人工関節感染症の診断のためのコアグラーゼ陰性ブドウ球菌の分子マーカーの同定

タスク 1.1: 滑液は、敗血症プロテーゼの修正のために IRCCS Galeazzi Orthopaedic Institute に紹介された 60 人の患者と、無菌障害のために修正を受けている 40 人の患者から収集されます。 収集された滑液は、分析まで-80°Cで保存されます。

MSIS ガイドラインに従って、CRP および ESR レベル、滑膜白血球数、ならびに外植されたデバイスおよび人工器官周囲組織の微生物学的培養の測定は、通常のプロトコルに従って実施されます。 CoNS によって媒介される PJI と診断された感染グループの患者から収集された滑液のみが、その後のプロテオミクス解析の対象となります。 タスク 1.2: CoNS の検索された種の少なくとも 10 分離株のセクレトームが特徴付けられます。 特に、CoNS臨床分離株はドリップフローリアクターで培養され、バイオフィルムの産生を誘導し、セクレトームを分析して目的のタンパク質の最初の選択を行います。

タスク 2.1: PJI の有無にかかわらず患者の滑液から抽出されたタンパク質は、カルバミドメチル化され、トリプシンによって消化されます。 その後、ペプチド混合物は、タンデム質量分析 (ナノ LC-MS/MS) に結合されたナノ液体クロマトグラフィーによって分析されます。 無標識定量化（LFQ）を適用して、細菌によって発現され、患者の滑液に分泌されるタンパク質のレベルを評価します。

タスク 2.2: プロテオミクス ソフトウェアの使用 (つまり、 MaxQuant、Perseus など)、バイオインフォマティクス分析を実行して、細菌の存在に密接に関連する感染した患者グループに属するサンプルにのみ存在する目的のタンパク質のプールを決定します。

タスク 3.1: タスク 1.2 およびタスク 2.2 で CoNS を介した PJI に関連する推定バイオマーカーとして特定された対象タンパク質は、追加のバイオインフォマティクス分析による標的プロテオミクス分析のために選択されます。

タスク 3.2: タスク 3.1 で定義された推定バイオマーカーが登録患者の滑液中に存在することを確認するために、タスク 1.1 で収集されたすべての感染/非感染サンプルに対して標的プロテオミクス分析が実行されます。 各推定バイオマーカーのプロトタイプペプチドは、Skyline ソフトウェアによって選択されます。 すべての候補ペプチドのイオン化およびフラグメンテーション挙動が研究されます。

タスク 3.3: 最後に、ターゲットを絞ったプロテオミクス解析からの情報は、選択された各バイオマーカーの診断値を評価するために、MSIS ガイドラインに従って作成された診断の結果に関連付けられます。