Transport rectal d'entérobactéries productrices de carbapénèmases à l'admission dans un CHU français (Prev-CPE)

"Introduction L'émergence et la propagation de bactéries émergentes hautement résistantes, dont les entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC), constituent un enjeu de santé publique compte tenu de leur propagation rapide et du manque d'antibiotiques actifs contre ces bactéries. La propagation des entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (ESBLE) depuis le début des années 2000 soulève des inquiétudes quant à une éventuelle propagation similaire des CPE dans les années à venir, en particulier dans le milieu de la santé. La détection précoce du portage d'EPC chez les patients hospitalisés présentant des facteurs de risque de portage d'EPC est essentielle pour prévenir leur propagation dans les hôpitaux ainsi que pour guider l'antibiothérapie empirique pour les porteurs d'EPC présentant des signes d'infection sévère. Cependant, la prévalence du portage de l'EPC à l'admission à l'hôpital n'est pas connue avec précision, pas plus que les facteurs associés au portage de l'EPC.

Ainsi, les investigateurs envisagent de réaliser un dépistage systématique du portage rectal de l'EPC à l'admission sur un échantillon de patients hospitalisés à l'Hôpital Bichat - Claude-Bernard.

Objectif principal

- Déterminer la prévalence du portage des EPC chez les patients admis à l'Hôpital Bichat - Claude-Bernard

Objectifs secondaires

• Déterminer la prévalence du portage ESBLE chez les patients admis à l'Hôpital Bichat - Claude-Bernard
• Déterminer les facteurs de risque de portage rectal de CPE et ESBLE à l'admission
• Estimer le nombre annuel de patients atteints d'EPC rectal qui n'auraient pas été identifiés avec la politique actuelle de dépistage ciblé
• Estimer le nombre annuel de cas secondaires évitables qui pourraient l'être si une politique de dépistage universel était appliquée à l'admission (c'est-à-dire pour tous les patients hospitalisés, pas seulement ceux qui présentent des facteurs de risque).
• Caractériser les souches bactériennes et les enzymes identifiées dans le portage EPC à l'admission.

Matériels et méthodes L'étude sera réalisée dans un hôpital universitaire public de 1000 lits à deux sites à Paris (France), qui fournit des soins primaires et tertiaires et est situé dans une zone desservant une grande proportion de patients nés à l'étranger, provenant principalement de Afrique.

Les critères actuels de dépistage en CPE à l'admission à l'hôpital Bichat - Claude-Bernard comprennent :

• Antécédents d'hospitalisation de plus de 24 heures à l'étranger au cours des 12 derniers mois (depuis 2010) ou
• Voyage à l'étranger sans hospitalisation au cours des 12 derniers mois, selon le service d'hospitalisation et/ou la présence de facteurs de risque tels que retour récent, séjour prolongé ou voyage en Asie du Sud-Est (depuis 2018)

Des écouvillons rectaux seront prélevés sur tous les patients inclus par le personnel infirmier ou par les patients eux-mêmes. Les prélèvements seront déversés sur milieux sélectifs pour ESBLE (gélose ChromID ESBLE - bioMérieux) et milieux sélectifs pour CPE (gélose chromID® CARBA - bioMérieux et gélose chromID® OXA-48TM - bioMérieux). Une identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF et un antibiogramme sur gélose Mueller-Hinton seront réalisés sur chaque colonie suspecte. Une PCR GeneXpert (Cepheid) sur colonies suspectes sera réalisée conjointement en cas de culture positive sur milieu sélectif pour la détection des CPE. En cas de PCR GeneXpert positive sur des colonies suspectes, une PCR GeneXpert de confirmation sera réalisée sur l'échantillon natif.

Les données suivantes seront recueillies à partir des dossiers médicaux et par questionnaire :

• Caractéristiques socio-démographiques des patients : Age, sexe, pays de naissance, pays de résidence principale, lieu de résidence avant l'hospitalisation
• Caractéristiques du séjour hospitalier : Date d'entrée dans le service, date d'entrée à l'hôpital, origine avant l'admission
• Exposition à l'étranger : Déplacement/hospitalisation à l'étranger au cours des 12 derniers mois pour le patient, déplacement/hospitalisation à l'étranger au cours des 12 derniers mois pour la ou les personnes vivant sous le même toit que le patient
• Exposition aux établissements de santé : Hospitalisation (> 24h) dans un établissement de santé en France au cours des 12 derniers mois
• Exposition aux antibiotiques : Traitement antibiotique reçu le jour de l'enquête ou au cours des 3 derniers mois
• Dépistage EBSLE/CPE : Portage CPE connu, dépistage rectal pour CPE déjà effectué par l'équipe soignante du service

La taille de l'échantillon a été calculée sur une hypothèse de prévalence de portage EPC. En supposant une prévalence de 0,5 % basée sur les données de la littérature avec un intervalle de confiance à 95 % de [0,1 % - 0,9 %], 1 195 patients devraient être inclus. L'étude durera 6 mois avec une période d'inclusion de 6 mois ; la participation de chaque patient durera 1 jour.

Le résultat principal sera le transport CPE ; Les porteurs de CPE seront comparés aux non porteurs. Les variables catégorielles seront comparées à l'aide du test Chi-2 ou du test exact de Fisher et les variables continues à l'aide du test t de Student ou du test de Mann-Whitney. Les rapports de cotes (OR) et les intervalles de confiance (IC) à 95 % seront calculés. Tous les tests seront bilatéraux et le niveau de signification sera de 5 %. Le logiciel open-source R pour Statistical Computing sera utilisé pour l'analyse statistique."