Генетическая идентификация заболеваний
Это исследование для выявления унаследованных генов болезней. В исследовании будут использоваться молекулярные методы для картирования генетических заболеваний с использованием таких методов, как чипы Affymetrix SNP. Мощное сочетание информации, полученной в рамках проекта «Геном человека», и технических достижений, таких как микрочипы, делает попытки идентифицировать гены, ответственные за наследственные заболевания, более возможными, чем когда-либо прежде. Начав даже со скромных родословных всего нескольких особей или даже отдельных особей, можно идентифицировать задействованный(е) ген(ы). Предлагается собрать до 20 мл образцов периферической крови и/или буккальных клеток у субъектов и соответствующих членов семьи. В настоящее время для исследования одобрены следующие расстройства.
Текущий список нарушений:
синдром Аарскога-Скотта, пятна кофе с молоком, церебральная кавернозная мальформация, delXp, del2q, del10p, del11q, del12p, del13q, del14q, del16q, del17q, del18q, del Xp21, хореоатетоз, врожденный вертикальный таран (CVT), косолапость, Предплюсневая коалиция и другие врожденные деформации конечностей, муковисцидоз (CF), синдром Дебукуа, синдром опущенного века (птоз), синдром Фанкони-Биккеля (FBS), FENIB (семейная энцефалопатия с тельцами нейросерпинового включения), FG-синдром, идиопатический генерализованный эпилепсия (IGE), синдром Ренпеннинга, транзиторный неонатальный диабет с 6q UPD, транслокация (13; 14), транслокация (3; 8), транслокация (2; 18), нехарактерная семейная деменция и Х-сцепленная умственная отсталость (XLMR).
Обзор исследования
Статус
Подробное описание
Предлагается выявлять и набирать лиц и/или семьи с указанными выше расстройствами. 10-20 мл (2-4 чайные ложки) периферической крови берут у всех взрослых субъектов. Меньшие объемы крови будут собираться у детей в зависимости от их возраста/размера. В некоторых случаях в качестве адекватной альтернативы сбору периферической крови буккальные клетки будут собираться с помощью щечных мазков (Epicentre Biotechnologies). Всем соответствующим живым представителям каждой родословной будет предложено принять участие бесплатно только на исследовательской основе. Геномная ДНК будет извлечена стандартными методами и использована в качестве матрицы для реакций амплификации с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Индивидуумы будут генотипированы по маркерам и секвенированы гены-кандидаты.
По существу будут использоваться два подхода:
Обстоятельства, которые могут дать знания о генах-кандидатах, включают обзоры литературы, биологию заболевания, понимание биологических путей, хромосомных перестроек, мутантов в модельных организмах и т. д. Когда гены-кандидаты существуют, предлагается использовать пары связанных микросателлитных и/или однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) ПЦР-праймеров на ДНК из семей, чтобы определить, есть ли косегрегация заболевания и маркеров и, таким образом, связь между геном заболевания и ранее нанесенные на карту маркеры.
Если окажется, что заболевание связано с геном-кандидатом, праймеры ПЦР, фланкирующие все кодирующие экзоны, будут использоваться для амплификации экзонов и границ интрон/экзон с последующим секвенированием для обнаружения мутаций, вызывающих заболевание. Доступен веб-сайт, позволяющий создавать праймеры для амплификации экзонов генов-кандидатов (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). ). Если существует очень сильный ген-кандидат, секвенирование гена-кандидата будет выполнено на пораженных отдельных образцах без предварительного исследования сцепления.
- Когда не существует очевидных генов-кандидатов и собрано семейство достаточного размера, предлагается использовать микрочипы Affymetrix SNP для выполнения поиска сцепления по всему геному человека. Мы успешно использовали этот подход ранее (Shrimpton et al 2004), используя анализ сцепления всего генома с массивом Human Mapping 10K (Affymetrix Inc., Санта-Клара, Калифорния). Массив 10K позволяет одновременно генотипировать более 11 200 картированных SNP, расположенных по всему геному человека с интервалом 210 КБ. Также доступны массивы Affymetrix 100K и 500K. Информация о генотипе SNP будет проанализирована с использованием программного обеспечения Varia (Silicon Genetics) и/или Merlin. Данные будут использоваться для определения критической области. Если обнаруживается статистически значимая сегрегация, гены-кандидаты в критической области будут оценены и ранжированы в порядке вероятности того, что они являются генами болезни. Затем гены-кандидаты будут секвенированы, как подробно описано выше.
Резюме.
- Идентифицируйте гены-кандидаты болезни из исследований сцепления, убедительных косвенных доказательств или подсказок из фенотипа.
- Секвенируйте гены-кандидаты для обнаружения болезнетворных мутаций.
- Оценка обнаруженной вариации.
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
New York
-
Syracuse, New York, Соединенные Штаты, 13210
- SUNY Upstate Medical University
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Описание
Критерии включения:
- Пациенты и их семьи, установленные врачами.
Критерий исключения:
- Пациенты с несвязанными заболеваниями.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Наблюдательные модели: Семейный
- Временные перспективы: Ретроспектива
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
1
Изучаются пациенты с генетическим заболеванием.
|
|
2
Соответствующие элементы управления
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Временное ограничение |
|---|---|
|
Идентификация гена/мутации, ответственной за расстройство.
Временное ограничение: 1 год
|
1 год
|
Соавторы и исследователи
Следователи
- Главный следователь: Antony E Shrimpton, PhD, State University of New York - Upstate Medical University
Публикации и полезные ссылки
Общие публикации
- Shrimpton AE, Levinsohn EM, Yozawitz JM, Packard DS Jr, Cady RB, Middleton FA, Persico AM, Hootnick DR. A HOX gene mutation in a family with isolated congenital vertical talus and Charcot-Marie-Tooth disease. Am J Hum Genet. 2004 Jul;75(1):92-6. doi: 10.1086/422015. Epub 2004 May 14.
- Bradshaw CB, Davis RL, Shrimpton AE, Holohan PD, Rea CB, Fieglin D, Kent P, Collins GH. Cognitive deficits associated with a recently reported familial neurodegenerative disease: familial encephalopathy with neuroserpin inclusion bodies. Arch Neurol. 2001 Sep;58(9):1429-34. doi: 10.1001/archneur.58.9.1429.
- Hoo JJ, Shrimpton AE. Distal 3p deletion is not necessarily associated with dysmorphic features or psychomotor delay. Am J Med Genet A. 2008 Feb 15;146A(4):538. doi: 10.1002/ajmg.a.32158. No abstract available.
- Shrimpton AE, Jensen KA, Hoo JJ. Karyotype-phenotype analysis and molecular delineation of a 3p26 deletion/8q24.3 duplication case with a virtually normal phenotype and mild cognitive deficit. Am J Med Genet A. 2006 Feb 15;140(4):388-91. doi: 10.1002/ajmg.a.31066. No abstract available.
- Hoo JJ, Shrimpton AE. Familial hyper- and hypopigmentation with age-related pattern change. Am J Med Genet A. 2005 Jan 15;132A(2):215-8. doi: 10.1002/ajmg.a.30381. No abstract available.
- Shrimpton AE, Braddock BR, Thomson LL, Stein CK, Hoo JJ. Molecular delineation of deletions on 2q37.3 in three cases with an Albright hereditary osteodystrophy-like phenotype. Clin Genet. 2004 Dec;66(6):537-44. doi: 10.1111/j.1399-0004.2004.00363.x.
- Levinsohn EM, Shrimpton AE, Cady RB, Packard DS, Hootnick DR. Congenital vertical talus in four generations of the same family. Skeletal Radiol. 2004 Nov;33(11):649-54. doi: 10.1007/s00256-004-0851-1. Epub 2004 Sep 11.
- Davis RL, Shrimpton AE, Carrell RW, Lomas DA, Gerhard L, Baumann B, Lawrence DA, Yepes M, Kim TS, Ghetti B, Piccardo P, Takao M, Lacbawan F, Muenke M, Sifers RN, Bradshaw CB, Kent PF, Collins GH, Larocca D, Holohan PD. Association between conformational mutations in neuroserpin and onset and severity of dementia. Lancet. 2002 Jun 29;359(9325):2242-7. doi: 10.1016/S0140-6736(02)09293-0. Erratum In: Lancet 2002 Oct 5;360(9339):1102.
- LaDine BJ, Simmons JA, Shrimpton AE, Hoo JJ. Syndrome of short stature, widow's peak, ptosis, posteriorly angulated ears, and joint problems: exclusion of the Aarskog (FGD1) gene as a candidate gene. Am J Med Genet. 2001 Mar 15;99(3):248-51. doi: 10.1002/1096-8628(2001)9999:99993.0.co;2-t.
- Shrimpton AE, Braddock BR, Hoo JJ. Narrowing the map of a gene (MRXS9) for X-linked mental retardation, microcephaly, and variably short stature at Xq12-q21.31. Am J Med Genet. 2000 May 15;92(2):155-6. No abstract available.
- Davis RL, Shrimpton AE, Holohan PD, Bradshaw C, Feiglin D, Collins GH, Sonderegger P, Kinter J, Becker LM, Lacbawan F, Krasnewich D, Muenke M, Lawrence DA, Yerby MS, Shaw CM, Gooptu B, Elliott PR, Finch JT, Carrell RW, Lomas DA. Familial dementia caused by polymerization of mutant neuroserpin. Nature. 1999 Sep 23;401(6751):376-9. doi: 10.1038/43894.
- Shrimpton AE, Daly KM, Hoo JJ. Mapping of a gene (MRXS9) for X-linked mental retardation, microcephaly, and variably short stature to Xq12-q21.31. Am J Med Genet. 1999 May 28;84(3):293-9.
- Davis RL, Holohan PD, Shrimpton AE, Tatum AH, Daucher J, Collins GH, Todd R, Bradshaw C, Kent P, Feiglin D, Rosenbaum A, Yerby MS, Shaw CM, Lacbawan F, Lawrence DA. Familial encephalopathy with neuroserpin inclusion bodies. Am J Pathol. 1999 Dec;155(6):1901-13. doi: 10.1016/S0002-9440(10)65510-1.
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Оцененный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Оцененный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
- Психические расстройства
- Заболевания центральной нервной системы
- Заболевания нервной системы
- Неврологические проявления
- Нейроповеденческие проявления
- Нейрокогнитивные расстройства
- Врожденные аномалии
- Генетические заболевания, сцепленные с Х-хромосомой
- Заболевания опорно-двигательного аппарата
- Наследственные дегенеративные заболевания, нервная система
- Нарушения развития нервной системы
- Скелетно-мышечные аномалии
- Деформации конечностей, врожденные
- Деформации стопы
- Деформации стопы, приобретенные
- Деформации стопы, врожденные
- Деформации нижних конечностей, врожденные
- Талипы
- Эпилепсия
- Слабоумие
- Заболевания головного мозга
- Интеллектуальная недееспособность
- Генетические заболевания, врожденные
- Плоскостопие
- Умственная отсталость, Х-сцепленный
Другие идентификационные номера исследования
- IRBPHS#4280F
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .