Новый метод сбора образцов фекалий для метагеномного анализа

Всего в пилотном исследовании приняли участие 6 человек. Критерии включения в исследование включали: возраст >18 лет; Типы 3 и 4 по Бристольской шкале стула (нормальные), согласие на сбор и сдачу фекалий, способность понимать и писать по-английски. Критерии исключения включали людей с запорами, слегка сухим или диарейным калом (типы 1-2, 5-7 по Бристольской шкале стула), беременных или кормящих женщин, злоупотребление алкоголем, наркотиками или лекарствами в анамнезе, известную аллергию на какое-либо вещество в исследовании. продукт, текущий диагноз воспалительного заболевания кишечника (болезнь Крона или язвенный колит) и в настоящее время прием любых лекарств, которые могут мешать дефекации.

Наборы для сбора фекалий были отправлены субъектам по почте с инструкциями по сбору образцов. В общей сложности 12 образцов (3 участка дефекации, 4 метода сбора/сохранения) были собраны каждым субъектом, что дало в общей сложности 72 образца для обработки. Для обработки образцов для метагеномного секвенирования использовались четыре метода сохранения: замораживание (-20 ° C), хранение при комнатной температуре, набор для защиты ДНК Zymo (комнатная температура) и сохранение ДНК DESS (комнатная температура). Все образцы доставляются при комнатной температуре, за исключением образцов, предназначенных для замораживания, которые доставляются на сухом льду. В лаборатории все образцы были помещены в холодильник (4°C), за исключением замороженных образцов, которые были помещены в морозильную камеру при -20°C.

Образцы подверглись выделению ДНК и секвенированию в соответствии с ранее опубликованными методами с целью понимания сравнений внутри и между образцами для методов сбора и стабильности во время хранения/транспортировки. Результаты будут включать показатели таксономической численности, классификацию метаболических путей и анализ разнообразия.