Determinanti di virulenza nella batteriemia da S Aureus

Lo scopo di questo studio è indagare più a fondo l'impatto delle caratteristiche genetiche batteriche sull'esito dei pazienti con batteriemia da S. aureus (SAB). I ricercatori affronteranno gli aspetti salienti della virulenza batterica utilizzando forti rapporti di collaborazione con le autorità in genetica e genomica batteriche. L'ipotesi generale di questa indagine è che distinti determinanti della virulenza batterica influenzino la gravità dell'infezione da S. aureus. L'ipotesi specifica è che i determinanti di virulenza associati all'esito clinico dell'infezione da S. aureus segreghino in gruppi clonali, identificati mediante Multilocus Sequence Typing (MLST), e possano essere localizzati nel genoma mediante ibridazione genetica comparativa (CGH). Gli investigatori hanno stabilito i seguenti obiettivi per perseguire questa ipotesi. Obiettivo specifico 1: Definire la diversità allelica degli isolati ematici di S. aureus mediante MSLT. I profili allelici tra i 1000 isolati saranno confrontati utilizzando il programma BURST (Based Upon Related Sequence Type) e sarà definita la parentela dei lignaggi nella raccolta complessiva. Obiettivo specifico 2: Definire la diversità genomica degli isolati del sangue di S. aureus utilizzando CGH. Utilizzando i risultati MLST, un sottogruppo di 200 isolati sarà selezionato per essere sottoposto a ulteriori studi. Questi circa 200 isolati formeranno una raccolta unica di seguito denominata raccolta SAGA (analisi genomica di S. aureus). La diversità genomica del sottoinsieme SAGA sarà definita utilizzando CGH. Obiettivo specifico 3: Correlare i risultati di MLST e CGH, MLST ed esito clinico, CGH ed esito clinico e rendere disponibili alla comunità scientifica gli isolati SAGA. In questo Obiettivo Specifico, la capacità discriminante di MLST e CGH sarà confrontata tra gli isolati del sottogruppo SAGA sottoposti a entrambi i saggi. L'associazione tra clonalità batterica ed esito clinico sarà considerata tra 1000 isolati di S. aureus raccolti da adulti presso il Duke University Medical Center che avevano infezioni da S. aureus sottoposti a MLST. L'associazione tra esito clinico e presenza o assenza di fattori di virulenza e isole di patogenicità nel genoma di S. aureus sarà anche considerata tra i 200 isolati del sottogruppo SAGA sottoposti a CGH. I risultati di questo studio includeranno una maggiore comprensione della diversità genetica in S. aureus e il ruolo di questa diversità genetica nel determinare la gravità delle infezioni causate da S. aureus. Il pieno valore dell'attuale proposta include anche il potenziale vantaggio futuro per la comunità di ricerca nel suo insieme se si possono definire associazioni tra genotipo patogeno ed esito clinico, identificabili solo utilizzando una raccolta di isolati così ampia e clinicamente ben caratterizzata. Per amplificare questi potenziali dividendi a valle, l'obiettivo finale dell'Obiettivo Specifico 3 sarà quello di rendere disponibili alla comunità scientifica gli isolati del sottoinsieme SAGA, i corrispondenti tipi MLST e i profili CGH attraverso il repository gestito dalla Rete per la resistenza antimicrobica in S. aureus (NARSA ). Gli obiettivi a lungo termine di questo progetto sono: (1) identificare i geni batterici che contribuiscono alla gravità dell'infezione negli isolati da un'ampia coorte di pazienti con SAB; e (2) infine utilizzare questi geni per identificare nuovi interventi per il controllo della patogenesi di S. aureus studiando i geni che governano la virulenza di questo patogeno emergente. In questo studio verranno utilizzati isolati di trasporto nasale SAB confermati dalla coltura e / o isolati batterici del flusso sanguigno precedentemente raccolti da 1000 adulti ricoverati presso il Duke University Medical Center.