF, Caulfield MJ, Mein C, Bloos F, Bobek I, Cotogni P, Sramek V, Sarapuu S, Kobilay M, Ranieri VM, Rello J, Sirgo G, Weiss YG, Russwurm S, Schneider EM, Reinhart K, Holloway PA, Knight JC, Garrard CS, Russell JA, Walley KR, Stuber F, Hill AV, Hinds CJ; ESICM/ECCRN GenOSept Investigators. Genome-wide association study of survival from sepsis due to pneumonia: an observational cohort study. Lancet Respir Med. 2015 Jan;3(1):53-60. doi: 10.1016/S2213-2600(14)70290-5. Epub 2014 Dec 18.
- Davenport EE, Antrobus RD, Lillie PJ, Gilbert S, Knight JC. Transcriptomic profiling facilitates classification of response to influenza challenge. J Mol Med (Berl). 2015 Jan;93(1):105-14. doi: 10.1007/s00109-014-1212-8. Epub 2014 Oct 28.
- Dissanayake TK, Schauble S, Mirhakkak MH, Wu WL, Ng AC, Yip CCY, Lopez AG, Wolf T, Yeung ML, Chan KH, Yuen KY, Panagiotou G, To KK. Comparative Transcriptomic Analysis of Rhinovirus and Influenza Virus Infection. Front Microbiol. 2020 Jul 21;11:1580. doi: 10.3389/fmicb.2020.01580. eCollection 2020. Erratum In: Front Microbiol. 2020 Oct 29;11:602854.
- To KKW, Lu L, Fong CHY, Wu AKL, Mok KY, Yip CCY, Ke YH, Sze KH, Lau SKP, Hung IFN, Yuen KY. Rhinovirus respiratory tract infection in hospitalized adult patients is associated with TH2 response irrespective of asthma. J Infect. 2018 May;76(5):465-474. doi: 10.1016/j.jinf.2018.02.005. Epub 2018 Feb 15.
- Khaliq W, Grossmann P, Neugebauer S, Kleyman A, Domizi R, Calcinaro S, Brealey D, Graler M, Kiehntopf M, Schauble S, Singer M, Panagiotou G, Bauer M. Lipid metabolic signatures deviate in sepsis survivors compared to non-survivors. Comput Struct Biotechnol J. 2020 Nov 21;18:3678-3691. doi: 10.1016/j.csbj.2020.11.009. eCollection 2020.
- Wainberg M, Sinnott-Armstrong N, Mancuso N, Barbeira AN, Knowles DA, Golan D, Ermel R, Ruusalepp A, Quertermous T, Hao K, Bjorkegren JLM, Im HK, Pasaniuc B, Rivas MA, Kundaje A. Opportunities and challenges for transcriptome-wide association studies. Nat Genet. 2019 Apr;51(4):592-599. doi: 10.1038/s41588-019-0385-z. Epub 2019 Mar 29.
- GTEx Consortium. Human genomics. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans. Science. 2015 May 8;348(6235):648-60. doi: 10.1126/science.1262110. Epub 2015 May 7.
- Tam V, Patel N, Turcotte M, Bosse Y, Pare G, Meyre D. Benefits and limitations of genome-wide association studies. Nat Rev Genet. 2019 Aug;20(8):467-484. doi: 10.1038/s41576-019-0127-1.
- Howey R, Shin SY, Relton C, Davey Smith G, Cordell HJ. Bayesian network analysis incorporating genetic anchors complements conventional Mendelian randomization approaches for exploratory analysis of causal relationships in complex data. PLoS Genet. 2020 Mar 2;16(3):e1008198. doi: 10.1371/journal.pgen.1008198. eCollection 2020 Mar.
- Davies NM, Holmes MV, Davey Smith G. Reading Mendelian randomisation studies: a guide, glossary, and checklist for clinicians. BMJ. 2018 Jul 12;362:k601. doi: 10.1136/bmj.k601.
- Roadmap Epigenomics Consortium; Kundaje A, Meuleman W, Ernst J, Bilenky M, Yen A, Heravi-Moussavi A, Kheradpour P, Zhang Z, Wang J, Ziller MJ, Amin V, Whitaker JW, Schultz MD, Ward LD, Sarkar A, Quon G, Sandstrom RS, Eaton ML, Wu YC, Pfenning AR, Wang X, Claussnitzer M, Liu Y, Coarfa C, Harris RA, Shoresh N, Epstein CB, Gjoneska E, Leung D, Xie W, Hawkins RD, Lister R, Hong C, Gascard P, Mungall AJ, Moore R, Chuah E, Tam A, Canfield TK, Hansen RS, Kaul R, Sabo PJ, Bansal MS, Carles A, Dixon JR, Farh KH, Feizi S, Karlic R, Kim AR, Kulkarni A, Li D, Lowdon R, Elliott G, Mercer TR, Neph SJ, Onuchic V, Polak P, Rajagopal N, Ray P, Sallari RC, Siebenthall KT, Sinnott-Armstrong NA, Stevens M, Thurman RE, Wu J, Zhang B, Zhou X, Beaudet AE, Boyer LA, De Jager PL, Farnham PJ, Fisher SJ, Haussler D, Jones SJ, Li W, Marra MA, McManus MT, Sunyaev S, Thomson JA, Tlsty TD, Tsai LH, Wang W, Waterland RA, Zhang MQ, Chadwick LH, Bernstein BE, Costello JF, Ecker JR, Hirst M, Meissner A, Milosavljevic A, Ren B, Stamatoyannopoulos JA, Wang T, Kellis M. Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature. 2015 Feb 19;518(7539):317-30. doi: 10.1038/nature14248.
- Yang JK, Wang YY, Liu C, Shi TT, Lu J, Cao X, Yang FY, Feng JP, Chen C, Ji LN, Xu A. Urine Proteome Specific for Eye Damage Can Predict Kidney Damage in Patients With Type 2 Diabetes: A Case-Control and a 5.3-Year Prospective Cohort Study. Diabetes Care. 2017 Feb;40(2):253-260. doi: 10.2337/dc16-1529. Epub 2016 Nov 30.
- Harati MD, Williams RR, Movassaghi M, Hojat A, Lucey GM, Yong WH. An Introduction to Starting a Biobank. Methods Mol Biol. 2019;1897:7-16. doi: 10.1007/978-1-4939-8935-5_2.
- Field N, Cohen T, Struelens MJ, Palm D, Cookson B, Glynn JR, Gallo V, Ramsay M, Sonnenberg P, Maccannell D, Charlett A, Egger M, Green J, Vineis P, Abubakar I. Strengthening the Reporting of Molecular Epidemiology for Infectious Diseases (STROME-ID): an extension of the STROBE statement. Lancet Infect Dis. 2014 Apr;14(4):341-52. doi: 10.1016/S1473-3099(13)70324-4. Epub 2014 Mar 14.
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Tiistai 11. huhtikuuta 2023
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Torstai 1. toukokuuta 2025
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Torstai 1. toukokuuta 2025
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Keskiviikko 13. huhtikuuta 2022
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 13. huhtikuuta 2022
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Keskiviikko 20. huhtikuuta 2022
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Keskiviikko 10. toukokuuta 2023
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 9. toukokuuta 2023
Viimeksi vahvistettu
Maanantai 1. toukokuuta 2023
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- ePWAS-RID/Rainer/2021
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .