Badanie KEBI-Cyto - Wykorzystanie Biocartis Idylla

Postępy w medycynie zaowocowały opracowaniem specyficznych leków do leczenia nowotworów, które wykazują ekspresję pewnych mutacji. Wykrycie mutacji receptora naskórkowego czynnika wzrostu (EGFR), BRAF i KRAS (odpowiednio 10-30%, 1-2%, 25%) w raku płuca oraz mutacji KRAS w 94% raków trzustki pozwala na leczenie tych pacjentów szerszą kohortę leków, potencjalnie skutkującą wolnym od progresji, przedłużonym przeżyciem, z korzystniejszą tolerancją i mniejszymi skutkami ubocznymi w porównaniu z chemioterapią.

NHS England ma katalog testów, który zawiera listę testów molekularnych, które trusty powinny zapewnić pacjentom z rakiem. W tym katalogu wymienione są EGRF, KRAS i BRAF. Weryfikacja wykorzystania Idylli umożliwiłaby temu trustowi skuteczne dostarczanie wszystkich tych testów molekularnych. Zarówno rak płuca, jak i trzustki występują w zaawansowanych stanach chorobowych, dlatego niezbędna jest szybka zmiana wyników badań. Obecnie laboratoria polegają na stosowaniu próbek utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie (FFPE) do badania EGFR.

Skrzepy są wytwarzane w laboratorium w celu zastygnięcia wszystkich fragmentów tkanek i komórek w jedną stałą masę. Skrzepnięta próbka jest następnie utrwalana w formalinie i przetwarzana. Aktualny czas przetwarzania i raportowania wynosi 5 dni. Próbki cytologiczne na bazie cieczy (LBC) uzyskane za pomocą tych samych procedur pobierania próbek są również przygotowywane w laboratorium i utrwalane za pomocą utrwalacza na bazie metanolu o nazwie Preservcyt. Wcześniejsze badania przeprowadzono w celu ustalenia, czy próbki LBC mogą być używane zamiast próbek FFPE do wykrywania mutacji z korzystnymi wynikami. Przejście na stosowanie próbek LBC do analizy mutacji na Idylli usunęłoby wiele etapów przetwarzania i wykorzystałoby resztkowe próbki, które są obecnie odrzucane, co optymalizuje liczbę testów, które możemy przeprowadzić na małych próbkach cytologicznych, zmniejszając prawdopodobieństwo powtórzenia procedury dla pacjentów. Utrwalanie alkoholem jest uważane za lepszą metodę konserwacji DNA i RNA, dlatego też można będzie zaobserwować lepsze wyniki molekularne.

Wykrywanie mutacji krążących komórek nowotworowych może w przyszłości wyeliminować potrzebę inwazyjnych procedur, a pacjenci będą wymagać prostego badania krwi w celu postawienia diagnozy.

Celem badania jest ustalenie, czy próbki LBC są wykonalną i wiarygodną alternatywą dla próbek FFPE do wykrywania mutacji w próbkach LBC i krwi przy użyciu platformy Idylla.

Hipoteza: Mutacje EFGR, KRAS i BRAF zidentyfikowane przy użyciu próbek FFPE zostaną wykryte w próbkach LBC i osoczu krwi przy użyciu platformy Biocartis Idylla™.

Część 1 badania: (rozszerzenie poprzedniego projektu badawczego - numer IRAS: 261622) Wykorzystanie materiału resztkowego z istniejących próbek cytologicznych LBC przesłanych do laboratorium. Rutynowe testy będą miały pierwszeństwo. Przypadki zidentyfikowane jako niedrobnokomórkowy rak płuc będą miały badaną pozostałą próbkę LBC na platformie Idylla pod kątem EGFR, KRAS i BRAF. Wyniki mutacji EGFR, KRAS i BRAF uzyskane za pomocą rutynowej procedury diagnostycznej (próbki FFPE) zostaną porównane z wynikami otrzymanymi za pomocą próbek LBC.

Część 2 tego badania:

Będzie obejmował testowanie zarchiwizowanych próbek skrzepu FFPE od pacjentów z potwierdzonym gruczolakorakiem trzustki od 2014 r. (około 20 przypadków rocznie). Test KRAS zostanie przeprowadzony przy użyciu platformy Idylla w celu ustalenia, czy mutacja kodonu 12 KRAS występuje w 94% procent przypadków zgłoszonych w RCHT. Pacjenci wyrażają zgodę na użycie ich tkanek w czasie zabiegu. Potencjalnie nowi pacjenci z rozpoznaniem gruczolakoraka trzustki będą mieli wykonywane badanie KRAS na skrzepie FFPE w ramach rutynowej diagnostyki oraz badanie KRAS na próbce LBC.

Część 3 niniejszego opracowania:

Polega na pobraniu próbki krwi w czasie zabiegu od pacjentów z klinicznym podejrzeniem raka płuc lub trzustki. Pojedyncza próbka krwi zostanie pobrana z kaniuli wprowadzonej do zabiegu. Próbka krwi zostanie przetworzona przy użyciu kaset z krążącymi komórkami nowotworowymi Biocartis Idylla ™ (EFGR, KRAS i BRAF dla płuc i KRAS dla trzustki).

