Virulensdeterminanter i S Aureus Bacteremia

Syftet med denna studie är att mer ingående undersöka effekten av bakteriella genetiska egenskaper på utfallet av patienter med S. aureus bakterimi (SAB). Utredarna kommer att behandla framträdande aspekter av bakteriell virulens genom att använda starka samarbetsrelationer med myndigheter inom bakteriell genetik och genomik. Den övergripande hypotesen för denna undersökning är att distinkta bakteriella virulensdeterminanter påverkar svårighetsgraden av S. aureus-infektion. Den specifika hypotesen är att virulensdeterminanter associerade med kliniska utfall av S. aureus-infektion segregerar i klonala grupper, identifierade med Multilocus Sequence Typing (MLST), och kan lokaliseras i genomet genom jämförande genetisk hybridisering (CGH). Utredarna har fastställt följande syften för att fullfölja denna hypotes. Specifikt mål 1: Definiera den alleliska mångfalden av S. aureus blodomloppsisolat med hjälp av MSLT. Allelprofiler bland de 1000 isolaten kommer att jämföras med programmet BURST (Based Upon Related Sequence Type), och släktskap mellan linjer i den övergripande samlingen kommer att definieras. Specifikt mål 2: Definiera den genomiska mångfalden av S. aureus blodomloppsisolat med hjälp av CGH. Med hjälp av MLST-resultat kommer en undergrupp av 200 isolat att väljas ut för att genomgå ytterligare studier. Dessa ~200 isolat kommer att bilda en unik samling hädanefter kallad SAGA-samlingen (S. aureus genomisk analys). Den genomiska mångfalden av SAGA-undergruppen kommer att definieras med CGH. Specifikt mål 3: Korrelera MLST- och CGH-resultat, MLST och kliniskt utfall, och CGH och kliniskt utfall, och göra SAGA-isolat tillgängliga för forskarvärlden. I detta specifika syfte kommer MLST och CGH att särskilja förmågan att jämföras bland SAGA-subset isolat som genomgår båda analyserna. Sambandet mellan bakteriell klonalitet och kliniskt utfall kommer att övervägas bland 1000 S. aureus-isolat som samlats in från vuxna vid Duke University Medical Center som hade S. aureus-infektioner som genomgick MLST. Sambandet mellan kliniskt utfall och närvaron eller frånvaron av virulensfaktorer och patogenicitetsöar i S. aureus-genomet kommer också att övervägas bland de 200 SAGA-subset-isolaten som genomgår CGH. Produkterna i denna studie kommer att inkludera en ökad förståelse för genetisk mångfald hos S. aureus och vilken roll denna genetiska mångfald spelar för att fastställa svårighetsgraden av infektioner orsakade av S. aureus. Det fulla värdet av det aktuella förslaget inkluderar också den potentiella framtida nyttan för forskarsamhället som helhet om samband mellan patogengenotyp och kliniskt utfall, endast möjliga att identifiera med hjälp av en så stor och kliniskt välkarakteriserad samling av isolat, kan definieras. För att förstärka dessa potentiella nedströmsutdelningar kommer det slutliga målet med Specifikt mål 3 att vara att göra SAGA-subset-isolat, motsvarande MLST-typer och CGH-profiler tillgängliga för forskarsamhället genom förvaret som underhålls av Network for Antimicrobial Resistance in S. aureus (NARSA) ). De långsiktiga målen för detta projekt är att: (1) identifiera bakteriegener som bidrar till infektionens svårighetsgrad i isolat från en stor kohort av patienter med SAB; och (2) slutligen använda dessa gener för att identifiera nya ingrepp för kontroll av S. aureus-patogenes genom att undersöka gener som styr virulensen hos denna framväxande patogen. Kulturbekräftade SAB-näsvagnsisolat och/eller blodomloppsbakterieisolat som tidigare samlats in från 1000 slutenvårdade vuxna vid Duke University Medical Center kommer att användas i denna studie.