Próbki do włączenia do badania zostaną zidentyfikowane przez (członka zespołu opieki bezpośredniej) pracującego na oddziale cytologii, który co tydzień będzie przeprowadzał komputerowe wyszukiwanie i identyfikował pacjentów, u których zdiagnozowano niedrobnokomórkowego raka płuc lub gruczolakoraka trzustki. Pierwotny numer laboratorium pacjenta zostanie wprowadzony do bezpiecznej, chronionej hasłem bazy danych, a następnie pacjentowi zostanie przydzielony nowy numer badania. Ta baza danych i informacje o pacjentach będą dostępne tylko dla starszego naukowca biomedycznego i będą przechowywane w bezpiecznym pliku elektronicznym zgodnie z zarządzaniem informacjami i poufnością pacjentów. Próbki pacjentów zostaną oznaczone numerem badania i oryginalnym numerem laboratorium, a wszystkie informacje o pacjencie zostaną zakryte. Badacz nie będzie miał dostępu do żadnych informacji o pacjencie i nie będzie w stanie zidentyfikować żadnych pacjentów. Starszy naukowiec biomedyczny zapisze zanonimizowane wyniki badania w bazie danych. Czas trwania badania wyniesie 24 miesiące. Szacuje się, że w tym czasie przebadana zostanie następująca liczba pacjentów:

100 pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuc 60 retrospektywnych próbek gruczolakoraka trzustki 40 potencjalnych pacjentów z gruczolakorakiem trzustki

Pacjenci zgłaszający się na EUS (endoskopia ultrasonograficzna) lub EBUS (sonografia wewnątrzoskrzelowa) pod kontrolą aspiracji cienkoigłowej z klinicznym podejrzeniem niedrobnokomórkowego raka płuca lub raka trzustki przez wielodyscyplinarny zespół. Próbki do badania zostaną zidentyfikowane przez starszego naukowca biomedycznego (członka zespołu opieki bezpośredniej) pracującego na oddziale cytologii, który co tydzień będzie przeprowadzał komputerowe wyszukiwanie i identyfikował pacjentów, u których zdiagnozowano raka niedrobnokomórkowego płuc i trzustki rak gruczołowy. Pierwotny numer laboratorium pacjenta zostanie wprowadzony do bezpiecznej, chronionej hasłem bazy danych, a następnie pacjentowi zostanie przydzielony nowy numer badania. Ta baza danych i informacje o pacjentach będą dostępne tylko dla starszego naukowca biomedycznego i będą przechowywane w bezpiecznym pliku zgodnie z zarządzaniem informacjami i poufnością pacjentów. Próbki pacjentów zostaną oznaczone numerem badania i oryginalnym numerem laboratorium, a wszystkie informacje o pacjencie zostaną zakryte. Badacz nie będzie miał dostępu do żadnych informacji o pacjencie i nie będzie w stanie zidentyfikować żadnych pacjentów. Próbki, które nie spełniają kryteriów badania, zostaną odrzucone zgodnie z protokołem laboratoryjnym.

Wszystkie dane pacjentów (w tym próbki tkanek i powiązane raporty) zostaną zanonimizowane przed udostępnieniem głównemu badaczowi. Identyfikowalne dane są powiązane numerem laboratorium. Informacje te są przechowywane w bezpiecznej bazie danych, do której dostęp ma tylko członek zespołu opieki bezpośredniej.

Wszystkie informacje są przechowywane i zabezpieczane na bezpiecznych serwerach w Royal Cornwall Hospital. Wszystkie bazy danych istotne dla badań będą chronione hasłem i jest to monitorowane przez dział IT RCHT. Lokalizacja samych baz danych będzie dostępna tylko dla upoważnionych użytkowników.

Do tego badania nie jest wymagana dalsza interwencja pacjenta.

Jeśli okaże się, że próbki cytologiczne na bazie cieczy (LBC) stanowią wykonalną alternatywę dla testów mutacji EGFR, KRAS i BRAF, może to spowodować:

• Szybszy czas oczekiwania na wyniki w przypadku jednoznacznego gruczolakoraka. To by zapewniło
• Wcześniejszy dostęp do leczenia pozwalający na optymalne zarządzanie pacjentem.
• Rozszerza zakres badań molekularnych wykonywanych w placówce zgodnie z zaleceniami biblioteki testów NHS.
• Łatwiejsze przygotowanie próbki w laboratorium
• Zwiększenie efektywnego wykorzystania materiału mogłoby również zapobiec powtarzaniu procedur pobierania próbek od pacjentów.
• Wykorzystanie próbek LBC może pozwolić na uzyskanie lepszych wyników badań molekularnych (metanol jest lepszym środkiem utrwalającym niż formalina).
• Popiera wykorzystanie próbek krwi do badania krążących komórek nowotworowych (mniej inwazyjne pobieranie próbek). Może to pomóc w określeniu stopnia zaawansowania choroby, w którym krążące komórki nowotworowe można wykryć w osoczu krwi, co uczyniłoby z niego potencjalne przyszłe narzędzie diagnostyczne i kontrolne.
• Obsługuje testy mutacji KRAS w gruczolakoraku trzustki i przyszły rozwój terapii celowanych specyficznych dla mutacji kodonu 12